使用序列查看器应用-MATLAB和SIMULINK探索蛋白质序列万博1manbetx

使用序列查看器应用探索蛋白质序列

这序列查看器APP在BioInformatics Toolbox™工具箱中集成了许多序列函数。而不是输入MATLAB中的命令^®命令窗口，您可以使用应用程序选择并输入选项。

以下过程说明了如何查看位于核苷酸序列中的ORF的氨基酸序列。您可以导入自己的氨基酸序列，也可以从GenBank获得蛋白质序列^®数据库。该示例使用GenBank登录号NP_000511，这是与Tay-Sachs疾病相关的人酶的α亚基。

选择文件>从> ncbi下载序列。
这从NCBI下载序列对话框打开。
在对话框中，为NCBI数据库条目键入一个登录号NP_000511。点击蛋白质选项按钮，然后单击好的。
这序列查看器访问网络上的NCBI数据库，并为您输入的登录号加载氨基酸序列信息。
选择显示>氨基酸配色方案，然后选择收费，，，，功能，，，，疏水性，，，，结构，或者泰勒。例如，选择功能。
显示颜色变化以突出有关氨基酸残基的充电信息。下表显示了氨基酸配色方案的颜色传说。

氨基酸配色	彩色传奇
收费	酸性 - 红色基本 - 浅蓝色中立 - 黑色
功能	酸性 - 红色基本 - 浅蓝色水质，非极性 - 黑色极性，无需指控 - 绿色
疏水性	亲水性 - 浅蓝色疏水 - 黑色
结构	矛盾的 - 深绿色外部 - 浅蓝色内部 - 橙色
泰勒	每个氨基酸都根据自己提出的颜色分配自己的颜色W.R.泰勒。

关上序列查看器使用以下语法从MATLAB命令行中：

seqviewer（'Close'）

[1] Taylor，W.R。（1997）。残留颜色：氨基色素学的建议。蛋白质工程10，7，743–746。