建立模型
表示机械系统生物学模型或PKPD系统的动力学
功能
模拟生物学 |
打开SimBiology应用程序以构建PK/PD和机械系统生物学模型 |
sbiomodel |
构造模型对象 |
斯比奥洛特 |
返回根对象 |
sbioreset |
删除所有模型对象 |
sbioselect |
搜索具有指定约束的对象 |
sbiolastwarning |
最后一条警告信息 |
斯比奥拉斯特罗 |
最后一条错误消息 |
验证 |
验证SimBiology模型 |
附加隔间 |
创建隔间对象 |
添加物种 |
创建物种对象并添加到模型对象内的隔间对象 |
添加参数 |
创建参数对象并添加到模型或动力学定律对象 |
加反应 |
创建反应对象并添加到模型对象 |
addrule |
创建规则对象并添加到模型对象 |
添加剂 |
将事件对象添加到模型对象 |
findUnusedComponents |
在模型中查找未使用的种类、参数和隔室 |
FindAges（物种、参数、隔间） |
了解在模型中如何使用种类、参数或隔间 |
FindAges（单位，单位前缀） |
了解如何使用单位或单位前缀 |
FindAges（抽象运动学定律） |
了解如何使用AbstractKineticLaw对象 |
更新初始标志 |
更新初始分配规则以删除订单依赖项 |
班级
模型对象 |
模型和组件信息 |
隔间对象 |
车厢的选择 |
物种对象 |
隔室物种的选择 |
参数对象 |
参数和范围信息 |
反应物 |
模型反应的选项 |
运动学定律对象 |
反应动力学定律信息 |
规则对象 |
物种和参数的保留规则 |
事件对象 |
存储事件信息 |
根对象 |
持有模型、单位库和抽象动力学定律库 |
PKModelDesign对象 |
目的建立药物动力学模型 |
PK隔室对象 |
PKModelDesign用于创建SimBiology模型 |
PKModelMap对象 |
定义SimBiology模型组件的角色 |
建筑 |
从PKModelDesign对象构建SimBiology模型 |
附加隔间 |
将隔间添加到PKModelDesign对象 |
示例和如何
程序化工作流
此示例演示如何以编程方式构造简单模型。
这个例子展示了如何构建一个简单的基因调控模型并进行模拟。
此示例演示如何创建自定义函数并将其合并到模型模拟中。
概念
模拟生物学®模型是由一组量和数学表达式描述的动态系统。
您可以查看SimBiology在使用反应、规则、事件、变体和剂量构建模型时创建的方程系统。
A.物种对象表示一种物质，即参与反应的化学物质或实体的数量。
规则是数学表达式，允许您定义或修改模型数量，即隔间容量、物种数量或参数值。
反应是描述改变一个或多个物种的转化、运输或结合过程的数学表达式。
使用质量作用动力学定义零级、一级、二级和可逆反应。
使用微分方程、质量作用动力学或米氏动力学来定义酶反应。
在SimBiology中，事件是模型中数量或表达式值的离散转换。
使用剂量模拟不同的给药方案。
SimBiology允许您创建单室、双室或多室药代动力学模型，用于模型模拟和参数估计。
SimBiology允许您查找模型中未使用的物种、参数和隔间，并了解它们的使用方式。
SimBiology在计算表达式中的名称时遵循一些优先规则。
您还可以从以下列表中选择网站：
