主要内容

万博1manbetx支持的文件和数据类型

方法中导入表格数据SimBiology模型分析器app或MATLAB®工作区。支持的文万博1manbetx件类型为Excel®文件(.xls、.xlsx)、文本文件(.csv、.txt)、SAS文件®XPORT文件(.xpt)。还可以指定数据在NONMEM中®格式的文件。导入过程根据NONMEM定义解释列。有关更多信息,请参阅万博1manbetx支持导入NONMEM格式的文件

请注意

如果数据集包含剂量信息,即注射数据,则数据集必须包含速率,而不是注射持续时间。

单位转换

无论单位转换功能是打开还是关闭,数据文件中的剂量都必须以量(或为/时间输注速率)。默认情况下单位转换关闭,因此必须确保数据的单位彼此一致。如果要启用单位转换,请参见导入数据的单位转换

创建数据文件SimBiology定义

如果您正在创建一个包含时间过程数据的文件,您希望将其导入SimBiology进行拟合,请使用以下列创建数据文件:

  • 组列—指定文本、数字或类别值。例如,您可以使用此列将多个个人分组到单独的组中。然后可以将此分组或分类信息用于层次适合.这一列是可选的。

  • ID列—指定文本、数字或类别值。文件中具有相同ID列值的行是针对同一个人的。如果测量数据仅来自一个人,则此列是可选的。

  • 时间列-在每个ID中单调地指定递增的正值,这些ID定义了剂量、观察测量和协变量测量的时间。

  • 零个或多个给药柱-为每个隔间创建一个给药柱。在每一列中,指定代表添加到一个物种的剂量量的正数值。使用(不是一个数字),以说明在指定的时间内没有使用剂量。换句话说,指定剂量为当有观察记录但没有使用剂量时。

  • 零或多个速率列—指定正值、零或.0表示无限速率和指定不应用任何速率。速率列与给药列相关联,并定义给药的速率。例如,如果可以指定输注剂量Dose1列中指定其速率Rate1列。

  • 零个或多个观察列—指定数值或值定义在指定的时间内没有记录任何观测。使用当使用剂量但没有观察记录时。您可以为每个ID指定一个特定时间的观测值。当您有复制时,通过添加具有相同时间值的多行来为同一时间点指定多个观测值。例如,请参阅下面屏幕截图中的第2行和第3行,其中CentralConc在时间= 0时有两次测量值。

  • 零个或多个协变量列—指定文本、数字或类别值或.每个值定义了特定时间的协变量值。数值表明在指定时间内没有记录协变量观测值。SimBiology只万博1manbetx支持非时变的协变量。例如,请参见而且年龄列。有关显示如何使用类别进行拟合的示例,请参见为多个个体估计类别特定的PK参数.您还可以从协变量列创建变量。详细信息请参见createVariants

下面是示例数据文件的屏幕截图。

显示excel表格的图像,其列对应于组、ID、时间、测量数据、协变量数据、剂量和剂量率。

你可以从以下位置下载Excel样本文件:matlabroot/ / simbio /数据/ sample_data_simbiology.xlsx例子matlabroot是安装MATLAB的根目录。你也可以进入matlabroot在命令行中查看根目录的文件路径。

万博1manbetx支持导入NONMEM格式的文件

您可以指定数据在一个NONMEM格式的文件中。下表强调了SimBiology中这些数据的解释®软件

列标题 解释
ID

标识记录或组的文本(字符向量)、数字或分类值。导入过程假设具有相同值的连续数据包含来自一个个体的数据。如果数据包含对相同值的不连续引用,导入过程将为遇到的第二个ID分配一个从第一次遇到的组派生的索引值。例如,如果ID列包含[1 1 1 2 2 2 1 1 1]时,分配的id为1 2 1_1

时间

每组内的正数值单调递增,表示观察时间或剂量或文本(字符向量)。数据文件可以指定时钟(2:30作为字符向量)或十进制值(6.25).导入过程分配值为0到第一个时间值。导入过程分配相对于第一个值的后续值。

下表是导入过程如何将时钟值解释为十进制值的示例。

原始时钟值 进口的值
10:00 0
10:30 0.5
11 1
12:30 2.5

如果数据文件还包含日期列时,导入流程将其与时间列的相对计算时间值。列不能包含

日期DAT1DAT2,或DAT3

定义了观察的日期或剂量。该列可以包含以数字表示的月份(9)或字符向量(9月).以下列格式指定日期:

  • 日期—列可指定月/日/年月-.如果指定了两个数字,导入过程将假设它们是月和日。你可以用任何一种/-作为分隔符。

  • DAT1—列可指定日/月/年day-month-year.如果指定了两个数字,导入过程假设它们是日和月。

  • DAT2—列可指定年/月/日year-month-day.如果指定了两个数字,导入过程将假设它们是月和日。

  • DAT3—列可指定年/月/天year-day-month.如果指定了两个数字,导入过程假设它们是日和月。

请注意

  • 如果您只指定一个数字,导入过程就假定它是日期。

  • 您可以省略年份或指定1、2、3或4位数字。如果指定的年份是两位数,则假定是20世纪。

  • 如果数据具有DAT1DAT2,或DAT3列,设置DateLabel的属性NMFileDef对象,使用sbionmfiledef.然后在运行时指定该对象作为第二个输入参数sbionmimport

DV 观测值的数值。列不能包含
形状 定义一行是否描述一个观察值:
  • 行包含0 -观察事件

  • 行包含1 -不是观察事件

EVID 定义记录中该行描述的事件类型:
  • 0 -观察事件;行包含一个观测值。

  • 1 -剂量事件;行描述剂量。

  • 2 -其他事件;行描述了一些其他事件,例如协变量的测量。

如果一列包含剂量值,但是EVID不是1时,导入过程会忽略该值。您将看到一个警告,该值被忽略。

如果EVID设置为2时,则仅将那些指定的行数据作为协变量数据导入。然而,如果你有一个EVID列以及一个或多个协变量列,但不指定值2在世界的任何地方EVID列,然后SimBiology将所有行数据作为协变量值导入。

导入过程不支持值万博1manbetx3.而且4.您将看到一个警告,该值被忽略。

CMT 指示用于观察值或接收剂量的隔间。解释也取决于EVID
  • 观察事件(Evid = 0) - - -CMT列表示哪个隔间用于观测值。

  • 剂量事件(证据= 1) - - -CMT列表示哪个隔间接受了剂量。

请注意

SimBiology以1开始为隔间编号,而NONMEM以0开始为隔间编号。例如,如果一个NONMEM数据文件包含的剂量和测量CMT = 0, SimBiology生成命名为Dose1而且Response1分别。

AMT 正数表示剂量。0指定不给药剂量。列不能包含
正数表示输注速率。0指定无限速率(相当于一个丸剂剂量),和不指定速率。列不能包含
2 正数定义两次剂量之间的时间。
ADDL 当数据指定若干相同的连续剂量在特定的间隔(由2),ADDL指定系列中不包括初始剂量的剂量数。如果数据指定了2但不是ADDL,则SimBiology假设在该数据记录的持续时间内发生给药。

不支万博1manbetx持的NONMEM定义

导入过程不支持(因此忽略)包含以下值或定义的行:万博1manbetx

  • EVID值3和4

  • 党卫军列,用于指定稳态剂量

  • PCMT列以定义是否为该行计算预测

  • 调用列,用于调用ERROR或PK子例程

  • 如果rate被指定为小于零,则假定它为零

万博1manbetxSimBiology模型分析器支持的表列类型

从表导入数据时使用SimBiology模型分析器,应用程序支持以下列万博1manbetx数据类型:字符字符串,字符向量的单元格数组,分类持续时间逻辑,datetime

万博1manbetx支持将多维SimData导入SimBiology模型分析器

当你导入一个多维SimData数组放到应用程序中,应用程序会将SimData数组,并在相应的数据表中使用单一索引(线性索引)。例如,如果您导入一个2 x2x2SimData数组一个,该应用程序创建了一个包含8组(每个组一个)的数据表SimData对象),索引从1到8。该应用程序仍然显示的原始大小SimData数组中的浏览器

另请参阅

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