序列分析

基因组和蛋白质组序列、对齐和系统发生学

获得更深的理解序列的特性、功能和演化进行分析核苷酸或氨基酸序列。比较序列使用成对或多重序列比对方法。计算序列属性和数据以获得更多有关物理、化学和生物特征数据。对已知的序列执行爆炸搜索在线或本地数据库。确定生物之间的进化关系从两两的距离序列构建系统发育树。

突出主题

类别

数据导入和导出
进口各种格式的数据,包括FASTA基因库,GenPept, EMBL,爆炸,PDB,包含,ClustalW, GCG, PHYLIP, Newick, FASTQ,从公共存储库和本地文件系统;写各种格式,包括FASTA PDB和Newick
核苷酸序列分析
计算和交互式地探索序列统计;计算序列的属性;分析主题;设计引物;发现限制性内切酶
蛋白质和氨基酸序列分析
计算和交互式地探索氨基酸序列统计;计算序列的属性;找到裂解酶
序列比对
多个,成对,使用动态规划算法和轮廓序列比对;爆炸的搜索和比对;标准和自定义评分矩阵
系统发育分析
重建、视图和交互,并编辑系统发育树;引导评估方法信心;同义和产生的分析

特色的例子

调整对序列

从基因库中提取一些序列®,找到开放阅读框(orf),然后对齐序列使用全局和局部比对算法。

打开生活的脚本

使用摘要进行概要分析的蛋白质家族

嗯如何配置文件用于描述蛋白质的家庭。概要分析是生物信息学的一个关键工具。常见的两两比较的方法通常是不够敏感和具体分析远亲序列。相比之下,隐藏的马尔可夫模型(HMM)的概要文件提供了一个更好的选择与查询序列的统计描述一个家庭的序列。嗯概要文件使用position-specific评分系统来捕捉信息的保护程度在不同位置的多个对齐这些序列。嗯概要分析可用于多重序列比对,数据库搜索,分析序列组合和模式分类和预测蛋白质结构和定位基因通过预测开放阅读框架。

打开脚本

计算和可视化序列统计数据

使用基本序列操作技术和计算一些有用的序列数据。它也演示了如何寻找编码区域(如蛋白质)和追求进一步的分析。

打开脚本

评估一个对齐的重要性

一种方法,可以用来研究序列比对的意义。身份或阳性的数量在一个对齐并不是一个明确的指标的一个重要的对齐。的排列顺序从一个对齐将有类似的百分比阳性和身份时对原始序列对齐。对齐的分数是一个更好的指标意义的对齐。这个例子使用相同的家族黑蒙性白痴病相关基因和蛋白质分析调整双序列。

打开脚本