sbiosampleparameters
通过抽样协变量模型生成参数(要求统计和机器学习工具箱软件)
语法
描述
例子
协变量模型的样本参数值
本例使用了59名在出生后16天内服用苯巴比妥的早产儿的数据。每个婴儿接受初始剂量,然后通过静脉注射一个或多个维持剂量。除剂量时间外,对每个婴儿进行了1至6次浓度测量,共155次。婴儿体重和APGAR评分(新生儿健康的衡量标准)也被记录下来。数据在[1]中描述,该研究由NIH/NIBIB拨款P41-EB01975资助。
加载数据。
负载pheno.matds
可视化数据。
T = sbiotrellis(ds,“ID”,“时间”,“浓缩的”,“标记”,“o”,“markerfacecolor”,(。7 .7 .7],“markeredgecolor”,“r”,“线型”,“没有”);t.plottitle =“州与时间”;
创建一个单室PK模型与丸给药和线性间隙建模这些数据。
pkmd = PKModelDesign;pkmd.addCompartment (“中央”,“DosingType”,“丸”,“EliminationType”,“linear-clearance”,...“HasResponseVariable”,真的,“HasLag”、假);Onecomp = pkmd.construct;
假设中间隔间的体积(中央
)和婴儿的体重。您可以使用一个可以描述为的协变量模型来定义这个参数-协变量关系
,
在那里,每一个婴儿,V
体积,θs (theta)是固定效应,η (eta)是随机效应,和重量
是协变量。
covM = CovariateModel;covM。Expression = {'中心= exp(theta1+theta2*WEIGHT+eta1)'};
定义固定和随机效应。每个表的列名必须分别具有固定效果和随机效果的名称。
=表(1.4,0.05,“VariableNames”, {“θ₁”,“θ”});Eta1 = table(0.2,“VariableNames”, {“eta1”});
将组标签ID更改为groupsbiosampleparameters
函数。
ds.Properties.VariableNames {“ID”} =“集团”;
基于数据集中所有婴儿的协变量模型,生成中央室室中央体积的参数值。
phi = sbiosampleparameters(covM.Expression,theta,eta1,ds);
然后,您可以使用采样的参数值来模拟模型。为了方便起见,请使用SimFunction对象提供的类函数接口。
首先,使用createSimFunction方法构造一个SimFunction对象,将体积(Central)指定为参数,将分隔室中的药物浓度(Drug_Central)指定为SimFunction对象的输出,并指定给药种类。
f = createSimFunction(onecomp,covM. f)ParameterNames,“Drug_Central”,“Drug_Central”);
数据集ds包含每个婴儿的剂量信息,groupedData对象提供了提取这种剂量信息的方便方法。将ds转换为groupedData对象并提取剂量信息。
grpData = groupedData(ds);剂量= createdose (grpData,“剂量”);
利用phi的采样参数值和提取的每个婴儿给药信息对模型进行模拟,并绘制结果图。第i次运行使用phi中的第i个参数值和第i个婴儿的剂量信息。
t = sbiotrellis(f(phi,200,dose . gettable),[],“时间”,“Drug_Central”);调整图形的大小。t.hFig.Position(:) = [100 100 1280 800];
输入参数
covexpr
- - - - - -协变量的表达式
字符向量的单元格数组|字符串向量
协变量表达式,指定为字符向量的单元格数组或定义参数-协变量关系的字符串向量。
如果模型组件名或协变量名不是有效的MATLAB®变量名,在表达式中引用时用方括号将其括起来。例如,如果一个物种的名字是DNA聚合酶+,写(DNA聚合酶+)
.如果协变量名称本身包含方括号,则不能在表达式中使用它。
看到CovariateModel对象
了解更多关于协变量表达式的信息。
θ
- - - - - -固定的影响
表格|groupedData
|数据集|数值向量
固定效果,指定为表格,groupedData
、数据集或包含协变量表达式中定义的固定效果参数值的数字向量covexpr
.固定效果参数名称必须以“θ”
.
如果
θ
是一张桌子,thetas.Properties.VariableNames
必须与固定效果的名称相匹配。例如,假设你有三个θ:
thetaOne= 0.1
,θ= 0.2
,1= 0.3
.您可以创建相应的表。=表(0.1,0.2,0.3);thetas.Properties.VariableNames = {“thetaOne”,“θ”,“1”}
θ= 1×3表thetaOneθ1 ________ ______ ______ 0.1 0.2 0.3
如果
θ
是一个数据集,thetas.Properties.VarNames
必须与固定效果的名称相匹配。如果
θ
是一个数字矢量,矢量中的值的顺序必须与固定效果名称的升序ASCII字典相同。使用
排序
函数对字符向量的单元格数组进行排序以查看其顺序。排序({“thetaOne”,“θ”,“1”})
ans = 1×3 cell array {'theta2'} {'theta3'} {'thetaOne'}
然后指定每个值θ顺序是一样的。
Thetas = [0.2 0.3 0.1];
ω
- - - - - -随机效应的协方差矩阵
表格|groupedData
|数据集|矩阵
随机效应的协方差矩阵,用表格表示,groupedData
、数据集或矩阵。随机效应参数名称必须以“埃塔”
.
如果
ω
是一张桌子,omega.Properties.VariableNames
必须匹配随机效果的名称。指定行名(RowNames
)是可选的,但如果这样做,它们也必须匹配随机效果的名称。假设你想定义一个对角协方差矩阵,包含三个随机效应参数
eta1
,eta2
,eta3
有了这些值0.1
,0.2
,0.3
,分别。您可以构造相应的表。
Eta1 = [0.1;0;0];Eta2 = [0;0.2;0];Eta3 = [0;0;0.3];= table(et1, et2, et3,“VariableNames”, {“eta1”,“eta2”,“eta3”})
Omega = 3×3 table eta1 eta2 eta3 ____ ____ ____ 0.1 0 0 0 0.2 0 0 0 0.3
如果
ω
是一个数据集,omega.Properties.VarNames
必须匹配随机效果的名称。指定行名(ObsNames
)是可选的,但如果这样做,它们也必须匹配随机效果的名称。如果
ω
是一个矩阵,行和列必须具有与随机效果名称相同的升序ASCII字典。使用
排序
函数对字符向量的单元格数组进行排序以查看其顺序。排序({“eta1”,“eta2”,“eta3”})
Ans = 1×3 cell array {'eta1'} {'eta2'} {'eta3'}
ds
- - - - - -协变量数据
数据集|表格|groupedData
协变量数据,指定为数据集、表或groupedData
包含所有组的协变量数据。
ds
必须为协变量模型中使用的每个协变量都有一列。列名必须与协变量表达式中使用的对应协变量的名称匹配。
n
- - - - - -中的行数φ
标量
中的行数φ
,指定为标量。
输出参数
参考文献
Grasela Jr, t.h., Donn, S.M.(1985)从常规临床数据得出苯巴比妥的新生儿人群药代动力学。中国药理学杂志8(6),374-83。
版本历史
在R2014a中介绍R2022b:协变量数据不再需要组列
协变量数据(Theds
输入参数)不再需要指定组标签的组列。
R2018b:万博1manbetx对固定和随机效果的数字矢量和矩阵输入的支持将被移除
万博1manbetx支持为固定效果指定数字向量(θ
)或随机效应的协方差矩阵(ω
)将在未来的版本中删除。用桌子代替。
MATLAB命令
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