创建用于跟踪冠状病毒(COVID-19)的传播模拟。通过网络获取病例数据,并将其与logistic模型进行拟合,以预测疫情随时间的传播。
要操作加载包含脚本COVID19Modelingv2的文件夹,并在命令提示符中键入以下代码:COVID19Modelingv2(“country”)。
例如:COVID19Modelingv2(“我们”)。可以将多个国家放在一个列表中同时进行分析:covid - 19建模v2(“美国”、“意大利”)。
该模型是由米兰·巴蒂斯塔(fitVirus)创建的。该模型是一种数据驱动的模型,将流行病数据拟合到逻辑曲线上。该模型的目标是对病毒的传播和流行持续时间进行局部预测。该模型可用于在某些情况下提供精确的近似。“对于纯初始猜测或小数据集,回归收敛可能失败。因此,这种方法不适用于流行病的早期阶段。此外,如果回归统计量不满足最小标准,如R^2 > 0.8, p值< 0.05,那么结果是无用的。”米兰(巴蒂斯塔)
免责声明:模型在某些情况下会失败。应该对所有结果进行严格的统计分析。当遇到额外的流行阶段(没有logistic函数描述)时,模型失效。你可以自行决定使用。
数据存储在网上,并通过JHU CSSE从各种来源提供,包括:
世界卫生组织(WHO), DXY.cn。2020年肺炎,BNO新闻,
国家卫生健康委员会?中华民国,
中国疾控中心(CCDC)、香港卫生署、澳门政府、台湾疾控中心、美国疾控中心、加拿大政府、澳大利亚政府卫生署、欧洲疾病预防控制中心和新加坡卫生部”
在图中,流行率用蓝线表示(病例/天)。蓝点表示实际感染率(病例/天)。区域颜色区分流行病过渡阶段:
红色快速生长阶段
黄—过渡到稳态相
绿色结束阶段
JM2系列(2021)。COVID-19建模(//www.tianjin-qmedu.com/matlabcentral/fileexchange/74632-covid-19-modeling), MATLAB中央文件交换。检索.
> > COVID19Modelingv2(“中国”)
使用covid - 19modelingv2时出现错误(第94行)
行索引超过了表的尺寸。
如何解决这个问题?
抱歉错误
COVID19Modelingv2(“我们”)
使用COVID19Modelingv2时出现错误(第47行)
表变量名必须是字符向量。
使用COVID19Modelingv2时出现错误(第47行)
表变量名必须是字符向量。
嗨,尤金,
根据数据拟合出3参数logistic模型。
A/(1+B*exp(-C*t))
最好的
杰克
这个程序运行得很好。我有一个常规来拟合逻辑的连续形式,但我提出了稍微不同(更低)的K值。我需要追踪你是如何拟合一个3参数模型,当逻辑只是基于r & K。
使用livemapcovid19时出现错误(第46行)
表变量名必须是字符向量。
(MATLAB2018a)
更新
要求优化工具箱,目前没有说明提交。
以下是州级数据的来源:https://covidtracking.com/data/
原始数据仍然存在,但不再更新。
你好医生,
原始数据集被来源中断了。看到“https://data.humdata.org/dataset/novel-coronavirus-2019-ncov-cases".
不幸的是,我对此无能为力。我最初并没有打算让这个模型提供状态级建模。如果我找到新的数据源,我会告诉你的。
杰克
我没有看到美国在输入文件中中断的web路径上的结果变量。之前的版本有一个结果的源路径,其中包含美国和每个州的数据。这是协助区域规划所需要的。
当我运行这个版本,我得到以下错误->太多的输出参数。
我们能否将这些源数据按状态恢复到输入路径中的excel文件中?并确认对方也看到了和我一样的错误?
优秀的工作。运行的很好。谢谢你的努力工作。
修复了所有兼容性问题(希望如此)
嗨Suksan。这是一个兼容性问题,我仍然试图解决。代码在我的版本(2019b)上运行良好。
出色的工作,但当我运行代码,它给我这个错误:
类无法识别的属性'PreserveVariableNames'
“matlab.io.text.DelimitedTextImportOptions”。
fitVirusCV19v3错误(第132行)
选择。PreserveVariableNames = true;
你好,摩根,
我竞选2019b没有任何问题。在导入数据时一定存在兼容性问题。我将研究一个更健壮的方法。
杰克
使用R2020a版本接收此错误。
使用COVID19Modelingv2时出现错误(第62行)
重复的表变量名:'NaN'。
嗨Tsotne。我从其他用户那里听说这是一个兼容性问题。最简单的解决办法是将MATLAB升级到2019b或更新版本。
从R2019b开始,变量名和行名可以包含任何字符,包括空格和非ascii字符。此外,它们可以以任何字符开头,而不仅仅是字母。变量名和行名不必是有效的MATLAB标识符(由isvarname函数确定)。要保留这些变量名和行名,请将PreserveVariableNames设置为true。”
非常感谢你的工作。我有这个特殊的错误
无法识别的属性'PreserveVariableNames'的类'matlab.io.text.DelimitedTextImportOptions'。
covid - 19modelingv2错误(第24行)
选择。PreserveVariableNames = true;
我该怎么办?
各位,我试着看看文档的哪部分是空的。我找不到,你能帮我吗?我一直收到这样的信息:
错误使用matlab.io.text.TextImportOptions /组。DataLine(第73行)
DataLine必须为正整数。
covid - 19 modelingv2错误(第23行)
选择。DataLine =(2,正);
我用R2017b
谢谢!
谢谢医生。我会试着联系维护数据集的人。它是非常动态的,所以希望它会很快更新。
嘿每个人。这工作正常,但它停止了。请注意,对于第3/21列,此模型所依赖的死亡文件的更新失败。如果有人有办法修复这个柱子,这将开始工作收益。否则,就遵循变通方法。将文件拉到本地文件夹,使用可读的而不是
webread ('https://proxy.hxlstandard.org/api/data-preview.csv?url=https%3A%2F%2Fraw.githubusercontent.com%2FCSSEGISandData%2FCOVID-19%2Fmaster%2Fcsse_covid_19_data%2Fcsse_covid_19_time_series%2Ftime_series_19-covid-Deaths.csv&filename=time_series_2019-ncov-Deaths.csv
如果你修复了3/21中死亡。csv的空数据在你的本地文件夹和我们下面的行事情将会获得,直到在线文件被修复。
%使用本地数据,因为目前在线数据似乎已经崩溃
结果= readtable(“time_series_2019-ncov-Confirmed.csv”);
deathresult = readtable(“time_series_2019-ncov-Deaths.csv”);
我得到同样的错误。我认为这是一些版本兼容性问题。我可以通过修改代码来运行我的国家的脚本。对于这个特定的问题,解决方案是更改代码选项。DataLines =(2,正);选择。DataLine =(2,正);因为在选项中没有DataLines变量。
嗨iiPlus30。这很可能是与您的MATLAB版本的兼容性问题。其他用户和我没有遇到这个错误。您运行的是什么版本?
class matlab.io.text.DelimitedTextImportOptions没有公共属性DataLines。
covid - 19 modelingv2错误(第23行)
选择。DataLines =(2,正);
这是否适用于所有人?