开始使用医学图像贴标签机
的医学图像贴标签机应用程序使您能够交互式地探索和标签在二维和三维医学图像像素。您可以导出标签数据groundTruthMedical对象语义分割算法来训练。你可以发布快照图像和动画有或没有标签。
本教程提供的功能的概述医学图像贴标签机并比较2 d和3 d图像标记。典型的应用程序工作流程包括以下步骤:
开放医学图像贴标签机应用程序
打开医学图像贴标签机应用程序从应用程序在MATLAB选项卡®将来发布,在图像处理和计算机视觉。你也可以加载应用程序通过使用medicalImageLabeler命令。
创建或打开标签会话
管理标签的医学图像贴标签机使用应用程序会话。在一个应用程序会话,您可以导入多个图像文件和标签。这些可能会重复扫描从一个病人或扫描从多个相同的一组患者组织器官,或其他地区感兴趣的标签。应用程序使您能够创建一个卷会话或一个图像。使用一个会话将三维医学图像数据量。使用一个图像会话将二维图像或图像系列、超声波等视频。
你可以创建一个新的标签会话或重开一个前一交易日:
新会话——应用程序将来发布,点击新会话并选择新卷会话(三维)或新形象会话(二维)。在打开的对话框中,指定一个会话文件夹。当你把标签图片,app文件夹自动保存到会话。因此,会话文件夹必须获得足够的内存来保存所有标签图像的会话。更多细节,请参阅医学图像贴标签机如何管理地面真理标签部分。
公开会议——应用程序将来发布,点击公开会议和选择一个列出最近几个交易日,或者点击公开会议并导航到前一交易日文件夹。
加载图像数据
加载图像从一个文件或标签groundTruthMedical对象。当开始一个新的标签项目载入图像文件。使用groundTruthMedical对象使用标记或部分从外面带安全标签的数据时的MATLAB或分享从不同的工作站。为更多的细节在一个多人标签团队工作,明白了多标记医学图像标签项目上进行合作。
从文件加载一张图片,单击进口而且,在数据中,选择从文件。应用程序支持加载万博1manbetx这些文件格式:
会话——单身NIfTI卷NRRD DICOM文件或目录包含多个DICOM文件对应一个图像体积。
图像会话——单身NIfTI或DICOM文件。
加载一个groundTruthMedical对象,单击进口,在地面实况中,选择从文件从垫子上文件或加载对象从工作空间从MATLAB工作区中加载对象。导入一个groundTruthMedical对象加载图像数据、标签数据和标签定义存储在应用程序对象。
的数据浏览器窗格中列出了所有当前图像文件加载的应用。点击一个文件名数据浏览器改变文件来显示和标签。
可视化数据探索
这个应用程序使用个人窗格显示三维图像数据横向,矢状面,冠状片飞机和一个三维体积窗格。如何自定义的一个例子显示的三维图像,并发布图片和动画,明白了使用医学图像可视化三维医学图像数据贴标签机。应用程序显示二维图像数据片窗格。导航框架的详细信息或调整一系列二维图像的亮度和对比度,明白了标签使用医学图像贴标签机二维超声系列。
创建标签定义
一个标签定义指定了名称,颜色,每个标签的顺序分配给图像。您必须使用相同的标签定义所有图片在一个应用程序会话。的医学图像贴标签机应用程序万博1manbetx支持像素标签。
您可以创建一个标签定义交互的应用程序通过点击创建标签定义在标签定义窗格。可选地,您可以指定一个名称的标签,点击它,或改变的颜色标签通过单击颜色广场旁边的标签名称。
另外,从一个标签定义文件导入标签定义的一部分groundTruthMedical对象。您可以通过编程方式创建一个标签定义文件,或者加载一个出口从先前的应用程序会话。更多细节关于以编程方式创建一个标签定义文件,看到了LabelDefinitions财产的groundTruthMedical对象。
标签图像
标签像素使用的工具画和自动化标签的应用程序将来发布。这个应用程序提供了手动、半自动和自动标记工具。
手动标记
手动绘制标签使用徒手画的,协助徒手画的,多边形,画笔工具。
半自动贴标
使用自动化工具,包括添加标签填充区域,油漆由Superpixels,跟踪边界。你可以插入标记图像帧之间的地区或卷片使用自动插入和手动插入工具。
| 工具 | 描述 | 图像 |
|---|---|---|
| 填充区域 | 洪水填充标签图像或补上标签区域。 |
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| 油漆由Superpixels | 手工油漆adjustable-sized网格内的像素。要使用这个工具,首先选择油漆刷然后点击油漆由Superpixels。每个superpixel包含一组类似的强度值。调整Superpixels大小改变superpixel网格的大小。 |
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| 跟踪边界 | 标签连接区域也有类似的强度值。选择跟踪边界在应用程序将来发布,然后暂停了种子像素或体素在该地区你想标签。该工具预测的边界地区包括像素或体素与强度,类似于目前的种子。使用阈值滑块调整相似度阈值用来预测该地区边界。增加阈值包括更广泛的强度高于和低于预测地区的种子值。移动你的鼠标改变种子。 |
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自动贴标
的自动化选项卡包含内置自动化算法来改进现有的标签或标签完全自动化。这个应用程序提供了包括slice-based算法活跃的轮廓,自适应阈值,扩张,侵蚀。体积会话,应用另外提供过滤和阈值,光滑的边缘,首先进行阈值算法,可以适用于所有片或指定的范围内。
您可以添加一个定制的自动化算法使用的应用程序。自动化选项卡上,单击添加算法。导入现有的算法通过选择从文件,或者创建一个新的算法使用提供的函数或类模板。看到标签在医学图像贴标签机自动化为例,应用一个定制的自动化算法二维标签。
标签的例子
标签二维图像数据的一个例子,请参阅标签使用医学图像贴标签机二维超声系列。
标签3 d图像数据的一个例子,请参阅标签使用医学图像贴标签机三维医学图像。
出口标记结果
您可以导出groundTruthMedical对象和标签定义文件来与同事分享。
出口的
groundTruthMedical对象作为垫文件,在贴标签机选项卡上,单击出口而且,在地面实况中,选择到文件。出口标签定义为垫文件,在贴标签机选项卡上,单击出口而且,在标签定义中,选择到文件。
请注意
应用程序商店实际像素标签中的数据LabelData会议文件夹的子文件夹。看到医学图像贴标签机如何管理地面真理标签获取详细信息。
医学图像贴标签机如何管理地面真理标签
标签图像医学图像贴标签机应用程序,应用程序会自动保存在会话中文件夹的三组数据与当前应用程序会话相关联。
一个
groundTruthMedical对象存储为一个垫子文件。的groundTruthMedical对象指定文件位置的标记图像和相应的标签图片,以及与每个标签关联的名称和颜色。一个子文件夹命名
LabelData,其中包含标签图片。应用程序保存会话中创建一个图像像素标签图像
LabelData作为垫文件文件夹。垫文件存储像素作为一个标签uint8数组中。你可以阅读一下标签图像通过使用MATLAB工作区负载函数。一个卷中创建的应用程序节省了体素标签图像会话中
LabelData作为NIfTI文件文件夹。NIfTI文件存储体素作为一个标签uint8数组中。你可以阅读一下标签图像通过使用MATLAB工作区niftiread函数。一个子文件夹命名
AppData,其中包含应用程序会话的数据存储为一个垫子文件。
