xiangruili / dicm2nii

NIfTI转换、可视化和转换工具

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更新2023/2/22

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編集メモ:此文件被选为MATLAB Central本周精选

DICOM到NIfTI的转换,DICOM和NIfTI工具,NIfTI可视化(版本2023.03.07)

在“文件交换”中查看“xianggruili /dicm2nii”

dicm2nii

将DICOM转换为NIfTI。它还可以将PAR/XML/REC, HEAD/BRIK, MGZ和BrainVoyager文件转换为NIfTI。

nii_tool

创建、加载、保存NIfTI文件。万博1manbetx支持NIfTI 1、2版本,支持多种数据类型。

nii_viewer

可视化NIfTI。还可以通过dicm2nii可视化可转换为NIfTI的任何文件。

nii_moco

对NIfTI进行运动校正。

nii_stc

在NIfTI上执行切片定时校正。

nii_xform

将NIfTI转换为不同的分辨率,或转换为模板空间。

Dicm_hdr, dicm_img, dicm_dict, dicm_save, dicm_val_rep

读写DICOM标头和图像,独立于Matlab图像处理工具箱。

Rename_dicm, sort_dicm, anonymize_dicm

DICOM工具执行名称所示的任务。

RT_moco

实时运动/图像监视器和更多的西门子扫描仪。

引用

李祥瑞(2023)。xiangruili / dicm2niiGitHub (https://github.com/xiangruili/dicm2nii/releases/tag/v2023.02.23)。取得済み

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作成:R2017a
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プラットフォ,ムの互換性
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ヒントを与えたファ电子邮箱ル:MRIqualDICOM到任何图像格式转换器医学图像阅读器和查看器

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バ,ジョン 公開済み リリ,スノ,ト
2023.2.23.0

参见GitHub上此版本的发布说明:https://github.com/xiangruili/dicm2nii/releases/tag/v2023.02.23

2023.02.22

参见GitHub上此版本的发布说明:https://github.com/xiangruili/dicm2nii/releases/tag/v2023.02.22

2022.03.06

更新版本

2018.08.08

1.使用GetFullPath从Jan
2.接受混合文件和文件夹作为输入
3.其他修复

2018.6.14.0

Dicm2nii:实现16位范围缩放(默认关闭);
Dicm_hdr:修复搜索方法字节不足的bug;philips_par&xml的改进
切换到Github

2018.6.5.0

1.dicm_hdr:可以读取Philips xml文件;PAR处理的许多改进
2.dicm2nii:可以处理Philips PAR/XML/DICOM不完整卷;
更好地处理不同的复杂图像类型。

2018.5.23.0

dicm2nii:照顾一些特殊的飞利浦箱子:
1.存储VolumeTiming from FrameReferenceTime,见宠物数据;
2.bug修复删除飞利浦DTI ADC vol;
3.切换到浮动值重新缩放。

2018.4.20.0

1.Dicm2nii:修复长文件名的错误
2.一些小的修复。

2018.3.9.0

nii_viewer:
1.添加叠加时检查工作空间中的NIfTI结构
2.像“时间路线”一样执行“标准偏差”。
Dicm_hdr ->philips_par:错误切片翻转的bug修复;不完整体积工作

2018.1.19.0

1.Nii_viewer:地图膨胀表面点击正确的位置在体积,甚至旧的matlab
2.dicm2nii:修复现场地图TEs的错误
3.其他小的修复和改进。

2018.1.3.0

Nii_viewer:支万博1manbetx持膨胀表面到卷的映射。仅对HCP表面进行测试。

2017.12.29.0

表面视图使用组合叠加,所以它可以顺利地工作在不同的环境。

2017.12.28.0

1.nii_viewer:实现CIfTI的表面视图(包括HCP gii模板)。
2.dicm_hdr:修复了飞利浦PAR中可能的切片翻转的错误。谢谢ShereifH。

2017.12.14.0

1.dicm2ii:为西门子多帧dicom工作
2.nii_viewer:尝试转换回卷以可视化CIfTI。
3.Dicm_img:修复了压缩后没有偏移表的dicom的错误。

2017.10.31.0

1.Nii_view:两种布局,包括紧凑的单行显示
2.其他小的改进和修复

2017.9.27.0

1.根据bid保存丢失卷的VolumeTiming;
2.正确的西门子读出时间;
3.如果RTIA_timer不可用,使用GE SLICEORDER;
4.总是存储TE和读数失真校正。

2017.8.3.0

1.修复了读取飞利浦PAR文件的错误;
2.更好的制表符自动完成。

2017.7.20.0

1.添加functionSignatures。Json文件TAB自动补全;
2.允许定期丢失InstanceNumbers,如听觉研究CMRR中的dicom;
3.尽量照顾GitHub下载,所以准备GitHub托管。

2017.6.18.0

1.dicm2nii & nii_viewer:可以读取大端AFNI图像;
2.dicm2nii:设置多带slice_code为0以避免FreeSurfer错误;
3.用户需要从GUI手动下载一次修复包更新;
4.nii_viewer:改进的Ctrl-drop添加覆盖

2017.3.22.0

1.dicm2nii: ImagePositionPatient更好的精度要求;
2.dicm2nii:修复了混合MAG/PHASE多帧dicom与>2卷的错误。

2017.2.15.0

1.nii_viewer:可以打开DICOM等文件,将其转换为NIfTI而不保存,允许从一个或多个文件中查看图像而无需转换。
2.dicm2nii:可将FreeSurfer mgh/mgz文件转换为NIfTI。
3.其他修复和改进。

2017.1.3.0

anonymize_dicm:将PatientName替换为ID,而不是删除它。

2016.12.29.0

1.Nii_moco:执行运动校正的新实现;
2.anonymize_dicm:在dicom文件中删除病人名的新实现;
3.dicm2nii:龙门倾斜变换CT图像;
4.其他小的改进和修复。

2016.11.30.0

1.dicm2nii:修复Philips多帧dicom中的不规则图像顺序;
2.Dicm_hdr:避免由于标签缺少值而导致的错误;
3.其他小的改进。

2016.11.15.0

1.Nii_viewer:允许手动去除颈部多余组织;
2.nii_viewer:更好的覆盖处理分析文件;
3.Nii_tool:通过内存gunzip快速读取hdr/ext文件
4.这里和那里的小改善。

2016.10.10.0

1.Nii_viewer:实现扭曲覆盖;
2.nii_viewer:实现“另存卷为”;
3.dicm_hdr:修复一些飞利浦PAR文件的问题;
4.其他小的修复。

2016.9.21.0

Dicm2nii:修复几个小时前更新时引入的错误(斜率/截距错误地应用于文件,期望第1)。

2016.9.20.0

1.dicm2nii:向GUI添加首选项
2.dicm2nii:转换具有不一致的Rescale斜率或截距的系列
3.其他小的修复和改进

2016.8.26.0

1.dicm2nii:添加pref允许不使用SeriesInstanceUID;
2.Nii_viewer:用于加载大型数据集的单个卷的选项;
3.dicm_hdr:可以不带PixelData读取dicom;
4.其他小的修复和改进。

2016.7.10.0

nii_viewer:文件列表GUI改进;实现直方图绘制和球面ROI创建。
其他小的修复和改进。

2016.6.10.0

nii_viewer:添加'RGB' LUT,这样3卷图像可以在RGB;
dicm2nii:避免由于空pixedldata垃圾dicom跳过系列;
允许setpref不保存PatientName并且不使用parfor;
其他小的修复。

2016.6.1.0

dicm2nii:总是为充值保存ReadoutSeconds;
Nii_viewer:实现图像重心显示;
其他小的修复和改进。

2016.5.21.0

Nii_stc:用于nifti切片定时校正的新文件。
dicm_img:尝试支持Bits万博1manbetxStored~=HighBit+1的文件。
Dicm2nii和nii_viewer:小修正。

2016.5.16.0

Dicm2nii:修复了由于丢失文件而导致的错误。

2016.5.12.0

dicm2nii:
1.GE bvec征象校正治疗静脉下垂/肺脏采集
2.避免错误由于西门子B15 CSASeriesHeaderInfo信息丢失。
nii_viewer:
修复了通过按键放大/缩小的错误。

2016.5.9.0

nii_viewer:更新阶段lut为三个;添加“在新窗口中打开”

2016.5.6.0

更正后的版本号

2016.5.5.0

Dicm2nii:更好的旧/坏数据拼接检测;默认转换MoCo系列。
nii_viewer:为复杂数据添加了两个LUT:对视网膜检查很有用。
Dicm_hdr:性能调整:几乎100%的改进。
许多小的修复和改进。

2016.3.24.0

1.dicm2nii:修复罕见情况下的Siemens马赛克检测。
2.nii_viewer:允许背景图像在堆栈中移动;
去除DTI矢量线的一些限制。
3.一些小的修复。

2016.1.31.0

1.Nii_viewer:错误修复了混乱的set_file回调;
2.一些小的改进。

2016.1.27.0

1.Dicm2nii:支万博1manbetx持大端dicom文件;
2.其他小的修复。

2016.1.15.0

检查更新:修复下载到当前目录的问题。

2016.1.14.0

1.Nii_viewer:实现时间路线图;
2.nii_viewer:修复了一些Matlab版本中由于不可见图形而导致的挂起问题;
3.Dicm_img:修复了不将字节类型转换为double的错误。

2016.1.12.0

1.从dicm2nii和nii_viewer GUI实现更新检查;
2.对dicm2nii、nii_tool和nii_viewer使用matlab的pref方法;
3.dicm2nii:修复文件缺少SeriesInstanceUID;
4.Nii_viewer:一些改进和错误修复。更快的显示

2016.1.5.0

修复和改进dicm2nii, nii_tool,主要是nii_viewer:
1.友好的文件列表GUI;
2.添加叠加Ctrl拖放;
3.调制图像显示;
4.ROI标签显示,如AAL;
5.更多LUT选项,包括自定义LUT。

2015.11.28.0

Nii_viewer:在之前的更新中引入的错误修复(重新定位问题)

2015.11.27.0

nii_viewer:
1.避免Linux下白色背景错误;
2.修复了alpha和s/qform不匹配的情况。

2015.11.22.0

Nii_viewer修复和改进:
1.修正了sform=0时nii的错误;
2.增加“Show NIfTI essentials”;
3.白色背景效果更好。

2015.11.20.0

1.dicm2nii: GUI支万博1manbetx持文件夹/文件的拖放;可选保存JSON文件;
2.Nii_tool:部分gz解压缩使HDR读取更快;
3.nii_viewer:实现了键导航和缩放;允许L/R翻转,白色背景等。

2015.11.5.0

修复了Show NIfTI hdr/ext的Bug

2015.11.4.0

1.实现nii_viewer。M代表nii可视化;
2.添加文件nii_xform重采样/转换nii图像;
3.dicm2nii, nii_tool等的一些小改进;
4.包括Maarten van der Seijs的dndcontrol。

2015.9.26.0

1.注意PAR/REC和多帧dicom的不规则切片排序;
2.修复了nSlices = 1的错误;
3.其他小的修复。

1.44.0.0

1.nii_tool:自动检测图像读取的RGB样式;
2.尝试修复一些多波段数据的切片定时;
3.其他一些小修复。

1.43.0.0

专业:存储文本NIfTI扩展信息,如DTI bval/bvec,切片定时,回经参数等
次要:更多的丢失文件检查和一些小的修复和改进

1.42.0.0

不存储ecode=40 NIfTI扩展由于可能的问题与FSL

1.41.0.0

修复最新Matlab版本的问题:uint32数字句柄和parpool。

1.40.0.0

1.可以将BrainVoyager文件转换为NIfTI;
2.飞利浦数据phaseDir的Bug修复;
3.nii_tool允许设置默认的NIfTI版本和RGB样式;
4.其他小的修复和改进。

1.39.0.0

1.工作多学科/研究数据;
2.不会跳过派生数据,例如来自GLM/DTI的数据;
3.变换考虑了切片方向上可能发生的剪切;
4.许多小的改进。

1.38.0.0

1.修正了相位编码方向的错误;
2.改进DTI bvec征象处理;
3.许多小的修复和改进。

1.37.0.0

1.dicm2nii可以保存SPM风格的NIfTI;
2.nii_tool可以转换3D和4D NIfTI;
3.许多其他修复和改进。

1.36.0.0

1.包含新文件nii_tool。m,可以读写几乎任何数据类型的不同版本的NIfTI文件;
2.Dicm_img在默认情况下返回与dicomread相同的结果(转置img);
3.在Windows和Linux中包含pigz,用于快速gz(解压缩)。

1.34.0.0

1.修复单帧多帧dicom的错误;
2.使切片数检测更可靠;
3.其他小的改进。

1.33.0.0

1.如果可能的话,使用ImagePositionPatient来派生SliceThickness;
2.用唯一的ImagePositionPatient覆盖dicom头中的切片数;
3.增加RescaleIntercept和RescaleSlope一致性检查。

1.32.0.0

参见先前更新

1.31.0.0

1.如果有合适的工具,使用平行工具;
2.Octave 3.8.1的第一个测试版本(GUI不工作);
3.一些小的修复。

1.30.0.0

1.修复了GE多帧dicom中缺少切片数的错误;
2.sort_dicm负责多个StudyID;
3.对dicm2nii, dicm_hdr和dicm_dict的微小改进。

1.29.0.0

sort_dicm的可选输出参数

1.28.0.0

1.包括新的文件sort_dicm,它将不同主题的文件分类到子文件夹中;
2.记住上次转换的GUI设置;
3.其他小的改进。

1.27.0.0

在飞利浦PAR文件中处理不同车厢的退货问题

1.26.0.0

1.通过一些第三方dicom转换器来处理丢失的VR;
2.一些小的改进。

1.25.0.0

1.修复了由PAR 4.2关键字大小写变化引起的问题;
2.忽略PAR文件扩展名的大小写。

1.24.0.0

1.能处理压缩tgz, tar文件吗
2.一些小的修复

1.23.0.0

1.处理非唯一的ixyz;
2.修复了交错降序的slice_code的错误;
3.修复了GE交叉文件顺序的Bug;
4.存储读数为DTI。

1.22.0.0

1.更改图像存储以使DTI数据适用于FSL 5.05及更高版本
2.改变FSL图像空间的相位方向
3.Siemens数据使用“ProtocolName”
4.GE数据:可获取相位方向,供后续版本使用;注意交叉编号

1.21.0.0

1.修复工作的新GE数据,包括DTI;
2.改进了多主体数据转换;
3.GE/Philips数据更好的文件名;
4.许多小的修复和改进。

1.20.0.0

不再设置cal_min和cal_max,避免显示范围问题。

1.19.0.0

1.存储FSL切片计时在dcmHeaders.mat;
2.实现多频带dicom的切片定时;
3.修复了一些GE数据切片顺序的错误;
4.其他小的改进;

1.18.0.0

1.MoCo系列检测的bug修复;
2.修复了rename_dicm中的错误:缺少制造商

1.17.0.0

1.万博1manbetx支持dicom没有元信息;
2.修复了gzip的错误。m检测;
3.修复了~作为主文件夹的问题;
4.改进了错误信息文件。

1.16.0.0

专业:
1.跳过丢失文件检查;
2.允许在系列的开头出现缺失的文件。
未成年人:
1.修复了DTI参数解析的Bug;
2.也保存错误信息到一个文件;
3.其他小的改进。

1.15.0.0

1.DTI参数的Bug修复和改进。
2.正确处理Philip多帧B0映射。
3.大大提高了多帧dicom的速度。

1.14.0.0

1.实现AFNI HEAD/BRIK文件的转换。
2.修复了处理当前文件夹为src文件夹等的错误。

1.13.0.0

1.dicm_hdr的小改进:正确读取V4.1 PAR文件;
2.使一些MRI参数是非强制性的,所以可能适用于其他模式。

1.12.0.0

1.万博1manbetx支持隐式VR dicom;
2.通过从dicm2nii中提取dicm_hdr、dicm_img和dicm_dict,使用户可以使用它们。添加rename_dicm。
3.改善dicm_hdr

1.11.0.0

1.飞利浦多帧dicom的第一个工作版本
2.对dicm_hdr进行了一些调整
3.小错误修复

1.10.0.0

1.适用于西门子非马赛克DTI数据。
2.使xform矩阵健壮,旨在为飞利浦单一dicom文件工作(虽然没有测试数据)。
3.dicm_hdr现在可以解码SQ了。
4.避免全文件,因为在旧的Matlab中它不接受cellstr。

1.9.0.0

专业:首次实现GE和飞利浦数据转换。
Minor:移除对normc等的依赖。

1.8.0.0

修复了上次更新中引入的DTI bval/bvec文件的错误

1.6.0.0

1.尝试并建议使用pigz进行gz压缩
2.修复了DTI数据有多个激励时缺少字段的错误。
3.保护GUI免受命令行绘图的影响。

1.5.0.0

修复了'*'输入的错误,并对dicom报头读取进行了一些小改进

1.4.0.0

一些SPM用户可能没有成像处理工具箱。此更新删除了此依赖项。这也加快了dicom头解析的速度。

1.3.0.0

1.文件名由dcm2nii更改。M到dicm2nii.m。这将避免与MRICron的dcm2nii转换器混淆。
2.实现GUI。
3.修复了多个文件的cellstr输入的错误。

1.2.0.0

1.允许为nii指定一个subjectID;
2.接受更多的输入源选项,比如1个或多个dicom文件,或者像run1*.dcm这样的通配符;
3.在m文件中包含相关的NIfTI工具箱代码,以便分发。

1.1.0.0

代码的一些小改进。添加一行用于使用。

1.0.0.0

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