主要内容

sbiosimulate

模拟SimBiology模型

描述

例子

(时间,x,的名字)= sbiosimulate (modelObj)返回三个输出仿真结果,时间,向量样本,x、仿真数据和的名字仿真数据的列标签x。这个函数模拟了SimBiology®模型modelObj在使用激活配置集及其活跃的剂量和活跃的变体。

例子

(时间,x,的名字)= sbiosimulate (modelObj,csObj)返回仿真结果使用指定的configset对象csObj,任何积极的变异,任何积极的剂量。任何其他configsets被忽略。如果你设置csObj[]configset,函数使用活跃。

例子

(时间,x,的名字)= sbiosimulate (modelObj,dvObj)返回仿真结果所指定的使用剂量或变异dvObjconfigset和活跃。dvObj可以是下列之一:

如果你设置dvObj[]configset,函数使用活跃,活跃的变体,和活跃的剂量。

如果您指定dvObj作为变量,函数使用指定的变异和活跃的剂量。其他变体被忽略。

如果您指定dvObj剂量,变异函数使用指定的剂量和活跃。其他任何剂量被忽略。

例子

(时间,x,的名字)= sbiosimulate (modelObj,csObj,dvObj)返回使用configset仿真结果对象csObj和剂量、变量或数组指定的剂量或变异dvObj

如果你设置csObj[],那么函数使用活跃configset对象。

如果你设置dvObj[],那么这个函数使用没有变异,但使用积极的剂量。

如果您指定dvObj作为变量,函数使用指定的变异和活跃的剂量。其他变体被忽略。

如果您指定dvObj剂量,变异函数使用指定的剂量和活跃。其他任何剂量被忽略。

例子

(时间,x,的名字)= sbiosimulate (modelObj,csObj,variantObj,doseObj)返回使用configset仿真结果对象csObj,变体数组指定的对象或变体variantObj剂量和对象或数组指定的doseObj

如果你设置csObj[],那么函数使用活跃configset对象。

如果你设置variantObj[],那么这个函数使用没有变异。

如果你设置doseObj[],那么函数不使用剂量。

例子

simDataObj= sbiosimulate (___)返回仿真结果SimData对象simDataObj使用任何输入参数在前面的语法。

例子

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加载一个样本SimBiology模型。

sbioloadprojectradiodecay.sbproj

仿真停止时间更改为15秒。

csObj = getconfigset (m1,“活跃”);集(csObj,“Stoptime”15);

模拟模型和输出数组中返回。

[t x n] = sbiosimulate (m1);

物种的模拟结果xz

图;情节(t, x)包含(“时间”)ylabel (“州”)标题(“州与时间”)传说(“物种x”,“物种z”)

你也可以将结果返回到一个SimData对象

simData = sbiosimulate (m1);

画出模拟结果。

sbioplot (simData);

加载一个样本SimBiology模型。

sbioloadprojectradiodecay.sbproj

添加两个剂量的100个分子的物种x,分别安排在2和4秒。

dObj1 = adddose (m1,“d1”,“安排”);dObj1。数量= 100;dObj1。AmountUnits =“分子”;dObj1。TimeUnits =“第二”;dObj1。时间= 2;dObj1。TargetName =“unnamed.x”;dObj2 = adddose (m1,“d2”,“安排”);dObj2。数量= 100;dObj2。AmountUnits =“分子”;dObj2。TimeUnits =“第二”;dObj2。时间= 4;dObj2。TargetName =“unnamed.x”;

模拟模型不使用剂量或任何剂量数组的子集。

sim1 = sbiosimulate (m1);sim2 = sbiosimulate (m1, dObj1);sim3 = sbiosimulate (m1, dObj2);sim4 = sbiosimulate (m1, [dObj1 dObj2]);

策划的结果。

sbioplot (sim1)

sbioplot (sim2)

sbioplot (sim3)

sbioplot (sim4)

加载一个样本SimBiology模型。

sbioloadprojectradiodecay.sbproj

从模型中获取默认配置设置。

defaultConfigSet = getconfigset (m1,“默认”);

添加一个预定剂量的100种分子在2秒x

dObj = adddose (m1,“d1”,“安排”);dObj。数量= 100;dObj。AmountUnits =“分子”;dObj。TimeUnits =“第二”;dObj。时间= 2;dObj。TargetName =“unnamed.x”;

使用configset模拟模型和剂量对象。

sim = sbiosimulate (m1, defaultConfigSet dObj);

策划的结果。

sbioplot (sim);

加载一个样本SimBiology模型。

sbioloadprojectradiodecay.sbproj

添加一个新的配置设置使用的停止时间15秒。

csObj = m1.addconfigset (“newStopTimeConfigSet”);csObj。StopTime = 15;

添加一个预定剂量的100种分子在2秒x

dObj = adddose (m1,“d1”,“安排”);dObj。数量= 100;dObj。AmountUnits =“分子”;dObj。TimeUnits =“第二”;dObj。时间= 2;dObj。TargetName =“unnamed.x”;

添加一个变异的物种x使用不同的初始数量的500个分子。

vObj = addvariant (m1,“v1”);addcontent (vObj, {“物种”,“x”,“InitialAmount”500});

使用相同的configset模拟模型,变体,和剂量对象。使用相同的输入参数的顺序如图所示。

sim = sbiosimulate (m1, csObj、vObj dObj);

策划的结果。

sbioplot (sim);

输入参数

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SimBiology模型,指定为一个SimBiology模型对象。最低限度需要一个反应或利率规则模型模拟。

配置集对象,指定为一个configset对象存储simulation-specific信息。当你指定csObj作为[],sbiosimulate使用当前活动configset对象。

如果你的模型包含事件csObj对象不能指定“expltau”“impltau”SolverType财产。

如果你的模型包含剂量,csObj对象不能指定“ssa”,“expltau”,或“impltau”SolverType财产。

剂量或变体对象,指定为一个ScheduleDose对象,RepeatDose对象一个剂量对象数组,不同的对象或变体对象数组。

  • 使用[]当你想明确排除任何变体的对象sbiosimulate函数。

  • dvObj是一个对象,sbiosimulate使用指定的剂量对象以及对象如果可用任何积极的变体。

  • dvObj是一个变体对象,sbiosimulate使用指定的变量对象以及任何活跃的剂量对象如果可用。

不同对象,指定为一个不同的对象或变体数组对象。使用[]当你想明确排除任何变体对象sbiosimulate

量对象,指定为一个ScheduleDose对象,RepeatDose对象或剂量对象数组。一剂对象定义是用来增加物种数量或参数值。使用[]当你想明确排除任何剂量的对象sbiosimulate

输出参数

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向量的时间样本,作为一个返回n×1向量包含模拟时间步。n是时间样本的数量。

模拟数据,作为一个返回n×m数据数组,n是样品和数量的时间是模拟登录的状态数。每一列的x描述了一个物种的数量的变化,隔间里,随着时间的推移或参数。

物种的名字、车厢或参数,作为一个返回m×1单元阵列的特征向量。换句话说,的名字包含的列标签仿真数据,x。如果在多个隔间物种,物种的名字是合格的隔间的名字形式compartmentName.speciesName

模拟数据,作为一个返回SimData对象保存时间和状态数据和元数据,比如登录状态的类型和名称或配置设置中使用模拟。你可以访问时间、数据和存储在一个名字SimData对象通过使用它的属性。

版本历史

之前介绍过的R2006a