如何编码和建立一个更小的阵列和2d图带电粒子，使集群(因为他们通过指数链接)使用电荷，没有孤对电子和键序?

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ANINDYA GANGULY 2021年9月12日

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//www.tianjin-qmedu.com/matlabcentral/answers/1451514-how-to-code-and-build-a-smaller-array-and-2d-plot-charged-particles-to-make-clusters-as-they-are-li

评论道: ANINDYA GANGULY2021年9月13日

Testfile4.xlsx

在工作表中，我提供了指数、电荷和孤对电子的值以及特定的键序值，这些键序值是为特定的原子(C/H)获得的，因为它与其他C和H相互作用以建立簇。有没有一种代码可以在2D/3D上绘制这些，我们可以对集群进行颜色编码，并改变特定集群的大小等等。

这是一个4000x16的矩阵。

我已附上文件供您参考。

问候

答案(2)

图像分析 2021年9月12日

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Scatter()和scatter3()以及plot()都允许您指定标记的颜色和大小。你有试过吗?

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ANINDYA GANGULY 2021年9月12日

你好，图片分析师

我已经解决了记号笔、颜色和尺寸的限制。但我试图在建立集群(连接指标)时，在施加电荷、孤对值和原子的键序时绘制图形。如果您能在我使用索引构建集群时帮助我注入这些约束，我将非常感激。

非常感谢您宝贵的时间和支持。万博1manbetx

亲切的问候

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明星黾 2021年9月12日

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我不确定你想要什么。我不知道是什么收集指数的暗示。

试试这个——

T1 =可读(“//www.tianjin-qmedu.com/matlabcentral/answers/uploaded_files/735859/Testfile4.xlsx”，“VariableNamingRule”，“保存”）

T1 =4000×16表

原子的名字 负责 不。孤对的 原子Id 原子name_1 id_1 id_2 id_3 id_4 id_5 bo_id_1 bo_id_2 bo_id_3 bo_id_4 bo_id_5 原子键序(bo和) ＿＿＿＿＿＿＿＿＿ ＿＿＿＿＿＿ _________________ ＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿ ___________ ＿＿＿＿ ＿＿＿＿ ＿＿＿＿ ＿＿＿＿ ＿＿＿＿ ＿＿＿＿＿＿＿ ＿＿＿＿＿＿＿ ＿＿＿＿＿＿＿ ＿＿＿＿＿＿＿ ＿＿＿＿＿＿＿ ___________________________{' C '} -0.067 0 3994 {' C '} 3870 3996 1663 3993 0 0 0.952 0.948 0.949 1.064 3.913 -0.175 {' C '} {' C '} 3990 0 464 3989 3991 3992 0 0 0.956 1.176 0.956 0.957 4.046 -0.157 {' C '} {' C '} 398 0 1411 397 400 3944 0 0 0.959 0.958 0.956 0.954 3.827 -0.077 {' C '} {' C '} 1869 0 101 1070 837 3911 0 0 0.66 1.099 1.421 0.974 4.153 -0.141 {' C '} {' C '} 3901 0 2227 3903 2100 3902 0 0 0.96 0.95 0.937 1.03 3.877 -0.194 {' C '} {' C '} 389 0 390 391 1651 3876 0 0 1.047 0.958 0.952 0.97 3.927 -0.164 {' C '} {' C '} 676 3320 0 24221435 3854 0 0.954 0.959 0.945 1.062 0 3.92 {'C'} -0.264 0 3121 {'C'} 2915 2187 3703 3851 0 0.942 0.946 0.95 0.944 0 3.783 {'C'} -0.162 0 33 {'C'} 34 35 3680 3844 0 0.939 0.958 0.948 0.96 0 3.806 {'C'} -0.16 0 1034 {'C'} 2691 832 1036 3834 0 0.932 0.959 0.948 0.893 0 3.732 {'C'} -0.167 0 3829 {'C'} 2732 3832 3831 3830 0 0.966 0.939 0.953 0.953 0 3.812 {'C'} -0.289 0 3274 {'C'} 2352 1816 3276 3819 0 0.952 0.951 0.951 0.954 0 3.807 {'C'} -0.09 0 506 {'C'} 505 923 802 3811 0 1.074 0.942 0.727 0.959 0 3.702 {'C'} -0.205 0 1421 {'C'} 1808 2462 3891 3735 0 0.978 0.56 0.958 0.943 0 3.439 {'C'} -0.184 0 1810 {'C'} 1742 1048 2611 3727 0 1 0.954 0.957 0.955 0 3.866 {'C'} -0.167 0 3694 {'C'} 3693 1003 1788 3696 0 0.916 0.957 0.959 0.952 0 3.784

[G,ID] = findgroups(T1。（“原子名称”）);%原子名称组

Lv = G= 1;

% sv = (G==1)。*12 + (g ==2).*1;

% cv = (G==1)*[1 0 0] + (G==2)。*[0 0 1];

数字

hs(1) = scatter3(T1.charge(Lv)， T1。（“不。孤对的) (Lv)、T1。（原子键序(bo的和)) (Lv) 12“r”，“填充”）；

持有在

hs(2) = scatter3(T1.charge(~Lv)， T1。（“不。孤对的) (~ Lv) T1。（原子键序(bo的和)) (~ Lv) 2“b”，“填充”）；

持有从

网格在

包含(“充电”）

ylabel (“孤独对的数量”）

zlabel (“原子键令”）

传奇(ID、“位置”，“最佳”）；

打破了 scatter3 绘图成两个单独的调用是必要的传说正确地识别这两个元素。

．

12个评论
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ANINDYA GANGULY 2021年9月13日

你好，星际黾。谢谢你的建议。我一定会尝试使用它。但在这里，我的目标有点不同。

1)在Testfile4.xlsx中，C和H原子(索引从1到4000)相互链接/连接形成簇。集群可以是任意大小，这取决于它们彼此之间的连接方式。原子列的索引给了我们4000个原子的列表(总no。的原子)。

2)并非所有原子都相互结合。一个原子(带有电荷和孤对)通过键与0、1、2、3、4或5个原子相连。它们分别用id_1、id_2、id_3、id_4和id_5列表示，它们与原子id列中原子的键序用bo_id_1、bo_id_2等表示。

3) id_1, id_2…id_5consists of the same atoms which are already listed in id of atoms column. They provide information about which of atoms is actually connected to the atom whose index is listed in the id of atom column).

4)因此，对于ex，第1列的第一个原子(碳/C)， id 3994(电荷-0.067，孤对0，原子键序3.913)连接/键合到id_1, id_2，…Id_5，其bo值在下一列中给出。id_1, id_2，…id_5such as 3870 in id_1 column, 3996 in id_2 column are all listed in the id of atoms column.

我想把所有这些原子都画成一个三维图。但并不是所有的原子都相互结合在一起，原子团可以是任意大小的，甚至可以是单个的C或H。

请帮助我解决这个问题。感谢。

衷心感谢您的时间和支持。万博1manbetx

问候

ANINDYA GANGULY 2021年9月13日

Testfile3.xlsx

你好，星际黾。C和C如何成键或者说C和H如何成键;H和H在团簇中的成键方式都列在Id_1 Id_2等列中。如果你读了我的第一个回答，你会看到在原子id列中列出的C和H原子已经是群集的一部分。它们分别与0到5个原子相连这就是为什么我把id_1 id_2等列;键序为我们提供了C(任意元素)如何与另一个元素(单键/双键等等)结合的信息。它必须带正电才能成键。

我想要的是得到所有的簇。如。在簇1中，3994与另外4个原子成键(它们可以是C原子或H原子)现在这4个原子也与其他原子成键，以此类推。但在这4000个原子中，并不是所有的原子都属于一个单一的原子簇。比如3994，它连着4个原子;这4个原子可能只是连接到3994，它使一个由5个原子组成的群集(这只是一个例子)类似地，下一个c的索引为3990，它也连接到4个原子，可能是一个更大的群集的一部分;

如果向下滚动Testfile4.xlsx工作表，就会发现仅由单个H和单个C或CC或HH和CCC等组成的集群。可以通过检查id_1、id_2等项下的值来确定。有一列列着每个原子的键数。我已附上工作表3供您参考。

星团的形状是由它们结合的方式决定的。这就引出了键序，孤对和电荷的概念;当我们能够施加键序，电荷和孤对值时;我们会知道它们是如何成键的;双键，单键;三键等等。

问候

ANINDYA GANGULY 2021年9月13日

Testimage.png

我上传了它供我们参考。谢谢你的帮助。

问候

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