MATLAB的答案

“MassAction”与“未知”动能定律(SimBiology)

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emjey
emjey 2018年8月20日
回答: 亚瑟Goldsipe 2018年8月20日
我实现了一个简单的模型
一个< - > B
在2版本,使用SimBiology可逆反应
  • version1:使用预定义的反应类型“MassAction”
  • version2:使用反应类型“uknown”
浓度与A、B(微摩尔/升),隔间X, Y [L],反应速率kf,基米-雷克南(1 / h)。
这些模型的见下截图:
模型版本1
模型版本2
一个被两个不同的模型,但没有警告或错误版本2的标记。
Version1是正确的,但预处理后,显示用户定义通量自动纠正卷。
在Version2反应速率是除以第一卷X -这个模型是错误的体积是应用于物种从另一间。
我想知道为什么软件对这些模型不同。解析器shiould已经发现这样轻松misformulation (zip文件附加)。
任何评论将会非常感激,Maciej

在回答这个问题。

接受的答案

亚瑟Goldsipe
亚瑟Goldsipe 2018年8月20日
嗨Maciej,
这是一个很好的问题。我们做什么SimBiology文档 在这里 。让我试着给出一些了解“为什么”在这篇文章中。(让我添加一个免责声明,这只是我的猜测/意见,因为我没有在产品当时这些决定。)
我想简单的回答是这样的:
SimBiology不做体积修正你所期望的,因为它不是用来分析反应率的数学形式与未知动力学相关的法律。
这里是一个更详细的回答:
当用户创建一个使用质量作用的反应动力学,我们可以相当自信的建模的目的。SimBiology可以通过编程建立反应速率,增加体积修正。(我个人想改变SimBiology的行为使这些体积修正我们对用户更加透明,反应速率总是显示体积修正,而不只是向他们展示在方程视图)。
另一方面,当一个用户可以使用任意的MATLAB代码编写反应速率,我们必须决定多少分析我们将以识别用户的意图。我们决定只分析我们将做的反应速率是多维度分析(1)检查尺寸一致性和(2)确定利率每时间或浓度时间。如果分析表明,反应浓度每时间,然后转换为使用每个时间 只有 反应物体积,除了上面的可逆质量作用动力学。
亚瑟

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