嗨,瓦伦提娜,
看你描述的问题和您附加的文件我有一些想法可能发生。
- 在优化过程中,优化算法将提出模拟模型的参数值。优化时常常卡住的参数模型是“硬”模型模拟与原因行为:解随时间迅速变化和解决需要许多小时间步长计算常微分方程的解在公差要求。因为解决常微分方程需要很多时间步骤,它可以花很长时间。一个例子当这发生时,在优化过程中,一个参数,发生在常微分方程中的分母,归零。结果,特定的术语和参数在分母将迅速增加,导致快速变化和“硬”的行为。建议1:我建议使用一个僵硬的ODE求解器(日晷或ode15s),见也在这里。注意,即使使用硬解算器,这种行为仍然会出现。建议2:对对数变换的参数估计。这样可以确保参数的积极性。看到在这里下,6点。看起来你已经这样做的项目。建议3:上下边界强加给你估计的参数。看到在这里在7点。建议4:使用优化的情节进展任何参数是否“爆炸”或将在后续迭代中零。也许解决这些参数(不要估计)。
- 当你说MATLAB不回应,那可能是什么SimBiology模拟模型的迭代是极其“硬”。因为SimBiology加速模拟编译C代码的模型,模拟并不发生在MATLAB(但在C),因此不能停了下来。因此,MATLAB会话出现卡住了。如果你再遇到这个,您可以尝试多次使用ctrl - c(指挥+阶段性重点在Mac)命令中断计算和MATLAB再次回应。
- 在你合适的任务,你的反应是肝脏数据只但你有多个响应数据。SimBiology支万博1manbetx持使用多个响应进行估计,也看到这一点纳米颗粒的项目。您可以添加响应的脾、等离子体等通过将数据列映射到适当的组件模型。
- 它看起来就像您使用不适当的数据格式化SimBiology的估计。我假设你剂量只有在时间为零。如果是这样的话,你应该有一个行数据与时间戳零和相应的剂量岳得尔歌集》(87),尽管所有反应是空(excel),或南(曾经在MATLAB / SimBiology进口)。同样,又一次零剂量列的条目应该是空的。看到截图5点在这里。
这里有一些更多的相关资源与SimBiology参数估计。
