灰质面积和体积计算

16次(最近30天)

Qvna Lhyvnav 2020年4月22日

编辑: Qvna Lhyvnav2020年5月10日

答:接受瑞安Comeau

J.jpg

你好，我现在的工作是大脑MRI图像的灰质区和体积计算。我对下面的代码有一些疑问:

                    %面积计算
                   
                    Pixel_Numbers =总和(J (:));
                   
                    DistanceinUnit = 1.796875;基于像素间距的%(单位:mm?)
                   
                    DistanceinPixel =√x ^ 2 + y ^ 2);
                   
                    DistancePerPixel = DistanceinUnit / DistanceinPixel;
                   
                    面积= (Pixel_Numbers) * (DistancePerPixel ^ 2);是mm^2还是mm^2/像素?
                   
                    %体积计算(公式正确吗?)
                   
                    LengthinPixel =长度(找到(J (:) = = 1));
                   
                    长度= LengthinPixel * DistanceinUnit;
                   
                    体积=面积*长度;

关于像素间距的信息为1.796875\1.796875。如果你能帮我找出答案，我会很高兴的。这是图片。谢谢你！

2的评论
显示隐藏 1年长的评论

Qvna Lhyvnav 2020年4月24日

J.jpg

抱歉，这个名字很难听的图像:D不，它不是。我把新的贴在这里。

怀疑是:

我是否根据MRI图像中的像素间距信息正确定义了“DistanceinUnit = 1.796875”?
我的脚本是基于你的(空间校准脚本)，但我混淆了面积单位，因为DistanceinPixel =像素;DistancePerPixel = mm /像素;面积=像素*(mm^2/像素^2)= mm^2/像素。我的定义是正确的还是遗漏了什么?我想用毫米单位来表示面积。
我也想计算体积，但我的脚本是正确的(面积x长度)?我不知道如何找到高度信息。

期待你的回复。谢谢你！

登录评论。

登录回答这个问题。

接受的答案

瑞安Comeau 2020年5月6日

1
链接

直接链接到这个答案

//www.tianjin-qmedu.com/matlabcentral/answers/519856-gray-matter-area-and-volume-calculations#answer_430691

你好，我觉得你的形象已经被一分为二了。这意味着我们可以很好地利用regionprops函数获得区域。 //www.tianjin-qmedu.com/help/images/ref/regionprops.html。

在体积方面，您是否想要合计该区域*强度的像素数?在这种情况下，如果图像是二进制的，体积和面积将是相同的。体积=面积*高度，但高度是1，因为你的图像是二进制的。

你现在想要的最后一件事是像素到毫米?只要确定这个的转换，如果一个像素是1.796875x1.796875，我们将有一个面积=(1.796875)^2*num_pixels。

如果所有区域都是一个块，它将从regionprops返回，如果不是，则需要对其进行求和。以下是我对这个问题的逻辑:

                        形象= imread (“J.jpg”）;
                       
                        形象=重新调节(形象,0,1);%的帮助二值化
                       
                        BW_im = imbinarize(图片);%参阅文档，它是通用的
                       
                        hh = regionprops (BW_im, {“重心”，“区域”});%的质心位置。
                       
                        total_area = 0;
                       
                        total_volume = 0;
                       
                        身高= 1;%你的图像是二进制的，如果不是，这将逐像素改变。
                       
                        %也可以参见regionprops函数来汇总像素值。
                       
                        为i = 1:长度(hh)
                       
                        total_area = total_area + hh .Area;
                       
                        total_volume = total_volume + (hh (i) .Area *高)
                       
                        结束
                       
                        area_in_mm = (1.796875 . ^ 2) * total_area;

希望这对你有所帮助，如果没有，请发表评论。

钢筋混凝土

3评论
显示隐藏特殊照顾年长的评论

Qvna Lhyvnav 2020年5月9日

你好,RC。

是的，我的图像已经二进制化了，你的代码完全适合我!但是，我有一些关于高度的问题。我继续读下去如何返回边界框的高度? ，则高度定义为:

                             x = imread (“coins.png”) > 100;
                            
                             bb = regionprops (x,的边界框(“大小)）
                            
                             bbMatrix = vertcat (bb (:) .BoundingBox)
                            
                             bbMatrix (:, 3);%的高度

我应用了你的代码，我卡住了转换细胞到结构数组。我用cell2struct。

                             形象= imread (“J.jpg”）;
                            
                             形象=重新调节(形象,0,1);
                            
                             BW_im = imbinarize(图片);
                            
                             hh = regionprops (BW_im, {“重心”，“区域”，的边界框(“大小)})；
                            
                             total_area = 0;
                            
                             total_volume = 0;
                            
                             身高= vertcat (hh (:) .BoundingBox);
                            
                             身高= num2cell(高度(:,3));% cell2struct吗?
                            
                             为i = 1:长度(hh)
                            
                             total_area = total_area + hh .Area;
                            
                             total_volume = total_volume + (hh (i) .Area *高)
                            
                             结束
                            
                             area_in_mm = (1.796875 . ^ 2) * total_area;

你对此有什么想法吗?我还想知道你对二值图像的高度参考是1是多少?谢谢你之前。

瑞安Comeau 2020年5月9日

你好，在上面的代码中，bb是一个结构体，它的行有:

bbMatrix = vertcat (bb (:) .BoundingBox)

就是把一个结构转化成一个矩阵。

边栏:在MATLAB中，有矩阵，单元矩阵和结构。

创建这个矩阵是因为在vertcat()操作期间有一个看不到的隐藏索引。在这个操作中，结构数组和结构数组的字段都被索引。换句话说，场是一个向量。例如，我们可以使用bb(1). boundinbox(3)或bb(3). boundingbox(1)。在这种情况下，高度似乎是包围框的第三个元素，它不是3D高度，而是2D高度。如果你想要这个边界框的高度，你实际上不需要从结构数组中删除它，你可以简单地更改代码如下:

                             形象= imread (“J.jpg”）;
                            
                             形象=重新调节(形象,0,1);
                            
                             BW_im = imbinarize(图片);
                            
                             hh = regionprops (BW_im, {“重心”，“区域”，的边界框(“大小)})；
                            
                             total_area = 0;
                            
                             total_volume = 0;
                            
                             为i = 1:长度(hh)
                            
                             total_area = total_area + (hh (i) .BoundingBox (3) * hh (i) .BoundingBox (4));在这里变化百分比
                            
                             total_volume = total_volume + (hh(我).Area * 1)
                            
                             结束
                            
                             area_in_mm = (1.796875 . ^ 2) * total_area;

请注意，边界框可能会返回整个区域的平均高度(我不知道，你需要检查文档)，而不是逐像素的高度

二值图像的定义是有1或0。这就是为什么所有的高度都是1。如果你有一个灰度脑扫描，我们可以把每个像素的高度加起来得到一个体积。

希望这有助于

钢筋混凝土

Qvna Lhyvnav 2020年5月10日

我理解你对bounding box的解释，但是我不明白你为什么把hh(I). boundingbox(4)放到total_area里面。我的逻辑是这样的:

                             total_area = total_area + hh .Area;
                            
                             total_volume = total_volume + (hh(我).Area * hh (i) .BoundingBox (3))%height是包围框的第3个元素

您想要详细说明您的代码吗?

读完之后我还有一个想法谁能告诉我如何计算分割区域的体积? ．我添加了切片厚度信息，所以代码是这样的:

                             形象= imread (“J.jpg”）;
                            
                             形象=重新调节(形象,0,1);
                            
                             BW_im = imbinarize(图片);
                            
                             hh = regionprops (BW_im, {“重心”，“区域”})；
                            
                             voxel_numbers = 0;
                            
                             为i = 1:长度(hh)
                            
                             voxel_numbers = voxel_numbers + hh .Area;
                            
                             结束
                            
                             Pixel_Spacing = [1.796875, 1.796875];Slice_Thickness = 4;
                            
                             Volume_Per_Voxel = Pixel_Spacing(1)*Pixel_Spacing(2)* Slice_Thickness;
                            
                             Volume_in_mm3 = Volume_Per_Voxel * voxel_numbers;

我的代码有意义吗?谢谢你，RC。

登录评论。

灰质面积和体积计算

2的评论
显示隐藏 1年长的评论

接受的答案

3评论
显示隐藏特殊照顾年长的评论

更多的答案(0)

另请参阅

类别

标签

s manbetx 845

释放

社区寻宝

灰质面积和体积计算

2的评论 显示隐藏 1年长的评论

接受的答案

3评论 显示隐藏特殊照顾年长的评论

更多的答案(0)

另请参阅

类别

标签

s manbetx 845

释放

社区寻宝

2的评论
显示隐藏 1年长的评论

3评论
显示隐藏特殊照顾年长的评论