您可以使用pyvips。它有点学习曲线设定它正常工作,但允许储蓄OME-TIFF QuPath可读性。遵循:
https://github.com/libvips/pyvips/issues/170
欢呼,
节省大型、高通道数口角QuPath使用
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我试图拯救一个大(~ 100 kx50k像素)的tiff图像有8频道的目标在QuPath能够打开它。理想情况下,这将是瓷砖和锥体,尽管我可以保存后生成金字塔。任何方向或引用这是知道,google和篡改我似乎都碰了壁。我想我应该能写多页bigtiffs blocproc,但我看不到怎么做。我的一些摇摇欲坠的如果这有助于在下面记录。
这些照片似乎太大写字tiff。写或bioformats bfsave图书馆。后我可以节省个人渠道tif bigTiffWriter //www.tianjin-qmedu.com/matlabcentral/fileexchange/42086-bigtiffwriter示例使用blocproc但我认为渠道应该单独的页面而不是样品和不知道如何编写多个大页面文件下面这个例子。我试着写出渠道与bigTiffWriter改为附加一个接一个,在模糊的希望它会创建多个页面但这产生一个无法写瓷砖错误,我不太明白为什么。我也试着写出来8每像素样本,这跑,但由此产生的文件似乎表现出奇怪的是当我试图创建金字塔bfconvert水平。有bfconvert运行。蝙蝠-pyramid-reso万博 尤文图斯lutions 5 -pyramid-scale 2 -noflat保存图像,由此产生的tiff读取bioformats进口国在斐济XxYx40片分辨率的意想不到的大小,而bfconvert文件中生成的金字塔水平的预期downsampled XxYx8片。Qupath不承认它是一个金字塔形的tiff和吸收两个小金字塔水平显然随机。我也试着拯救每个通道使用blocproc从matlab编译到一个单独的文件中,这似乎工作好,然后从这些与bfconvert连接并生成一个金字塔,但bfconvert调用运行3天到目前为止和书面文件约1/3的预期大小到目前为止,我不认为这是一个可行的路径……任何想法深深地知道。
