Ecopath的Matlab实现

作者:凯利卡尼

这个包提供了一种基于matlab的实现Ecopath算法(受欢迎的渔业生态系统建模工具的一部分与Ecosim Ecopath),以及一些功能Ecopath-style食物网的进一步分析和可视化。

本软件适用于那些已经熟悉Ecopath概念希望执行特定的计算,以及相关的分析食品网站,提供的GUI环境之外的原始母羊软件。它假定一个Matlab的基本工作知识。

如果你在研究中使用这段代码,请列举如下:

k·A·卡尼,“ecopath_matlab: Ecopath食物链算法基于matlab实现,“开源软件学报,2卷,没有。9日,2017年。

开始

先决条件

这个软件要求Matlab R2015b或更高版本(除了图形方法应该在R2014b功能或更高版本)。它还需要统计和机器学习工具。

没有操作系统限制之外所需Matlab本身。

目前,这个包不是兼容八度(v4.0.3)。

下载

Git用户可以直接克隆:

git克隆git@github.com: kakearney / ecopath_matlab-pkg

或者,你可以下载一个通过压缩版本的源代码克隆或下载>下载zip上面的按钮,或从ecopath_matlab条目MatlabCentral文件交换。从这个库文件交换的条目是每日更新。

安装

以下文件夹需要被添加到你(通过Matlab路径pathtool,目录等):

ecopath_matlab-pkg / ConsoleProgressBar ecopath_matlab-pkg /总ecopath_matlab-pkg cellstr2 ecopath_matlab-pkg / cprintf ecopath_matlab-pkg / ecopath_matlab ecopath_matlab-pkg / legendflex ecopath_matlab-pkg / readtext ecopath_matlab-pkg / regexpfound ecopath_matlab-pkg / setgetpos_V1.2 ecopath_matlab-pkg / wraptext

包内容

的ecopathmodel类

这个包围绕一个定制的Matlab类,ecopathmodel。的属性ecopathmodel对象的典型输入参数与单一生态系统食物网;提供函数来计算Ecopath质量平衡的方法。

构造函数的总结

• ecopathmodel:创建一个ecopathmodel对象

产权总结

• 直流:饮食成分表数据
• df:表岩屑的命运
• 丢弃:表渔业丢弃
• discardFate:表抛弃的命运
• 舰队:名称对应于模型中的每个渔具/舰队
• groupdata:表与群体相关的参数
• 着陆:表的渔业登陆
• 的名字:每组名称对应的模型
• ngear:钓鱼齿轮/舰队数量模型
• ngroup:数量的组(生活和碎屑)模型
• nlive:数量的生活团体(non-detrital)模型
• 血统:血统表值应用于参数
• 节:名称对应于每个multi-stanza集
• stanzadata:multi-stanza-set-related参数表

方法总结

• addpedigree:血统表添加条目
• calcstanzaB:计算和Q / B值multi-stanza Ecopath组
• checkstanza:填写(或验证)B, QB,英航值小节
• combinegroups:结合组和/或舰队ecopathmodel对象
• createensemble:建立一个合奏Ecopath模型参数
• displaybasic:将ecopath结果打印到屏幕上
• ecopath:Ecopath重写算法
• getpedigreevals:提取值对应于血统条目
• 图:ecopathmodel对象转换为测量对象
• networkindices:计算生态网络指标
• 排序:在一个ecopathmodel对象排序组和舰队
• sortbytrophic:排序ecopathmodel对象群体的营养水平
• stanzaindices:提取指数节组,年龄
• subpedigreevalues:在ecopathmodel替换值基于血统
• unitconvert:把单位的参数值

额外的功能

alonside提供一些额外的功能ecopathmodel类,包括函数导入和导出的数据,以及一些辅助功能调用ecopathmodel类方法由用户独立但也可以称为:

• ecopathmodel2rpath用逗号分隔的文件:打印ecopathmodel数据
• editstanzacalcs:从Ecopath复制multi-stanza计算
• mdb2ecopathmodel:从EwE6数据文件创建ecopathmodel对象
• networkindices食物网:计算网络指标
• rpath2ecopathmodel:创建ecopathmodel对象来自Rpath数据文件
• trophiclevel:估计营养级的食物网会员

使用

文档提供了每个函数和方法在这个包中通过标准的Matlab函数头,在Matlab通过访问帮助命令。页面的引用ecopathmodel类(包括链接的描述所有属性和方法)可以访问通过输入Matlab命令窗口如下:

医生ecopathmodel

类的概述,以及几个用法的例子,请参阅概述文档:ecopathmodel_overview.m。这个文件的发布版本中可以找到html / ecopathmodel_overview.html。

如果你使用这段代码在科学出版物,请引用使用开源软件文档的期刊论文(见上面JOSS徽章链接)。

贡献

这个包是受欢迎的社区的贡献!

报告bug,请提交一个问题在这里,包括:

• 您的操作系统
• 你的版本的Matlab和所有相关工具箱(类型版本在Matlab命令行得到这个信息)
• 代码/数据复制错误或缺陷的行为,和任何错误消息收到的全文

也请随时提交增强请求,或者把请求发送错误修复或新特性。

我做监控MatlabCentral FileExchange条目在评论中提出的任何问题,但更愿意在GitHub跟踪问题。

关于版本的

我认为这个软件只用于引用的标记版本。实际的改进代码是由问题不断出现,也不应标以版本号。我的编号系统,大约:

• 0。x: ecopathlite。处于起步阶段,根据我的博士学位论文工作。
• 1。x: mostly-stable ecopathlite。m代码套件(GitHub上可用ecopathlite-pkg)。我打算把这段代码在back-compatibility和以前引用的目的,但我不再做任何更新。
• 2。x: ecopathlite重写。m和它的同伴功能与面向对象的方法;重组,已记录,现在为了充分利用。

我开始同步GitHub库和MatlabCentral文件交换(FEX)进入2015年5月;FEX标签条目为“1.3”。版本号前FEX这一点被MatlabCentral自动分配,和不匹配的标记版本GitHub回购。请只使用GitHub标记发布数据,而不是FEX号码,如果你需要引用一个特定的版本。如上所述,此代码引用的首选方法是引用它的同伴文档纸(见JOSS徽章之上)。