MATLAB代码推导出网络图的三维体素骨架

该函数将三维二进制体素骨架转换为由节点和边描述的网络图。输入是包含一维体素骨架的3D二值图像，例如使用MFEX上可用的“Skeleton3D”细化功能生成。输出的是图的邻接矩阵，并将网络的节点和链路作为MATLAB结构。

用法:

[A,node,link] = Skel2Graph(skel,THR)

其中“skel”是输入的3D二值图像，“THR”是分支最小长度的阈值，用于过滤骨骼化伪影。

A为以链路长度为矩阵项的邻接矩阵，节点/链路为描述节点和链路属性的结构。

节点具有以下属性:

- idx该节点的体素索引列表
- links与该节点相连的链路列表
- conn该节点的链路目的列表
- comX,comY,comZ该节点所有体素的质心
-如果节点是端点(度1)，则为ep 1，否则为0

链接具有以下属性:

- n1链路开始的节点
- n2链路结束的节点
- point该链接的体素索引列表

第二个函数“Graph2Skel3D”。M”，将网络图转换回清理后的体素骨架图像。

脚本“Test_Skel2Graph3D”给出了如何使用这些函数的示例。M”，包括一个测试图像。在这个示例中，还演示了如何迭代地组合这两个转换函数，以获得一个完全清洁的骨架图。

欢迎任何评论、更正或建议。如果您在自己的工作中包括这一点，请引用我们的出版物[1]。

Philip Kollmannsberger 2013年9月，2016年1月
philipk@gmx.net

[1] Kollmannsberger, Kerschnitzki等人，
“骨细胞的小世界:骨陷窝-管状网络的连接组学。”
物理学报19:073019,2017。