编者按:这个文件被选为MATLAB中央选择的
函数实现susceptible-infected-removed fitVirusCV19(先生)流行病模型估计列病评估。假设的模型是一个合理的描述单程流行病。特别是人口模型假定一个常数,均匀混合的人,同样可能removalof感染。模型是数据驱动的,所以它的预测数据。用新的或变更的数据预测的变化。正式宣布疫情的流行和暴发流行,因为它报告的程序彼此无关。程序显示数据时开始日期足以计算初始近似值。
对于那些不熟悉流行病模型,我们建议以下文章:https://en.wikipedia.org/wiki/Compartmental_models_in_epidemiolog,
http://www.maths.usyd.edu.au/u/marym/populations/hethcote.pdf,https://web.stanford.edu/ jhj1 / teachingdocs / Jones-on-R0.pdf。
模型的参数是通过最小化目标函数,即残差的平方和值和残差的平方和值差异。的重量加式自动选择。优化工具箱函数fminsearch是用来计算未知模型参数的最优值。如果计算失败只有数据绘制。
冠状病毒的贡献包含数据为阿根廷、奥地利、比利时、巴西、加拿大、克罗地亚、中国、捷克共和国、丹麦、德国、匈牙利、法国、冰岛、印度、印尼、伊朗、意大利、日本、荷兰、挪威、波兰、葡萄牙、罗马尼亚、俄罗斯、斯洛伐克、塞尔维亚、斯洛文尼亚、韩国、西班牙、瑞士、土耳其、英国、美国和世界(28. april.2020)
列病评价图,区域颜色单独列病阶段(这些都不是标准但任意选择为了方便):
红色——快速增长阶段
黄色——过渡到稳态阶段
绿色——结束阶段(高原阶段)
总用例图,利润+ / 3 * RMSE;每天新病例图,利润+ / dRMSE。
日常情况下生长因子图上两行1%(绿色)和5%(红色)所示仅为取向的原因。
结果保存在结构物(见功能fiVirusCV19头)。可选的结果可以印制
fitVirusCV19 (@getDataXXX,“打印”,“上”)
在XXX代表这个国家的名字。当回归失败然后只有数据绘制。12绪人口规模是有限的。你可以改变名称/值对的上限:
fitVirusCV19 (@getDataXXX nmax, nmax)
使用这个选项如果最终预测太高或超过全国人口。
排除增长率从图使用的图(def值是3)
fitVirusCV19 (@getDataXXX nsp, 2)
analyseCV功能块图评价的联系电话(σ),Cend(流行大小)、N(初始易感人口规模)。为国家XXX分析数据从10天的流行开始使用
analyseCV19 (@getDataXXX, 10)
免责声明:教育软件和数据,而不是医疗或商业用途。模型在某些情况下可能会失败。特别是,该模型可能不足;模型可能会失败在初始阶段和额外的流行或暴发阶段(不是先生所描述的模型)。使用它在你自己的自由裁量权。
展示的数据只是fitVirusCV19的操作。FitVirus,演示数据只用于教育和学术目的,不应该用于医学目的和商业。他们提供任何明示或默示的保证,包括但不限于隐含保证的适销性和健身为特定目的是否认的。
数据来源
https://ourworldindata.org/coronavirus-source-data。
https://www.worldometers.info/coronavirus/coronavirus-cases/ case-tot-outchina
https://en.wikipedia.org/wiki/2019%E2%80%9320_coronavirus_pandemic_by_country_and_territory
一个实际的数据来源是每个国家在相应的getData函数。
新:importTotalCases函数从< ourworldindata >数据文件读取并生成数据(Igor Podlubny)
可以找到更详细的描述
https://www.researchgate.net/publication/339311383_Estimation_of_the_final_size_of_the_coronavirus_epidemic_by_the_SIR_model
可以在示例
https://www.researchgate.net/publication/339912313_Forecasting_of_final_COVID-19_epidemic_size_200318
引用作为
米兰巴蒂斯塔(2023)。fitVirusCOVID19(//www.tianjin-qmedu.com/matlabcentral/fileexchange/74658-fitviruscovid19), MATLAB中央文件交换。检索。
MATLAB版本兼容性
平台的兼容性
窗户 macOS Linux标签
确认
启发:类Covid,fitVirusCV19varW(爵士的变权拟合模型),fitVirusCV19_state先生(美国COVID-19模型),fitVirusCV19v3 (COVID-19先生模型)
fitVirusCV19_v07_v18
fitVirusCV19_v07_v18 / CV19
fitVirusCV19_v07_v18 /中国人民解放军
fitVirusCV19_v07_v18 /数据
fitVirusCV19_v07_v18 /报告
| 版本 | 发表 | 发布说明 | |
|---|---|---|---|
| 5.2.1 | 微小的变化 |
||
| 5.2.0 | 添加函数fitVirusCV19R对待日常情况下刚刚删除的情况下,而不是新感染病例。 |
||
| 5.1.0 | 添加“滴答”选项来控制轴扁虱和“数据”选项来显示所有数据(参见readMe。使用m)。正确的每日新病例转向+ 1天(由于Burak)。改变analysisCV19:现在的天数是当前日期。 |
||
| 5.0.3 | 更新描述。改变恢复删除。 |
||
| 正式 | 微小的修改。添加统计每天的新病例。 |
||
| 5.0.1 | 添加参数analyseCV19阴谋。添加importTotalCasesR15对于那些只有MATLAB R2015a(由于舍伍德Samn) |
||
| 5.0.0 | 正确的南病例。变化范围。添加计算疫情结束(5例左) |
||
| 4.3.6 | 正确的报告 |
||
| 4.3.5 | 削减数据对某些国家(印度、印尼、阿根廷、克罗地亚) |
||
| 4.3.4 | 一些国家的数据 |
||
| 4.3.3 | 微小的修改。 |
||
| 4.3.2 | 改变形象 |
||
| 4.3.1 | 优素福建议的更新Kursat Tuncel正确显示日期和价值。添加版本fitVirusCOVID19cs更改图x轴(由于基督教希弗)datetime值。 |
||
| 4.2.1 | 更新描述 |
||
| 4.2.0 | 添加函数impoertTotalCases自动化的下载数据 |
||
| 4.1.4 | 更新数据。添加R0 > 1(基本众议员数)和R < = R0(众议员人数)标题和分析功能。 |
||
| 4.1.3 | 更新美国人民解放军文件夹中的数据(由帕特里克·安德森)。微小的修改。 |
||
| 4.1.2 | 微小的修改 |
||
| 以下4.4.1 | 正确fitVirusCV19 calcR0支持。万博1manbetx对日本来说更新数据。 |
||
| 4.1.0 | 添加一个可选的图的增长率。更新数据(4.4.2020) |
||
| 4.0.9 | 更新描述 |
||
| 4.0.8 | 微小的修改 |
||
| 4.0.7 | 更新数据。改变图文本:现在它包含联系方式,联系时间和传染性。添加函数来计算R0。 |
||
| 4.0.6 | 改变形象 |
||
| 你 | 更新回归算法。默认情况下,解决方案与最小选择N(乐观的方法)。添加冰岛和瑞典。更新数据(2.4.2020) |
||
| 4.0.4 | 改变形象 |
||
| 4.0.3 | 更小的变化 |
||
| 4.0.2 | 微小的修改 |
||
| 4.0.1 | 添加检查数据文件夹(由于Rolf Boelens)。解放军在文件夹中添加两个实用程序(由于帕特里克·安德森) |
||
| 4.0.0 | 主要的修改。为那些没有SMTbx添加flambertw。添加importData函数。 |
||
| 3.0.6 | 更新描述 |
||
| 3.0.5 | 更新描述 |
||
| 3.0.4 | 更新描述 |
||
| 3.0.3 | 更新analyseCV19 |
||
| 3.0.2 | 更微小的修改 |
||
| 3.0.1 | 微小的修改 |
||
| 3.0.0 | 添加analyseCV19。更新数据,添加捷克、日本,斯洛伐克 |
||
| 2.0.05 | 改变图像与今天的预测在伦巴蒂大区 |
||
| 2.0.04 | 提高初始数据削减。添加数据对巴西、印度和波兰。 |
||
| 2.0.03 | 正确的描述 |
||
| 2.0.02 | 添加地址数据源 |
||
| 2.0.01 | 添加数据对加拿大(多亏了雷米Boisse)、印度尼西亚(由于Maldiku Servinu)和塞尔维亚。升级描述。 |
||
| 1.0.14 | 更新描述 |
||
| 1.0.13 | 更新描述 |
||
| 1.0.12 | 更新数据。添加匈牙利和纽约的状态 |
||
| 1.0.11 | 正确的数据 |
||
| 1.0.10 | 添加新数据 |
||
| 1.0.9 | 为NYState添加数据。添加的选项控制的迭代次数。 |
||
| 1.0.8 | 丹麦和挪威的添加数据。现在数据自动修剪。重量现在自动选择。微小的修改。 |
||
| 1.0.7 | 删除重复的例子 |
||
| 1.0.6 | 微小的修改。添加数据为克罗地亚和英国 |
||
| 1.0.5 | 正确的图 |
||
| 1.0.4 | 微小的修改 |
||
| 1.0.3 | 正确的描述 |
||
| 1.0.2中 | 改善印刷和初始猜测功能。为伦巴蒂大区添加数据。 |
||
| 1.0.1 | 编辑描述 |
||
| 1.0.0 |
