CIAtah
CIAtah
CIAtah(发音猎豹;以前Calcium.我想象A.分析[ciapkg]）是一个用于分析单光子和双光子钙成像数据集的软件包。
目前需要MATLAB并在所有主要操作系统（Windows，Linux [例如Ubuntu]和MacOS）上运行。
完整文档位于https://bahanonu.github.io/ciatah/.
以下是记录和附加文件，供想了解更多钙成像分析/实验和CIAtah管道的用户使用。
网络研讨会
该网络研讨会概述了钙成像分析（重点放在CIATAH上）以及改善实验和分析的提示：https://info.inscopix.com/inscopix-inspire-view-webinarbiafra-ahanonu-signal-in-the-noise-distinguishing-relevant-neural-activity-in-calcium-imaging.
工作坊辅导
本录音概述了CIAtah的设置和使用：https://www.youtube.com/watch?v=I6abW3uuJJw.
GRINjector
用于帮助将梯度折射率（GRIN）镜头探针植入大脑或其他地区的手术装置：https://github.com/bahanonu/GRINjector.
内容
联系人:Biafra Ahanou博士（github[at]Bahannonu[dot]com）.
美国制造。
CIAtah特点:
- 具有用于大规模批量分析的不同模块的GUI。
CIAtah功能（在ciapkg/+ ciapkg文件夹）可用于创建无GUI、支持命令行的分析管道。- 包括所有主要的钙成像分析步骤:
- 包括示例一和双光子钙成像数据集的测试
ciatah. - 万博1manbetx支持多种主要图像电影文件格式：HDF5、NWB、AVI、ISXD[Inscopix]、TIFF和生物格式兼容的格式(奥林巴斯[OIR]和蔡司[CZI和LSM]目前，附加支持添加或根据要求)。万博1manbetx
- 万博1manbetx支持Neurodata无国界数据标准（见钙成像教程)用于读取/写入单元提取和成像电影文件。
- 动物位置跟踪（例如在野外试验中）。
- 需要
MATLAB并在所有主要操作系统（Windows，Linux [例如Ubuntu]和MacOS）上运行。
CIAtah例子特性
万博1manbetx支持整个钙成像管道。
电影处理，细胞提取和分析验证。
电影处理，细胞提取和分析验证。
细胞分类GUI和跨成像会话的稳定细胞对齐。
快速入门指南
以下是快速使用的步骤需要CIAtahMATLAB软件包。
下载并安装CIAtah
- 克隆
CIAtah存储库（使用GitHub桌面或命令行）或下载存储库压缩和解压缩（例如，在MATLAB命令下运行）。- 将MATLAB路径指向
CIAtah根文件夹 （不@查塔赫存储库中的子文件夹）。 - 或者（不推荐，因为lags GitHub存储库），从
文件交换在MATLAB中使用Add-On explorer。看CIAtah条目:或//www.tianjin-qmedu.com/matlabcentral/fileexchange/75466-calciumimaginganalysis.
- 将MATLAB路径指向
%可选：这将MATLAB工作文件夹设置为默认用户路径。确保您具有读/写权限。尝试;光盘（用户路径）；接住;终止;%下载并解压缩当前存储库解压('https://github.com/bahanonu/ciatah/archive/master.zip'）;%将CIAtah作为工作文件夹光盘('ciatah-master')
检查所需工具箱的安装情况
CIAtah需要几个MATLAB工具箱才能正常运行。运行下面的命令CIAtah检查是否已正确安装依赖项。如果不使用附加组件(//www.tianjin-qmedu.com/help/matlab/matlab_env/get-adddoons.html.)浏览器来安装每个工具箱。
ciapkg.io.matlabToolboxCheck;
设置CIAtah
- 跑
CIAtah使用下面的MATLAB命令。呼叫obj；在MATLAB命令窗口中，每次都要返回到主GUI。注:calciumImagingAnalysis类现在被称为ciatah，所有功能都是一样的。
%将类加载到此会话中使用的对象中obj.=查塔赫；%运行例程来检查依赖关系并帮助用户安装。obj.setup;%打开类菜单(总是键入' obj '然后输入载入类/模块菜单)obj.%然后按回车键，不要分号！
- 之后，运行
modeldaddnewfolders.模块添加数据文件夹当前CIAtah类对象。 - 跑
obj；在命令窗口中查看主GUI。 - 完整文档位于https://bahanonu.github.io/ciatah/.
- (可选)Windows系统上的用户可以下载
每件事(https://www.voidtools.com/)。这是一个非常有用且极快的文件和文件夹搜索引擎，允许用户快速获取完整文件夹路径列表，以便在中进行分析CIAtah. - (可选)如果使用ciatah / matlab，请打开某些AVI文件（例如由于编解码器问题）的问题
K-Lite编解码器包(https://codecguide.com/download_kl.htm)或类似的附加支持。万博1manbetx
使用从磁盘读取快速可视化电影
用户可以使用万博1manbetx戏剧电影函数。这将直接从磁盘读取，允许用户滚动帧来视觉检查电影之前或之后的处理。
使用ciatahGUI类中，用户可以选择已加载的文件夹，并更改正则表达式以匹配电影中的文件名称，无论是对原始数据还是对文件夹中任何已处理的电影。见下文:
或者，用户可以通过命令行运行：
%使用电影文件的绝对路径或有效的相对路径。戏剧电影('绝对\路径\到\电影'）;
使用HDF5文件时，请使用检查包含电影的数据集名称h5disp然后输入完整的数据集名称(例如下面是一个标准的nwb格式的HDF5文件):
戏剧电影('绝对\路径\到\电影','inputDatasetName','/采集/两张照片系列/数据'）;
快速入门（命令行或少量批量分析）
下载后CIAtah如前所述运行安装程序，对命令行处理感兴趣的用户可以通过运行以下命令打开示例M文件。通过运行单个代码块单元，用户可以从预处理到单元提取再到跨会话分析。
编辑ciapkg.demo.cmdlinePipeline.
致谢
感谢Jones G. Parker博士(https://parker-laboratory.com/)用于在开发过程中提供广泛的用户反馈CIAtah软件包。
另外还要感谢博士。Jesse Marshall, Jérôme Lecoq, Tony H. Kim, Hakan Inan, Lacey Kitch, Maggie Larkin, Elizabeth Otto Hamel, Laurie Burns，和Claudia Schmuckermair，以表彰他们提供反馈、特定功能或帮助开发使用的代码的各个方面CIAtah.
参考文献
请引用Corder*、Ahanonu*等人，2019年科学出版物或者阿哈诺，2018年Zenodo.如果您使用此存储库中的软件包或代码来推进/帮助您的研究，请发布：
@文章{Corderahanunu2019Mygdalar，title={编码痛苦不愉快的杏仁核神经集合}，作者{Corder，Gregory和Ahanou，Biafra和Grewe，Benjamin F和Wang，Dong和Schnitzer，Mark J和Scherrer，Gr{\'e}gory}， journal={Science}， volume={363}， number={6424}， pages={276—281}，year={2019}， publisher={美国科学促进会}}
问题？
请将存储库中未包含的任何其他问题通过电子邮件发送至Github [at] bahanonu [dot] com或打开一个问题。
许可证
版权所有(C) 2013-2021
这个项目是根据麻省理工学院许可证的条款授权的。
存储库统计数据
引用为
Biafra Ahanonu（2021）。CIAtah(https://github.com/bahanonu/ciatah/releases/tag/v3.35.1)，GitHub。恢复.
