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由MATLAB驱动,MathWorks, Inc.
在2010-2021年期间开发
核心开发人员:
Ilya Belevich
开发人员:
Merja Joensuu, Darshan Kumar, Helena Vihinen和Eija Jokitalo
电子显微镜组
生物技术研究所
邮箱56号(维金卡里9号)
00014,赫尔辛基大学
芬兰
特别感谢
- Radhakrishna Achanta,洛桑联邦理工学院(EPFL)为SLIC超体素和超像素的mex代码
- 汤姆Boissonnet(EMBL)和埃琳娜Bertseva(哥本哈根大学)进行广泛的测试
- 约翰·休曼博尔德实验室的细胞三维电子显微镜帮助Mattomo
- 康斯坦丁·Kogan赫尔辛基大学(University of Helsinki)在Mac OS方面提供帮助
- 大卫Legland, INRA,法国修改区域邻接图流域区域间指标检测功能,其他功能较少
- Henrik P Sahlin Pettersen挪威科学技术大学Olavs医院,特隆赫姆,用于深度mib的广泛测试。
显微镜图像浏览器团队要感谢MATLAB-Central用户社区以及在MIB开发过程中使用了其代码的作者。显微图像浏览器适应部分或完全从以下来源的代码:
- 灵感来自于imageview作者:Jiro Doke, MathWorks 2010
- 类的API文档使用Doxygen滤波器的MATLAB和工具作者:Martin Drohmann(明斯特大学)和Daniel Wirtz(斯图加特大学),2011-2013
- 精准快速行军功能Dirk-Jan Kroon,特温特大学,2011被用于膜点击跟踪工具
- ANISODIFF函数是Peter Kovesi编写的,2000-2002用于图像的各向异性扩散滤波
- BIO-FORMATS由Melissa Linkert, Curtis Rueden等人。2002-2013年用于阅读专有显微镜图像格式使用代码>生物< /代码复选框
- BMxD外部滤波器由Kostadin Dabov等人,坦佩雷理工大学,芬兰2007-2014可以与MIB一起使用,当单独安装在系统上时,可以过滤图像
- BWDISTSC由Yuriy Mishchenko(托罗斯大学,2007-2013)编写的可变数据纵横比的3D欧几里得距离变换用于3D中各向异性物体的分离
- 自定义GINPUT,由Jiro Doke (MathWorks 2016)编写,以获得点击点的坐标
- 划伤实验中的细胞迁移*由伦敦大学的Constantino Carlos Reyes-Aldasoro所做,用于伤口愈合检测工具
- JAVA GUI组件的拖放功能作者:Maarten van der Seijs(代尔夫特理工大学,荷兰,2015)
- DRAWREGIONBOUNDARIES一个用画笔在图像中绘制标记区域边界的函数,由Peter Kovesi(探索目标中心,西澳大学地球与环境学院,2013年)编写。
- DRIFTY_SHIFTY_DELUXE,由Joshua D. Sugar撰写(桑迪亚国家实验室,利弗莫尔,CA 2014);mibcalcshift .m中采用了该函数的部分代码
- 弹性失真滤波器是基于图像上的弹性畸变变换作者:David Franco(巴拉那天主教大学)
- EXPORT_FIG这个函数是由Oliver Woodford和Yair Altman编写的
- 快速3D/2D区域增长(MEX)作者Christian Wuerslin(斯坦福大学,2013-2015),用于区域增长工具
- 斐济连接正在使用MIJ,一个用于从MATLAB到ImageJ/Fiji的双向通信和数据交换的Java包,由Daniel Sage, Dimiter Prodanov, Jean-Yves Tinevez和Johannes Schindelin于2012年开发
- FINDJOBJ-找到Yair Altman的MATLAB图形对象的java句柄,2007-2013
- FRANGI过滤器作者:Marc Schrijver和Dirk-Jan Kroon(特温特大学2001-2009)
- FSTACK强度投影工具中使用了Said Pertuz (Universitat Rovira i Virgili, Tarragona, Spain 2013)使用噪声-鲁棒选择性全聚焦算法从焦点序列中提取的扩展景深图像
- HistThresh工具箱由Antti Niemistö(坦佩雷理工大学,芬兰)用于大多数基于全局直方图的阈值方法
- 图像边缘增强相干滤波器Dirk-Jan Kroon, Pascal Getreuer(特温特大学)
- IceImarisConnector由Aaron C. Ponti(苏黎世联邦理工学院)编写,用于连接Imaris
- 图像测量实用工具由Jan Neggers (Eindhoven理工大学)编写,被用作度量工具的基础,并重写了roiRegion类
- IMCLIPBOARD函数由Jiro Doke, MathWorks, 2010用于快照工具和从系统剪贴板导入
- IMGAUSSIANDirk-Jan Kroon(特温特大学),实现2009年用于三维高斯滤波器
- MATGEOM, MATLAB几何工具箱用于2D/3D几何计算是David Legland (INRA, France, 2013)编写的,部分函数使用
- MATTOMO是PEET(电子断层扫描粒子估计)包的一部分,由博尔德实验室开发,用于细胞的3-D电子显微镜,用于模型导出为IMOD格式
- MAXFLOW/MINCUT算法,v.2.22由Yuri Boykov(西安大略大学)和Vladimir Kolmogorov(微软研究院,剑桥)编写的Graphcut工具
- MAXFLOW/MINCUT MATLAB包装是由迈克尔·鲁宾斯坦写的(谷歌)是用于Graphcut工具
- NUM2CLIP函数由Grigor Browning, 2005年用于复制列项到系统剪贴板
- NRRD,几乎原始光栅数据格式的实现使用项目:MATLABSlicerExampleModule由John Melonakos编写,供NRRD阅读使用http://teem.sourceforge.net/TEEM;和用于读取元数据的自定义函数格式文件阅读器杰夫·马瑟著,2012年
- NRRD NHDR读者和作家函数由Gaetan Rensonnet编写,2018用于读取MacOS上的NRRD格式文件
- OMERO MATLAB绑定(包含在编译版本中,但应单独下载MATLAB版本)用于连接到OMERO服务器
- P_JSON,高可移植的JSON解析器函数是由Nedialko编写的,2009年用于处理HDF5文件
- PATCHNORMALS由Dirk-Jan Kroon(特温特大学)实现2009年用于计算在输出曲面到Imaris期间的法线
- POOLWAITBAR类是基于Edric Ellis提交的代码
- 美化MATLAB html由Harry Dymond,布里斯托尔大学,用来修饰MIB文档
- 随机森林分类器是基于Verena Kaynig利用randomforest-matlabAbhishek Jaiantilal著
- 区域邻接图(RAG)函数是由David Legland (INRA, France, 2013)编写的,用于Graphcut工具
- REGIONPROPS3函数是由朝元叶(南加州大学,2014)编写的,用于定量三维物体的一些属性
- RENDERTEXTDavide Di Gloria (Universita Di Genova, 2010)的函数用于将文本添加到图像中
- 渲染与斐济是基于基于MATLAB的硬件加速3D查看器作者:Jean-Yves Tinevez(巴斯德研究所,2011)
- 使用MATLAB绘制VIEW3D函数由Torsten Vogel编写,1999年
- 简单线性迭代聚类作者:Radhakrishna Achanta, Appu Shaji, Kevin Smith, Aurelien Lucchi, Pascal Fua和Sabine S?sstrunk,瑞士洛桑联邦理工学院(EPFL), 2015年用于画笔工具的超像素模式和Graphcut分割。
- STLWRITE由Sven Holcombe(密歇根大学2008-2015)使用STL格式保存模型
- UIGETFILE_N_DIR通过Tiago / Peugas用于选择多个目录
- VIEWER3D由Dirk-Jan Kroon(焦点机器视觉光学系统)被用作数据集的体绘制的基础
- 小提琴的阴谋Holger Hoffmann, 2015年用于一些分析函数中的结果可视化
- XLWRITE:在Mac/Linux/Win上不使用Excel生成XLS(X)文件亚历克·德·泽格尔(NV Bekaert SA 2013)
- XLSWRITE国防部作者:巴里·狄龙(AON保险经纪公司,2010)
- XML2STRUCT和STRUCT2XML作者:沃特·法克纳(代尔夫特理工大学,2010)
的帮助下生成调色板
MIB中使用的一些图标由Icons8.com提供(< https://icons8.com>),许可证信息
年长的脚本
- DIPLIB是一个独立于平台的科学图像处理库,由代尔夫特理工大学应用科学学院的定量成像小组开发。安装后,显微图像浏览器可以使用DipLib提供的几种额外的各向异性扩散滤波方法(用于MIB 0。X和1.x)。
- 极值函数Carlos Adrian Vargas Aguilera,瓜达拉哈拉大学,2006-2007(用于MIB 0。X和1.x)
- 快速/健壮的模板匹配(2009-2011)的Dirk-Jan Kroon,特温特大学用于数据集的对齐(用于MIB 0。X和1.x-1.22)。图像边缘增强相干滤波器>, Dirk-Jan Kroon和Pascal Getreuer,特温特大学,2009年(用于MIB 0。X和1.x)。
- 当地的正常化熊广磊,清华大学,中国北京,2005(用于MIB 0。X和1.x)。
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