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fitVirusCOVID19

5.2.1版(8.04 MB)通过 米兰巴蒂斯塔酒店
基于SIR模型的冠状病毒COVID-19疫情评估

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更新2020年5月12日

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fitVirusCV19函数实现了去除易感感染(SIR)的流行病模型,用于流行病评估的估计。假设该模型是对单阶段流行病的合理描述。具体来说,该模型假设人口不变,人口混合均匀,感染者被清除的可能性相同。这个模型是数据驱动的,所以它的预测和数据一样好。预测随着新的或变化的数据而变化。官方宣布的疫情爆发和节目报道的疫情爆发没有任何关系。程序指示开始日期,当数据足以计算初始近似。

对于那些不熟悉流行病模型的人,我们建议阅读以下文章:https://en.wikipedia.org/wiki/Compartmental_models_in_epidemiolog
http://www.maths.usyd.edu.au/u/marym/populations/hethcote.pdfhttps://web.stanford.edu/~jhj1/teachingdocs/Jones-on-R0.pdf

模型的参数是通过最小化目标函数得到的,目标函数是值的残差平方和和值的差残差平方和。总和的权重是自动选择的。利用优化工具箱函数fminsearch计算未知模型参数的最优值。如果计算失败,则只绘制数据。

这些贡献包含阿根廷、奥地利、比利时、巴西、加拿大、克罗地亚、中国、捷克共和国、丹麦、德国、匈牙利、法国、冰岛、印度、印度尼西亚、伊朗、意大利、日本、荷兰、挪威、波兰、葡萄牙、罗马尼亚、俄罗斯、斯洛伐克、塞尔维亚、斯洛文尼亚、韩国、西班牙、瑞士、土耳其、英国、美国与世界(至2020年4月28日)

在epidemy求值图上,区域为单独的epidemy阶段着色(这些阶段不是标准的,但为了方便而任意选择):
红色快速生长期
黄色-过渡到稳态阶段
绿色-结束阶段(高原阶段)

在总案例图上,边际为+/-3*RMSE;在每日新案例图中,利润率为+/dRMSE。

上每日例生长因子图表两条线1%(绿色)和5%(红色)仅示出了用于定向原因。

结果保存在结构RES(见函数fiVirusCV19头)。可选地,所述结果可以由被打印

fitVirusCV19(@getDataXXX,'prn','on')

其中XXX代表该国的名称。当回归失败,则只有数据绘制。人口大小被限制为12 Mio.您可以更改名称/值对的上限:

fitVirusCV19(@ getDataXXX, 'n最大',n最大)

如果最终预测过高或超过国家人口,请使用此选项。

将增长率从图中排除(def值为3)

fitVirusCV19 (@getDataXXX nsp, 2)

功能analyseCV绘出的联系号码(Sigma)的评价的曲线图,CEND(流行性尺寸),N(初始易感人群大小)。从流行起使用10天分析国家XXX数据

analyseCV19(@ getDataXXX,10)

免责声明:软件和数据用于教育,不用于医疗或商业用途。模型在某些情况下可能会失败。特别是,模型可能不充分;该模型可能会在初始阶段以及遇到其他流行病阶段或疫情(SIR模型未描述)时失败。你可以自行决定使用它。
这些数据仅用于演示fitVirusCV19的操作。FitVirus和演示数据仅用于教育和学术目的,不应用于医疗和商业目的。它们按原样提供,任何明示或默示保证,包括但不限于适销性和特定用途适用性的默示保证,均不予以承认。

数据来源
https://ourworldindata.org/coronavirus-source-data
https://www.worldometers.info/coronavirus/coronavirus-cases/#case-tot-outchina
https://en.wikipedia.org/wiki/2019%E2%80%9320_coronavirus_pandemic_by_country_and_territory
数据的实际来源是用于在相应的getData功能报告的每个国家。

新:importTotalCases起作用读取并生成从数据文件的数据(由伊戈尔Podlubny)

更详细的描述中可以找到
https://www.researchgate.net/publication/339311383_Estimation_of_the_final_size_of_the_coronavirus_epidemic_by_the_SIR_model
示例见
https://www.researchgate.net/publication/339912313_Forecasting_of_final_COVID-19_epidemic_size_200318

引用为

米兰巴蒂斯塔(2021)。fitVirusCOVID19(//www.tianjin-qmedu.com/matlabcentral/fileexchange/74658-fitviruscovid19), MATLAB中央文件交换。检索

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fitVirusCV19\u v07\u v18

fitVirusCV19_v07_v18 / CV19

fitVirusCV19_v07_v18 / PLA

fitVirusCV19\u v07\u v18/数据