凯利卡尼是一个贡献者MATLAB答案和文件交换。这是一个问答我和凯利是华盛顿大学的科学家在他们的联合研究所的研究大气和海洋。。

对于大学生,我在迈阿密大学的学习海洋科学和生物学。后来我赢得了我的博士学位普林斯顿大学地球科学部门,关注海洋生物地球化学和生态系统建模。

我是华盛顿大学的科学家在他们的联合研究所的研究大气和海洋。联合研究所是华盛顿大学之间的伙伴关系和NOAA(美国国家海洋和大气管理局);我的办公室位于NOAA阿拉斯加渔业科学中心(其主要办公室在西雅图,不是阿拉斯加)。

至于我…我试着理解过程控制物质和能量循环海洋食物网,从营养物质溶解在水中,然后用微小的植物提供食物的复杂网络两大型和小型生物(包括人类)。我这样做通过数学建模的物理,化学,和海洋食物网。

我会尝试打破成碎片。首先,白令海…这是阿拉斯加和俄罗斯之间的水域,在阿留申群岛以北。它的家世界上最大的渔业之一,并提供近一半美国了,包括最大的单一物种渔业、角膜白斑鳕鱼鱼(即用于世界上大多数面包和鱼菜)。所以,一个非常经济重要的地区。有很多伟大的现场收集的数据来支持所需的科学管理的渔业。万博1manbetx但数据收集主要是限制在夏天,它是困难和昂贵的好空间覆盖所有的时间在这样的一个偏远,seasonally-ice-covered地区。模型可以帮助我们填补空白,了解系统是如何运作的规模更大,和预测生态系统如何在未来可能会改变。

rom模型的一部分,指的是一个高分辨率海洋模型描述。它的工作原理类似于海洋的一部分,更大的全球气候模型。在其核心,这些模型使用身体旋转球体的运动方程和热力学能量平衡计算出空气和水。

(我不知道政策是这些博客文章添加图像,但是很难描述气候模型没有他们…我偷了这个从维基百科的环流模式页面:https://en.wikipedia.org/wiki/General_circulation_model)。

沿海地区不能好看的全球模型网格单元尺寸(1网格单元~每边100公里在大多数全球模型)。所以小模型与细网格覆盖沿海地区使用;rom就是这样的一个框架。我们使用相同的基本运动方程建模海洋中的水,并添加化学和生物学计算如何浮游植物(微生物)可以成长,浮游动物能吃多少,又有多少鱼可以吃,等等。

我开始使用MATLAB本科后我的第一份工作,在的将是海军海洋图像办公室工作,早在2003年。在这个岗位上,我是建模高频声纳性能,即如何声音穿过水。我的老板给了我一些MATLAB脚本之前科学家写的分析我们的主要声纳模型的输出,我要修补工作。背景下,我的计算机编码经验都是用Fortran和unix shell脚本。Fortran许多计算机科学家可能看起来像一个古老的语言,但它仍然是主力的语言科学数值计算;当时我使用声纳模型在Fortran, rom模型和所有我上面提到的全球气候模型。Fortran是快速和强大的,为数不多的选择可用于高性能计算…但它不是用户友好的,特别是对于一个大学生没有任何正式的编程类在她的腰带。我花了很多时间在我本科的研究试图调试不清楚错误消息,修复代码,编译,一遍又一遍,在我第一次涉足科学编码。

相比之下,MATLAB似乎很友好!即时反馈!没有必要编译!目视检查的变量!和阴谋!很多情节选择!我是一个视觉的思想家,切片和重新排列和情节数据到我的心的内容当涉水通过复杂的数据集。与Fortran等语言我简要地摆弄着(perl, javascript), MATLAB似乎认为喜欢我。我很喜欢。

正如我提到的,我没有任何正式培训编程。大多数科学家的这是真的;我们学习通过观察别人的老代码,并摆弄它,和google的很多,这让我MATLAB新闻组,当时是一个MATLAB中央网站和文件交换的一部分。原来我使用新闻组找出具体问题我遇到了,但一到两个月后它成为了我早上的流程的一部分;每天早上我开始工作通过检查电子邮件和浏览新闻组15 - 20分钟。我开始学习基础的好节目,不仅仅是“工作”,和存储信息的MATLAB知识可能派上用场。我继续这个例程通过我工作三年,然后到研究生院;我迁移到MATLAB答案当它开始超过新闻组(RIP CSSM)。虽然我的时间更有限的这些天,我还浏览答案当我需要精神休息,我等待代码完成运行等。

这是我使用的主要工具,嗯,一切。我已经建立了几个数值模型进行各种实验,并在MATLAB几乎我所有的数据分析和可视化。我甚至让我婚礼座位图表在MATLAB,对每个人的娱乐!现在我已经学会其他语言,将这些如果有一个特定的需要(R是支持渔业统计,python是更好的,当我需要设置批处理作业的超级计算机),但MATLAB仍是我的首选违约。

我开始使用git,原因有两个。第一个是跟踪我了我的代码变化。的优点之一是一个自学成才的编码器是你有机会“发现”的需要对某些事情做错了。在研究生期间,我以前的方法保存备份副本的事情做任何重大改变代码之前开始绝望地复杂,我决定只是* *必须有更好的方式去做。导致我发现版本控制软件,和git似乎最喜欢的共识,所以我开始使用它。

git的第二个优点是它允许我同步MATLAB图书馆在电脑。起初我担心这会让publically-accessible粗鲁的代码,所以我所有的git回购地方和私人。但这是一个麻烦来维持,我开始几回购GitHub,并最终开始公开。原来有太多的人们担心判断粗鲁的代码;回购的人倾向于找到情投意合者,是我故意的宣传使用

我使用文件交换作为策划的展览我认为最有用的功能。这些功能我已经完全的波兰,在MATLAB和操作系统版本测试,并添加文档。小集合,我一直打算添加更多,但不幸的是,我的时间是有限的。

正如我提到的,GitHub是所有我的代码;我有超过150个存储库坐在那里,主要是MATLAB。我有一个在我的本地计算机系统的脚本,我使用我的本地更改同步到GitHub遥控器。这主要是为了自己的利益,所以我可以从任何地方,但是它有好的一面的好处,我可以轻松点别人如果我认为它可能是有用的。我保存文件交换最受欢迎的功能。从技术上讲,我所有的文件交换条目链接到GitHub,所以我的工作流程是相同的所有条目,但发布文件交换工作对我来说是一个致力于保持代码和记录由公共用户所需的水平,而不是自己。

我很自豪我的ecopath_matlab: Ecopath的Matlab实现食物网模型,主要用于渔业科学。这是迄今为止我唯一项目利用MATLAB类,我想我做了一个很好的巩固一些非常复杂的工作,GUI-constrained,已存在的代码到一个优雅的,灵活的,命令行工具。但这代码是针对一个细分观众无法使用MATLAB(渔业科学家R信徒)。哦,我自己从中获得大量的使用。:-)

关于函数范围较宽,legendflex。m:更灵活、可定制的传奇和以精确colormap contourfcmap:填充等高线图保持我的两个最受欢迎的。这些工具在MATLAB的传说和contourf能力扩大,分别。和他们得到称赞的人最多,被同事说,“嗨,我正在寻找一个工具来做这件事,我发现你的代码和它做了东西!”

我通常把代码转化为功能一旦我发现自己重复序列的命令超过几次。我曾经读过的建议(可能在CSSM),你应该代码好像两个人要使用代码:你,你6个月以后。这是或多或少的我所做的…未来我编写代码。和未来的我很恼火不透明,混淆代码;这意味着我马上添加头文件的输入和输出,并试着保持代码整洁和整洁的评论和充足的视觉组织使用空格。

有时候,一段代码变成有用的东西的人除了我,如果我有时间,我写一个更doc-like脚本对于那些完全细节的语法和通过几个例子;这然后发布到html和GitHub减价格式和出现的自述在GitHub回购功能。

我喜欢参与一些一切!休闲体育、戏剧和舞蹈、间歇运行10公里以及马拉松…现在,我在一个社区乐队里吹小号,进行有规律的芭蕾课(终身爱好)在当地的工作室,我慢慢地获得一些技能在各种circus-y努力,主要是空中丝绸。天线的是最近获得的爱好,因为移动;在西雅图的一个非常活跃的马戏团的场景,同时支持专业和业余演员(我坚定地站在后者!),我很爱它!万博1manbetx我也喜欢在这里利用美丽的风景远足,背包在瀑布和奥运会和我丈夫,虽然主要是在夏季。