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检索对象的部分序列
subSeqs = getSubsequence(对象,子集,位置)
例
subSeqs= getSubsequence(目的,子集,位置)返回部分序列subSeqs用于通过指定的序列位置位置从通过仅指定对象元素子集。
subSeqs= getSubsequence(目的,子集,位置)
subSeqs
目的
子集
位置
全部收缩
从储存在BioRead对象中的SAM格式的文件中读取数据。
BR = BioRead('ex1.sam')
BR = BioRead具有属性:质量:[1501x1文件索引属性]顺序:[1501x1文件索引属性]部首:[1501x1文件索引属性] NSeqs:1501名称: ''
检索来自物体的序列(阅读)。
seqs =某个getSequence(宽单峰);
检索来自对象的第一,第三和第五序列。
seqs2 =某个getSequence(BR,[1 3 5])
seqs2 =3X1细胞{ 'CACTAGTGGCTCATTGTAAATGTGTGGTTTAACTCG'} { 'AGTGGCTCATTGTAAATGTGTGGTTTAACTCGTCC'} { 'GCTCATTGTAAATGTGTGGTTTAACTCGTCCATGG'}
检索那些序列的第一五个位置。
seqs3 = getSubsequence(BR,[1 3 5],[1:5])
seqs3 =3X1细胞{ 'CACTA'} { 'AGTGG'} { 'GCTCA'}
您可以使用标头以获取与标题对应的序列。如果多个序列具有相同的标题,该函数将返回所有那些序列。
获取与插头B7_591序列的第一五个位置:4:96:693:509。
seqs4 = getSubsequence(BR,{'B7_591:4:96:693:509'},[1:5])
seqs4 =1x1的单元阵列{ 'CACTA'}
检索前三个序列的第一,第四和第六位置。
SEQ5 = getSubsequence(BR,[1:3],[1 4 6])
SEQ5 =3X1细胞{ 'CTG'} { 'CGG'} { 'AGC'}
BioRead
BioMap
含有读出的数据,对象指定为BioRead要么BioMap目的。
例:bioreadObj
bioreadObj
子集对象元素,指定为正整数,逻辑向量,串矢量,或包含有效序列头字符向量的单元阵列的载体。
例:[1 3]
[1 3]
当使用一个序列标题(或标题的单元阵列)子集中,重复标头指定与该标题的所有元素。
序列位置,规定为正整数或逻辑矢量的矢量。最后的位置必须是位置的用于通过指定的每个序列的范围内子集。
例:[2:10]
[2:10]
从元件的子集的子序列,返回作为字符向量的单元阵列。
BioMap|BioRead
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