主要内容

高通量测序

下一代测序(NGS)数据的基因表达、转录因子和甲基化分析，包括RNA-Seq和ChIP-Seq

高通量测序方法产生大量的序列数据，需要强大的计算工具进行进一步分析。生物信息学工具箱™提供算法，支持下一代测序(NGS)数据的常见分析工作流程，如过滤和修剪读取、万博1manbetx将读取映射到引用、计算映射到基因组特征的读取数量，以及执行统计分析。

突出主题
  • 数据导入
    从SAM、BAM、FASTA、FASTQ、GTF、GFF文件导入下一代测序(NGS)数据和特征注释
  • 预处理
    通过单端和对端读取管理NGS数据，过滤和修剪读取，并显示质量统计
  • 对齐
    映射读取到引用序列
  • 统计分析
    阅读RNA-seq和ChIP-seq数据的总结和统计分析
  • 可视化
    可视化读取到引用序列的对齐

特色的例子

从RNA-Seq数据中识别差异表达基因

从RNA-Seq数据中识别差异表达基因

使用负二项模型检测差异表达基因的RNA-Seq数据。
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从配对端ChIP-Seq数据中探索蛋白质- dna结合位点

从配对端ChIP-Seq数据中探索蛋白质- dna结合位点

对转录因子进行全基因组分析拟南芥(Thale Cress)模式生物。
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探索DNA甲基化图谱的全基因组差异

探索DNA甲基化图谱的全基因组差异

利用基因组测序对人类的DNA甲基化进行全基因组分析。
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计数功能从NGS读取

计数功能从NGS读取

将配对端读值与整个人类基因组对齐并总结读值。
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