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地图读取到参考序列

对齐序列读取使用各种函数参考序列。Bowtie 2（Bowtie2）适用于超过50 bp的读取，并提供多个好处，包括单端和配对的读取支持，本地和端到端的对准支持以及与仿射惩罚的差距。万博1manbetxBurrows-wheeler Alignment BWA（Bwamem）适合对齐70 BP-1 MBP查询序列。它通过以最大精确匹配的播种对齐方式来起作用，并用寄生虫史密斯 - 水手算法扩展种子。

功能

`Bowtie2`	地图序列读取到参考序列
`Bowtie2build`	从参考序列创建Bowtie 2索引文件
`Bowtie2 Inspect`	检查Bowtie 2索引文件
`BWAINDEX`	通过参考序列创建BWA索引
`Bwamem`	地图序列读取用于使用BWA参考基因组
`Align2Cigar`	将对齐序列转换为雪茄格式的相应特征
`雪茄2`	使用雪茄格式的签名将未对准的序列转换为对齐序列

课程

`生物图`	包含序列，质量，对齐和映射数据
`Bowtie2alignoptions`	映射读取的选项以参考序列
`Bowtie2buildoptions`	包含从参考序列创建Bowtie 2索引文件的选项
`Bowtie2 Inspectoptions`	包含检查Bowtie 2索引文件的选项
`bwaindexoptions`	选项设置为`BWAINDEX`
`Bwamemoptions`	选项设置为`Bwamem`

话题

使用Genomics Viewer应用可视化NGS数据
使用基因组观看器应用程序查看细胞色素P450基因单核苷酸变化的NGS比对数据。
生物信息学工具箱软件支持软件包万博1manbetx
下载并安装NGS工作流的生物信息学支持包。万博1manbetx