主要内容

cigar2align

使用雪茄格式的签名将未对齐的序列转换为对齐的序列

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语法

对齐= cigar2align(Seqs，雪茄)
[GapSeq, indexes] = cigar2align(Seqs，雪茄)
___= cigar2align (seq,雪茄,名称,值)

描述

例子

对齐= cigar2align (seq，雪茄）中转换未对齐的序列seq成对齐使用存储在雪茄．

例子

［GapSeq，指数] = cigar2align(seq，雪茄）中转换未对齐的序列seq成GapSeq，并返回指数，一个数值索引向量，使用存储在雪茄．当一个对齐有很多列时，这种语法使用的内存更少，速度更快。

例子

___= cigar2align (seq，雪茄，名称,值），对于任何输出，使用一个或多个名称-值参数指定附加选项。例如，要在参考序列中有输出显示间隙，使用对齐= cigar2align(Seqs，雪茄，GapsInRef=true)．

例子

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创建包含未对齐序列的字符向量的单元格数组，创建与ACGTATGC的参考序列相关联的相应cigar格式的字符向量的单元格数组，然后重建对齐。

Seqs = {“ACGACTGC”，“ACGTTGC”，“AGGTATC”};%未对齐序列雪茄= {' 3 m1d1m1i3m '，“4 m1d1p3m”，“5 m1p1m1d1m”};% cigar-formatted对齐= cigar2align(Seqs，雪茄)
对齐=3x8字符数组' acg-atgc ' ' acgt-tgc ' ' aggtat-c ' '

重建相同的对齐，以显示与参考序列中的间隙相对应的对齐序列中的位置。

Alignment2 = cigar2align(Seqs，雪茄，GapsInRef=true)
Alignment2 =3x9字符数组“acg-actgc”“acgt - tgc”“aggta-t-c”

的偏移填充重建对齐5．

Alignment3 = cigar2align(Seqs，雪茄，开始=[5 5 5]，OffsetPad=true)
Alignment3 =3x12字符数组' acg-atgc ' ' acgt-tgc ' ' aggtat-c ' '

使用双输出语法来获得对齐和索引。

[GapSeq, indexes] = cigar2align(Seqs，雪茄)
GapSeq =3 x1细胞{' acg-atgc '} {' acgt-tgc '} {' aggtat-c '}
指数=3×11 1 1

输入参数

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未对齐的序列，指定为字符向量的单元格数组或字符串向量。seq必须包含相同数量的元素雪茄．

数据类型:字符串|细胞

序列的格式，指定为有效的cigar格式的字符向量或cigar格式的字符串向量的单元格数组。雪茄必须包含相同数量的元素seq．

数据类型:字符串|细胞

名称-值参数

指定可选参数对为Name1 = Value1,…,以=家,在那里的名字参数名称和价值对应的值。名称-值参数必须出现在其他参数之后，但对的顺序无关紧要。

在R2021a之前，使用逗号分隔每个名称和值，并将其括起来的名字在报价。

例子:对齐= cigar2align(Seqs，雪茄，GapsInRef=true)

指示显示与参考序列中的间隙相对应的对齐序列中的位置，指定为假(不显示空白)或真正的．如果你的参考序列有间隙，你设置GapsInRef来假，然后再使用对齐作为输入align2cigar，返回的cigar格式的字符向量将与原始字符向量不匹配。

例子:真正的

数据类型:逻辑

指示在每个对齐序列的左侧添加填充空白，指定为假(不添加填充)或真正的．添加的填充在每个对齐的读序列的左侧放置空白。起始位置的偏移量是从参考序列的第一个位置开始的。当假，对齐序列的矩阵从最左边的对齐读序列的起始位置开始。

例子:真正的

数据类型:逻辑

在与软剪切结束相对应的已对齐读序列中包含字符的指示，指定为假(不包括)或真正的．

例子:真正的

数据类型:逻辑

每个对齐序列开始的参考序列位置，指定为正整数向量。默认情况下，每个对齐的序列从参考序列的位置1开始。

数据类型:单|双

输出参数

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对齐的序列，作为字符数组返回。每行对齐表示一个对齐序列。的行数对齐等于其中的字符向量的个数seq．

不带任何前导或尾随空格的对齐序列，返回为字符向量的单元格数组。其中的数字字符向量GapSeq等于其中的字符向量的个数seq．

中的起始列的索引对齐，作为数字向量返回。中返回的序列GapSeq和对齐输出除了那些在GapSeq没有前导或尾随空格。

条目指数不一定与每个对齐序列的参考序列中的起始位置相同。这是因为以下任何一种情况都适用:

  • 可以扩展引用序列来考虑插入。

  • 对齐序列可以具有前导软剪切、填充或插入字符。

算法

当cigar2align重建对齐时，它不会显示硬剪切位置(H)或软剪切位置(S)。此外，它也不会将软剪切位置作为对齐序列的起始位置。

选择功能

中捕获了您的CIGAR信息签名的属性BioMap对象时，可以使用getAlignment方法来构造对齐。

版本历史

在R2010b中引入

另请参阅

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