数据导入

导入SAM、BAM、FASTA、FASTQ、GTF、GFF文件中的NGS数据和特征注释

导入以FASTA、FASTQ、SAM、BAM等不同文件格式存储的NGS数据。从GTF和GFF文件中读取特性注释。使用各种对象访问和管理NGS数据。例如,BioIndexedFile对象使您能够有效地访问具有非统一大小条目(如序列和注释)的文本文件。当源文件太大而无法装入内存时，使用该对象来访问单个条目或条目的子集。使用BioMap和BioRead对象，用于存储和管理包含关于头、质量和对齐信息的序列读取数据。

功能

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FASTA

`fastainfo`	返回FASTA文件的信息
`fastaread`	从FASTA文件读取数据
`fastawrite`	写入文件使用FASTA格式

FASTQ

`fastqinfo`	返回FASTQ文件的信息
`fastqread`	从FASTQ文件读取数据
`fastqwrite`	写入文件使用FASTQ格式

山姆

`saminfo`	返回SAM文件的信息
`samsort`	山姆排序文件
`samread`	从SAM文件读取数据

BAM

`baminfo`	返回有关BAM文件的信息
`bamread`	从BAM文件中读取数据
`bamsort`	BAM文件排序
`bamindexread`	读取BAM索引、BAI、文件

类

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BioRead和BioMap

`BioRead`	包含序列读取及其质量数据
`BioMap`	包含序列、质量、对齐和映射数据
`BioIndexedFile`	允许快速有效地访问具有非统一大小条目的大型文本文件

GTF和GFF注释

`GFFAnnotation`	包含通用特征格式(GFF)注释
`GTFAnnotation`	包含GTF (Gene Transfer Format)注释
`cuffgffread`	过滤和转换GFF和GTF文件
`cuffgtf2sam`	将GTF文件转换为SAM文件