samread

从SAM文件读取数据

语法

SAMStruct= samread (文件) (SAMStruct,HeaderStruct] = samread（文件) ... = samread（文件”参数名称”,ParameterValue)

SAMStruct= samread (文件)读取一个sam格式的文件并在MATLAB中返回数据^®数组的结构。

(SAMStruct,HeaderStruct] = samread（文件)在两个单独的变量中返回对齐和头数据。

... = samread（文件”参数名称”,ParameterValue)接受一个或多个以逗号分隔的参数名/值对。指定参数名称在单引号。

`文件`	矢量字符或字符串指定SAM格式的文件的文件名，路径和文件名，或者SAM格式文件的文本。如果只指定一个文件名，文件必须在MATLAB搜索路径或当前文件夹。

`“标签”`	控制对sam格式文件中每次对齐的前11个字段之外的可选标记的读取。的选择是`真正`(默认)或`假`。
`“ReadGroup”`	字符向量或字符串，指定要为其从读对准记录所读取的组ID。默认为所有组读取记录。提示对于读取组的列表(如果存在)，以单独的方式返回头信息`头`构造和查看`ReadGroup`字段在该结构中。
`'BlockRead'`	标量或矢量，其控制从包含多个序列的SAM格式的文件中的单个序列或条目序列条目的块的读取。输入一个标`N`，阅读`N`文件中的th项。输入一个1乘2的向量[`M1，M2`，从。开始读取一个条目块`M1`入口和结束在`M2`条目。读取文件中的所有剩余的条目开始在`M1`输入，为输入一个正值`M1`并进入`天道酬勤`为`M2`。

SAMStruct

一个N* 1结构数组，包含来自萨姆格式文件的序列对齐和映射信息，其中N是存储在SAM格式的文件排列的记录数。每个结构包含以下字段。

场	描述
`QueryName`	读取序列的名称（如果未配对）或序列对名称（如果配对）。提示您可以使用此信息来填充`头`生物地图对象的属性。
`旗`	整数，指示指定SAM格式规范所描述的11个标志中的每个标志的状态的按位信息。提示你可以使用`bitget`函数确定特定SAM标志的状态。
`引用名称`	参考序列的名称。
`位置`	前向引用序列的位置(基于1的偏移量)，读取序列的最左基开始的位置。
`MappingQuality`	整数，指定读取序列的映射质量分数。
`CigarString`	代表如何与参考序列的读取序列对齐雪茄格式化字符向量。
`MateReferenceName`	与匹配关联的引用序列的名称。如果这个名字是相同的`引用名称`，那么这个值是`=`。如果没有队友，那么这个值是`*`。
`MatePosition`	前向引用序列的位置(基于偏移量)，在此位置上读取序列的匹配的最左基开始。
`InsertSize`	读序列和它的对偶，当两个被映射到相同的参考序列之间的碱基位置的数目。否则，这个值是`0`。
`序列`	包含读取序列的字母表示形式的字符向量。如果读序列与参考序列的反链对齐，则称为逆补。
`质量`	字符向量，包含读取序列的每基质量分数的ASCII表示。如果读序列与参考序列的反链对齐，则质量分数颠倒。
`标签`	适用SAM标签和值的列表。

HeaderStruct

结构，在以下字段中包含萨姆格式文件的头信息。

场	描述
`头`*	结构中含有文件格式版本，排序顺序和组订单。
`SequenceDictionary`*	结构包含: 序列的名字序列长度基因组装配标识符序列的MD5校验和 URI的序列物种
`ReadGroup`*	结构包含: 阅读组标识符样本图书馆描述平台单元预测中位值插入大小测序中心日期平台
`程序`*	结构包含: 程序名版本命令行

*-这些结构及其字段只有在SAM文件中才会出现在输出结构中。这些结构中的信息取决于SAM文件中的信息。

读出的标头信息，并从所述对准数据ex1.sam文件包含生物信息工具箱™，然后在两个独立的变量返回的信息：

[数据报头] = samread（ 'ex1.sam'）;

属性中读取一个条目块，其中不包括标记ex1.sam文件，然后以结构数组的形式返回信息:

％读取条目5至10，并且不包括标签数据= samread（ 'ex1.sam'， 'blockread'，[5 10]， '标签'，假）;

使用saminfo功能使用前调查一个SAM格式的文件的大小和内容samread函数将文件内容读入MATLAB结构数组中。
如果你的sam格式的文件太大，使用可用内存读取，尝试以下之一:
- 使用BlockRead参数与samread函数读取项的子集。
- 创建一个从SAM格式文件BioIndexedFile对象，然后访问使用方法的条目BioIndexedFile类。
使用SAMStruct输出参数,samread返回来创建BioMap对象，它可以让你探索，访问，过滤和操纵数据的全部或一个子集，做后续分析和查看数据之前。