saminfo

返回关于山姆的信息文件

语法

InfoStruct= saminfo (文件) InfoStruct = saminfo(文件、名称、值)

描述

InfoStruct= saminfo (文件)返回一个MATLAB^®SAM-formatted文件包含摘要的结构信息。

InfoStruct= saminfo (文件,名称,值)返回一个MATLAB结构由一个或多个指定附加选项名称,值对参数。

输入参数

`文件`	特征向量或字符串指定一个文件名或SAM-formatted文件的路径和文件名。如果你仅指定一个文件名,文件必须在MATLAB搜索路径或在当前文件夹。

名称-值参数

指定可选的双参数作为Name1 = Value1,…,以=家,在那里的名字参数名称和吗价值相应的价值。名称-值参数必须出现在其他参数,但对的顺序无关紧要。

R2021a之前,用逗号来分隔每一个名称和值,并附上的名字在报价。

NumOfReads

逻辑控制的包容NumReads场InfoStruct,输出结构。

请注意

设置NumOfReads来真正的可显著提高创建输出结构的时候了。

默认值:假

ScanDictionary

逻辑控制的扫描SAM-formatted文件来确定参考名称和读取对齐到每个引用的数量。如果真正的,ScannedDictionary和ScannedDictionaryCount字段包含这些信息。

默认值:假

输出参数

InfoStruct

MATLAB SAM-formatted文件包含摘要的结构信息。该结构包含这些字段。

场	描述
`文件名`	SAM-formatted文件的名称。
`FilePath`	文件路径。
`文件大小`	文件的大小,以字节为单位。
`FileModDate`	文件的修改日期。
`NumReads`*	顺序读取文件的数量。
`ScannedDictionary`*	单元阵列特征向量指定参考序列的名称在SAM-formatted文件中。
`ScannedDictionaryCount`*	单元阵列指定读取每个参考序列对齐的数量。
`头`* *	结构包含文件格式版本,排序顺序和组订单。
`SequenceDictionary`* *	结构包含: 序列的名字序列长度基因组装配标识符序列的MD5校验和 URI的序列物种
`ReadGroup`* *	结构包含: 阅读组标识符样本图书馆描述平台单元预测中值插入大小测序中心日期平台
`程序`* *	结构包含: 程序名版本命令行

*- - -NumReads如果你不设置字段是空的NumOfReads名称-值对参数真正的。的ScannedDictionary和ScannedDictionaryCount如果你不设置字段是空的ScanDictionary名称-值对参数真正的。

* *——这些结构和字段出现在输出结构只有在山姆的文件。这些结构中的信息取决于山姆文件中的信息。

例子

返回的信息ex1.sam文件包含在生物信息学工具箱™:

信息= saminfo (“ex1.sam”)

信息=文件名:“丈夫说。山姆的FilePath [1 x89 char):文件大小:254270 FileModDate:“12 - 2011年5月——14:23:25”标题:[1 x1 struct] SequenceDictionary: [1 x1 struct] ReadGroup: [1 x2 struct] NumReads: [] ScannedDictionary: {0 x1细胞}ScannedDictionaryCount: [0 x1 uint64]

返回的信息ex1.sam文件包括序列读取次数:

信息= saminfo(例1。山姆,numofreads,真的)

信息=文件名:“丈夫说。山姆的FilePath [1 x89 char):文件大小:254270 FileModDate:“12 - 2011年5月——14:23:25”标题:[1 x1 struct] SequenceDictionary: [1 x1 struct] ReadGroup: [1 x2 struct] NumReads: 1501 ScannedDictionary: {0 x1细胞}ScannedDictionaryCount: [0 x1 uint64]