fastqwrite

使用FASTQ格式写入文件

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语法

fastqwrite (文件,FASTQStruct) fastqwrite (文件,头,序列,战)

描述

fastqwrite (文件,FASTQStruct)编写MATLAB的内容^®结构或结构数组到fastq格式的文件。如果指定现有的fastq格式文件，fastqwrite将数据追加到文件，而不是覆盖文件。

fastqwrite (文件,头,序列,战)将标头、序列和质量信息写入fastq格式的文件。

提示

要将fastq格式的数据附加到现有文件中，只需指定该文件名。fastqwrite将数据添加到文件的末尾。

如果您使用的是fastqwrite在脚本中，可以通过在属性之前输入以下命令行禁用append警告消息fastqwrite命令:

保存当前警告状态警告('off'，'Bioinfo:fastqwrite:AppendToFile');

然后在后面输入以下命令行fastqwrite命令:

警告(warnState) %将警告状态重置为以前的设置

输入参数

`文件`	指定用于保存fastq格式数据的文件名或路径和文件名的字符向量或字符串。如果只指定文件名，`fastqwrite`将文件保存到MATLAB当前文件夹中。如果指定现有文件，`fastqwrite`将数据追加到文件，而不是覆盖文件。
`FASTQStruct`	MATLAB结构或包含字段的结构数组`头`,`序列`,`质量`，如返回by`fastqread`。
`头`	包含有关核苷酸序列的头信息的字符向量或字符串。此文本出现在fastq格式文件的头中，`文件`。
`序列`	使用标准IUB/IUPAC字母或整数编码包含核苷酸序列的字符向量或字符串。有关有效字符的列表，请参见氨基酸的查找或核苷酸查找。
`战`	包含对核苷酸序列按基质量分数的ASCII表示的字符向量或字符串。

例子

从结构数组写入多个序列到FASTQ文件:

%将一个fastq格式文件的内容读入一个结构数组，Read = fastqread('SRR005164_1_50.fastq');%为前5个read(1:5)创建另一个结构数组%将前5次读取写入一个单独的fastq格式的文件fastqwrite('fiveReads ')。fastq ', reads5)

从单独的变量写一个序列到一个FASTQ文件:

%为一个核苷酸序列的头、序列和%质量信息创建单独的变量h = 'MYSEQ-000_1_1_1_953_493';s =“GTTACCATGATGTTATTTCTTCATTTGGAGGTAAAA”;q = ']]]]]]]]]]]]]]]]]]]]]] T]]]] RJRZTQLOA”;%将信息写入fastq格式的文件fastqwrite('oneRead。fastq'， h, s, q)