blastread

从NCBI BLAST报告文件中读取数据

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语法

blastdata = blastread (blastreport)

描述

例子

blastdata= blastread (blastreport)从一个xml格式的文件中读取NCBI BLAST报告数据,blastreport,并返回blastdata,包含相应的爆破数据的结构。

例子

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执行爆炸搜索

打开脚本

执行一个搜索蛋白质序列和将结果保存到一个XML文件。

得到一个序列的蛋白质数据银行和创建一个MATLAB结构。

S = getpdb (“1文明”);

使用爆炸的结构作为输入搜索阈值的意义1平台以及。第一个输出是请求ID,第二个输出是估计时间(分钟),直到搜索完成。

[RID1,死记硬背]= blastncbi(年代,“blastp”,“期望”1平台以及);

从这份报告得到搜索结果。你可以将xml格式的报告保存到一个文件中为离线访问。使用机械的等待时间来检索结果。

report1 = getblast (RID1,“WaitTime”死记硬背,“去整理”,“1 civ_report.xml”)

爆炸的结果尚未公布。请稍等…report1 =结构体字段:掉:“R49TJMCF014”算法:‘BLASTP 2.6.1 +数据库:nr的QueryID:“Query_224139”QueryDefinition:匿名的蛋白质产品的点击率:[1×100结构参数:[1×1 struct]统计:[1×1 struct]

使用blastread阅读爆炸的数据格式的报告文件。

blastdata = blastread (“1 civ_report.xml”)

blastdata =结构体字段:掉:“算法:‘BLASTP 2.6.1 +数据库:nr的QueryID:“Query_224139”QueryDefinition:匿名的蛋白质产品的点击率:[1×100结构参数:[1×1 struct]统计:[1×1 struct]

另外,运行爆炸搜索与NCBI加入数量。

RID2 = blastncbi (“AAA59174”,“blastp”,“期望”1、平台以及)

RID2 = ' R49WAPMH014 '

从这份报告得到搜索结果。

report2 = getblast (RID2)

爆炸的结果尚未公布。请稍等…report2 =结构体字段:掉:“R49WAPMH014”算法:‘BLASTP 2.6.1 +数据库:nr的QueryID:“AAA59174.1”QueryDefinition:胰岛素受体前体(智人)的冲击:[1×100结构参数:[1×1 struct]统计:[1×1 struct]

输入参数

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`blastreport`- - - - - -爆炸报告文件的名称
特征向量|字符串

名字的xml格式的报告文件,指定为一个字符或字符串向量。

例子:“blastreport.xml”

输出参数

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`blastdata`——爆炸报告数据
结构

报告数据,返回为一个结构,包含以下字段:

场	描述
`掉`	请求ID检索结果从特定NCBI BLAST搜索
`算法`	爆炸NCBI算法用于执行搜索
`数据库`	所有数据库搜索
`QueryID`	标识符的查询序列
`QueryDefinition`	查询序列的定义
`支安打`	包含信息的结构序列,如id,加入数字,长度和热休克(高段对)
`参数`	结构包含的信息输入参数用来执行搜索
`统计数据`	汇总统计的详细信息进行搜索,如λ,卡帕,熵值

更多关于

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支安打

这个表每个字段的列表blastdata.Hits。

场	描述
`ID`	主题的ID序列匹配的查询序列
`定义`	主题序列的描述
`加入`	加入的顺序
`长度`	长度的序列
`热休克`	包含信息的结构高段双(休克)

Hits.Hsps

这个表总结了领域Hits.Hsps。

场	描述
`分数`	之间的两两比对得分高段对查询序列和一个序列。
`BitScore`	位分高段。
`预计`	预期值高段。
`身份`	高段的相同或相似的残留物对查询序列和一个主题之间的序列。
`阳性`	高分的相同或相似的残留物数量之间的序列对查询序列和氨基酸序列。这一领域仅适用于翻译核苷酸或氨基酸序列和数据库查询。
`差距`	一双高段不结盟残留。
`AlignmentLength`	对齐的一双高段长度。
`QueryIndices`	指数查询序列的残渣一双高段的位置。
`SubjectIndices`	指数高段残主题序列位置的一对。
`框架`	阅读框翻译的一双高段的核苷酸序列。
`对齐`	3 * -N字符数组显示之间的对齐高分单词序列对查询序列和一个序列。第一行是查询序列,第二行是对齐,第三行是序列。