getblast

从NCBI网站检索BLAST报告

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语法

blastdata = getblast(RID)
blastdata = getblast(RID,Name,Value)

描述

例子

blastdata= getblast (掉）检索掉，即NCBI BLAST报告的请求ID，并返回blastdata，一个MATLAB®结构。请求ID，掉，一定是最近的，因为NCBI会在36小时后清洗报告。

blastdata= getblast (掉，名称,值）使用由一个或多个名-值对参数指定的其他选项。

例子

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打开脚本

对蛋白质序列执行BLAST搜索，并将结果保存到XML文件中。

从蛋白质数据库中获取序列并创建MATLAB结构。

S = getpdb(“1文明”）;

使用结构作为BLAST搜索的输入，其显著性阈值为1平台以及．第一个输出是请求ID，第二个输出是搜索完成之前的估计时间(以分钟为单位)。

[font =宋体，宋体，宋体]= [font =宋体，宋体]“blastp”，“期望”1平台以及);

从报告中获取搜索结果。您可以将xml格式的报告保存到一个文件中，以便脱机访问。使用ROTE作为检索结果的等待时间。

report1 = getblast(RID1，“WaitTime”死记硬背,“去整理”，“1 civ_report.xml”）
爆炸结果还不清楚。请稍等……report1 = struct with fields: RID: 'R49TJMCF014'算法:'BLASTP 2.6.1+'数据库:'nr' QueryID: 'Query_224139' QueryDefinition: '未命名的蛋白质产品'命中:[1×100 struct]参数:[1×1 struct]统计:[1×1 struct]

使用blastread从xml格式的BLAST报告文件中读取BLAST数据。

Blastdata = blastread“1 civ_report.xml”）
blastdata = struct with fields: RID: "算法:'BLASTP 2.6.1+'数据库:'nr' QueryID: 'Query_224139' QueryDefinition: '未命名的蛋白质产品'命中:[1×100 struct]参数:[1×1 struct]统计:[1×1 struct]

或者，使用NCBI登录号运行BLAST搜索。

RID2 = blastncbi(“AAA59174”，“blastp”，“期望”1、平台以及)
Rid2 = ' r49wapmh014 '

从报告中获取搜索结果。

report2 = getblast(RID2)
爆炸结果还不清楚。请稍等……report2 = struct with fields: RID: 'R49WAPMH014'算法:'BLASTP 2.6.1+'数据库:'nr' QueryID: 'AAA59174.1' QueryDefinition: '胰岛素受体前体[智人]'点击:[1×100 struct]参数:[1×1 struct]统计:[1×1 struct]

输入参数

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从特定的NCBI BLAST搜索中检索结果的请求ID，指定为字符向量或字符串。

例子:“GTF033EZ015”

名称-值对参数

的可选逗号分隔对名称,值参数。的名字参数名称和价值对应的值。的名字必须出现在引号内。您可以以任意顺序指定多个名称和值对参数Name1, Value1,…,的家．

例子:“去整理”、“report.xml”将结果保存到一个名为report.xml．

要将报表数据保存到的文件的名称，指定为逗号分隔的对，由“去整理”和字符向量或字符串。该文件默认为xml格式。

例子:“去整理”、“Report.xml”

等待NCBI准备好报告的时间(以分钟为单位)，指定为逗号分隔的对，由“WaitTime”和一个非负整数。如果报告在指定时间后仍然没有准备好，则会生成一个错误。

默认值为0，即检索报表时不存在延迟。

提示

使用RTOE，请求执行时间，由blastncbi函数是这里的等待时间。

例子:“WaitTime”,2

输出参数

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BLAST报告数据，作为包含以下字段的结构返回:

场 描述
掉 从特定的NCBI BLAST搜索中检索结果的请求ID
算法 NCBI算法用于执行BLAST搜索
数据库 搜索所有数据库
QueryID 查询序列标识符
QueryDefinition 查询序列的定义
支安打 结构，其中包含有关命中序列的信息，例如id、登录号、长度和HSPs(高分段对)。
参数 结构，其中包含关于用于执行搜索的输入参数的信息
统计数据 关于所执行搜索的统计细节的摘要，例如lambda、kappa和熵值

更多关于

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支安打

该表列出了的每个字段blastdata。支安打．

场 描述
ID 匹配查询序列的主题序列ID
定义 主题序列描述
加入 主体序列的加入
长度 主题序列的长度
热休克 包含高分段对(HSPs)信息的结构

点击。热休克

该表总结了的字段点击。热休克．

场 描述
分数 查询序列和主题序列之间的高分段对的成对对齐得分。
BitScore 高分段对的位分数。
预计 高分段对的期望值。
身份 查询序列和主题序列之间高分段对的相同或相似残差数。
阳性 查询序列和主题氨基酸序列之间的高分序列对的相同或相似残基数。此字段仅适用于翻译的核苷酸或氨基酸查询序列和数据库。
差距 高分段对的不结盟残馀。
AlignmentLength 高分段对的对齐长度。
QueryIndices 高分段对的查询序列剩余位置的索引。
SubjectIndices 高分段对的主体序列残差位置指数。
框架 高得分片段对的翻译核苷酸序列的阅读帧。
对齐 3 * -N字符数组，显示查询序列和主题序列之间的高分序列对的对齐。第一行是查询序列，第二行是对齐，第三行是主题序列。

兼容性的考虑

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R2017b开始的错误

R2017b开始的错误

R2017b开始的错误

另请参阅

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R2006a之前介绍

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