主要内容

getmatrix

转换geneont对象转换成关系矩阵

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语法

[Matrix] = getmatrix(GeneontObj)
[Matrix,ID] = getmatrix(GeneontObj)
[矩阵，ID，关系]= getmatrix(GeneontObj)

描述

例子

［矩阵= getmatrix(GeneontObj）转换geneont对象转换为节点(行和列索引)之间关系值的矩阵。

例子

［矩阵，ID= getmatrix(GeneontObj）的行和列对应的基因本体id的列向量矩阵．

例子

［矩阵，ID，的关系= getmatrix(GeneontObj）还返回定义关系类型的字符向量的单元格数组。

例子

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打开实时脚本

从网上下载基因本体论数据库的当前版本geneont对象。

基因，基因“生活”,真正的)
具有47266个术语的基因本体对象。

检索标识符为46680的基因本体术语的祖先。

祖宗= get祖宗(GO,46680)
祖先=8×18150 9636 10033 14070 17085 42221 46680 50896

创建一个从属的基因本体。

GeneontObj = GO(祖先)
具有8个术语的基因本体对象。

查看GeneontObj．

[矩阵，ID，关系]= getmatrix(GeneontObj)
矩阵=(2)1(6,3)1(3,4)1(2、5)1(8,6)1(4、7)1(5、7)1 (1,8)1
ID =8×18150 9636 10033 14070 17085 42221 46680 50896
关系=1×6单元{'is_a'} {' negatively_regulated '} {'part_of'} {' posively_regulated '} {' regulated '} {'term_tracker_item'}

绘制关系图。

BG =有向图(Matrix,get(GeneontObj.terms，“名称”));情节(BG、布局=“力”）

图中包含一个axes对象。axes对象包含一个graphplot类型的对象。

输入参数

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基因本体对象，指定为输出geneont命令。

例子:geneont(‘活’,真的)

输出参数

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的节点(行和列)之间的关系值GeneontObj，作为一个稀疏矩阵返回，包含以下条目:

  • 0-没有关系

  • 1—“is_a”关系

  • 2-“part_of”关系

基因本体id，作为非负整数列向量返回。里面的条目ID对应于中的项矩阵．

关系的类型，作为字符向量的单元格数组返回。

版本历史

R2006a之前介绍过

另请参阅

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