getgeodata

检索基因表达综合(GEO)格式数据

语法

地理数据= getgeodata (AccessionNumber) getgeodata (AccessionNumber,去整理,ToFileValue)

AccessionNumber

为地理数据库中的地理样本(GSM)、数据集(GDS)、平台(GPL)或系列(GSE)记录指定唯一标识符的字符向量。不能使用此功能检索下一代测序数据。

如果无法检索登录号的数据，请增加Java^®堆空间:
- 如果你有MATLAB^®版本7.10 (R2010a)或更高版本，请参见Java堆内存首选项(MATLAB)。
- 如果您有MATLAB版本7.9 (R2009b)或更早版本，请参阅//www.tianjin-qmedu.com/万博1manbetxsupport/万博尤文图斯solutions/data/1-18I2C.html。
最近提交的数据集可能无法立即下载。实验在提交到GEO数据库和在FTP站点上可用之间可能有一到两天的延迟。

ToFileValue 指定保存数据的文件名或路径和文件名的字符向量。如果只指定文件名，则该文件将保存在MATLAB当前文件夹中。

地理数据 包含从地质数据库中检索到的地质记录信息的MATLAB结构。

地理数据= getgeodata (AccessionNumber)在基因表达综合数据库中搜索样本(GSM)、数据集(GDS)、平台(GPL)或系列(GSE)记录的指定登录号，并返回包含以下字段的MATLAB结构:

目前,getgeodata功能支持样本(GS万博1manbetxM)、数据集(GDS)、平台(GPL)、系列(GSE)记录。

getgeodata (AccessionNumber,去整理,ToFileValue)将从数据库返回的数据保存到文件中。

您可以读取一个GEO软格式文件回MATLAB软件使用geosoftread函数。您可以读取一个GEO系列格式的文件回MATLAB软件使用geoseriesread函数。

有关更多信息，请参见

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/About/disclaimer.html

geoStruct = getgeodata(“GSM1768”)