geoseriesread

读基因表达综合(GEO)系列(GSE)格式的数据

语法

地理数据= geoseriesread (文件) 地理数据= geoseriesread (文件“超时”,TimeOutValue)

文件

下面的:

特征向量或字符串指定一个文件名,路径和文件名或URL指向一个文件。被引用的文件是一个基因表达综合(GEO)系列(GSE)格式的文件。如果你仅指定一个文件名,文件必须在MATLAB^®搜索路径或MATLAB当前文件夹。
字符数组或字符串列向量,其中包含一系列地理(GSE)格式的文本文件。

提示

您可以使用getgeodata函数与“去整理”属性检索GEO系列(GSE)格式的数据地理数据库和创建一个地理系列(GSE)格式的文件。

TimeOutValue 在几秒钟内连接超时,指定为一个积极的标量。默认值是5。有关详细信息,请参见在这里。

地理数据

MATLAB结构包含以下字段:

头——标题文本从地理系列(GSE)格式文件,通常包含数据或实验的描述信息。
数据- - - - - -DataMatrix对象包含一系列地理(GSE)格式的数据文件。DataMatrix对象对应的行和列的示例id和Ref id,分别从地理系列(GSE)格式的文件。

地理数据= geoseriesread (文件)读取一系列基因表达综合(GEO) (GSE)格式文件,然后创建一个MATLAB结构,地理数据,以下字段。

字段	描述
`头`	标题文本从地理系列(GSE)格式文件,通常包含数据或实验的描述信息。
`数据`	DataMatrix对象包含一系列地理(GSE)格式的数据文件。DataMatrix对象对应的行和列的示例id和Ref id,分别从地理系列(GSE)格式的文件。

地理数据= geoseriesread (文件“超时”,TimeOutValue)设置连接超时(秒)读取数据从一个远程文件或URL。

检索系列(GSE)地理网站的数据并将其保存到一个文件。

地理数据= getgeodata (“GSE11287”、“去整理”,“GSE11287.txt”);

在随后的MATLAB会话,您可以访问该系列(GSE)数据从您的本地文件,而不是从地理网站检索它。
```
地理数据= geoseriesread (GSE11287.txt)地理数据=标题:[1 x1 struct]数据:[45101 x6 bioma.data.DataMatrix]
```

访问该示例使用的idcolnamesDataMatrix对象的属性。

sampleIDs = geodata.Data。colnamessampleIDs = 'GSM284935' 'GSM284936' 'GSM284937' 'GSM284938' 'GSM284939' 'GSM284940'

介绍了R2008b