ilmnbsread

读取导出的基因表达数据Illumina公司BeadStudio软件

语法

IlmnStruct= ilmnbsread (文件） IlmnStruct= ilmnbsread (文件,“列”,ColumnsValue,……) IlmnStruct= ilmnbsread (文件……“HeaderOnly”,HeaderOnlyValue,……) IlmnStruct= ilmnbsread (文件……“CleanColNames”,CleanColNamesValue,……)

输入参数

`文件`	字符向量或字符串，指定从Illumina导出的以制表符分隔的文件或以逗号分隔的表达式数据文件的文件名或路径和文件名^®BeadStudio™软件。如果只指定一个文件名，则该文件必须在MATLAB上^®搜索路径或当前文件夹。
`ColumnsValue`	指定要读取的列名的单元格数组。默认为所有列名。
`HeaderOnlyValue`	只控制人口`头`，`ColumnNames`,`TextColumnNames`字段`IlmnStruct`．的选择是`真正的`或`假`(默认)。
`CleanColNamesValue`	控制任意的转换`ColumnNames`包含不能用作MATLAB变量名的空格或字符，转换为有效的MATLAB变量名。的选择是`真正的`或`假`(默认)。

输出参数

IlmnStruct

MATLAB结构包含从Illumina BeadStudio软件导出的数据。

描述

IlmnStruct= ilmnbsread (文件）读取文件，一个由Illumina BeadStudio软件导出的表符分隔或逗号分隔的表达式数据文件，并创建IlmnStruct，一个包含以下字段的MATLAB结构。

场	描述
`头`	包含数据描述的字符向量。
`TargetID`	在Illumina基因表达微阵列上包含目标唯一标识符的细胞阵列。
`ColumnNames`	包含从Illumina BeadStudio软件导出的以制表符分隔的文件中包含数字数据的列的名称的单元格数组。
`数据`	包含Illumina基因表达微阵列上每个目标的数字微阵列数据的矩阵。请注意 `ColumnNames`而且`数据`列数相同。
`TextColumnNames`	包含从Illumina BeadStudio软件导出的以制表符分隔的文件中包含非数字数据的列的名称的单元格数组。该字段可以为空。
`TextData`	包含Illumina基因表达微阵列上每个目标的非数字微阵列数据(如注释)的细胞阵列。该字段可以为空。请注意 `TextColumnNames`而且`TextData`列数相同。

IlmnStruct= ilmnbsread (文件,……”PropertyName”,PropertyValue,……)调用ilmnbsread可选属性使用属性名/属性值对。您可以以任意顺序指定一个或多个属性。每一个PropertyName必须用单引号括起来，不区分大小写。这些属性名/属性值对如下所示:

IlmnStruct= ilmnbsread (文件,“列”,ColumnsValue,……)属性指定的列中读取数据ColumnsValue，一个列名称的单元格数组。默认行为是从所有列中读取数据。

IlmnStruct= ilmnbsread (文件……“HeaderOnly”,HeaderOnlyValue,……)只控制人口头，ColumnNames,TextColumnNames字段IlmnStruct．的选择是真正的或假(默认)。

IlmnStruct= ilmnbsread (文件……“CleanColNames”,CleanColNamesValue,……)控制任意的转换ColumnNames包含不能用作MATLAB变量名的空格或字符，转换为有效的MATLAB变量名。的选择是真正的或假(默认)。

提示

使用“CleanColNames”属性，如果您计划使用ColumnNames字段作为变量名。

例子

请注意

基因表达文件，TumorAdjacent-probe-raw.txt生物信息学工具箱(Bioinformatics Toolbox™)软件不提供以下示例中使用的信息。

读取从Illumina BeadStudio软件导出的以制表符分隔的文件的内容到MATLAB结构中。

ilmnStruct = ilmnbsread(' tumoradjacate -probe-raw.txt') ilmnStruct = Header: [1x1 struct] TargetID: {22184x1 cell} ColumnNames: {1x37 cell} Data: [22184x37 double] TextColumnNames: {1x23 cell} TextData: {22184x23 cell}

版本历史

在R2008a中引入

另请参阅