geosoftread

读取基因表达综合（GEO）软格式数据

句法

GEOSOFTData= geosoftread（文件）

输入参数

文件

以下任一操作：

  • 矢量字符或字符串指定文件名，路径和文件名，或一个URL指向一个文件。引用的文件是一个基因表达综合（GEO）软格式示例文件（GSM），数据集合文件（GDS），或平台（GPL）文件。如果只指定一个文件名，该文件必须在MATLAB®搜索路径或在MATLAB当前文件夹。

  • 字符数组或含有GEO SOFT格式文件的文本字符串的列向量。

小费

您可以使用getgeodata与功能'TOFILE'属性检索从GEO数据库GEO SOFT格式的数据，并创建一个GEO SOFT格式文件。

输出参数

GEOSOFTData 包含来自GEO SOFT格式文件的信息MATLAB结构。

描述

GEOSOFTData= geosoftread（文件）读取基因表达综合（GEO）软格式示例文件（GSM），数据集合文件（GDS），或平台（GPL）文件，然后创建一个MATLAB结构，GEOSOFTData，具有以下字段。

字段 描述
范围 文件类型读取（SAMPLE，数据集或平台）
加入 在GEO数据库记录登录号。
头 微阵列实验信息。
ColumnDescriptions 含有的数据列的描述单元阵列。
COLUMNNAMES 含有的数据列的名称单元阵列。
数据 含有微阵列数据数组。
识别码（GDS文件只） 含探针的ID单元阵列。
IDREF（GDS文件只） 包含索引到探针单元阵列。

注意

目前，geosoftread功能支持采样（GS万博1manbetxM），数据集（GDS）和平台（GPL）的记录。

例子

检索来自GEO网站GSM数据并将其保存到一个文件中。

地理数据= getgeodata（ 'GSM3258'， 'TOFILE'， 'GSM3258.txt'）;

用geosoftread阅读而不是从GEO网站访问它的GSM文件的本地副本。

地理数据= geosoftread（ 'GSM3258.txt'）=地理范围： '样本' 加入： 'GSM3258' 部首：[1x1的结构] ColumnDescriptions：{6X1细胞} COLUMNNAMES：{6X1细胞}数据：{5355x6细胞}

阅读在变形细菌光合作用的GDS文件。

gdsdata = geosoftread（ 'GDS329.soft'）gdsdata =范围： 'DATASET' 加入： 'GDS329' 部首：[1x1的结构] ColumnDescriptions：{6X1细胞} COLUMNNAMES：{6X1细胞} IDREF：{5355x1细胞}标识符：{5355x1细胞}数据：[5355x6双]

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