msheatmap

Create pseudocolor image of set of mass spectra

句法

msheatmap(MZ那Intensities的） msheatmap(MZ那T.imes那Intensities的） msheatmap（...，'中点'，中点夸张，......） msheatmap(..., 'Range',RangeValue.，......） msheatmap(..., 'Markers',markersvalue.，......） msheatmap(..., 'SpecIdx',SpecIdxValue，......） msheatmap(..., 'Group',GroupValue.，......） msheatmap(..., 'Resolution',决议值，......）

Arguments

`MZ`	一组光谱的公共质量/充电（M / z）值的柱矢量。向量中的元素数量等于矩阵中的行数`Intensities`。笔记你可以使用`msppresample`功能创建`MZ`vector.
`T.imes`	Column vector of retention times associated with a liquid chromatography/mass spectrometry (LC/MS) or gas chromatography/mass spectrometry (GC/MS) data set. The number of elements in the vector equals the number of columns in the matrix`Intensities`。T.he retention times are used to label the`y`-axis of the heat map. 提示你可以使用`mzxml2peaks.`功能创建`T.imes`vector.
`Intensities`	Matrix of intensity values for a set of mass spectra that share the same m/z range. Each row corresponds to an m/z value, and each column corresponds to a spectrum or retention time. The number of rows equals the number of elements in vector`MZ`。列的数量等于eleme的数量nts in vector`T.imes`。笔记你可以使用`msppresample`功能创建`Intensities`矩阵。
`中点夸张`	指定离子强度值的定量位数的值下降到Colormap的中点以下，这意味着它们不代表峰值。`msheatmap`使用自定义ColorMap，其中酷颜色代表非斑腔区域，白色表示中点，暖色表示峰值。选择是任何价值`≥ 0`and`≤ 1`。默认为： `0.。99`- 对于LC / MS或GC / MS数据或输入时`T.`提供。这意味着1％的像素是暖色的，并且代表峰值。 `0.。95`— For non-LC/MS or non-GC/MS data or when input`T.`is not provided. This means that 5% of the pixels are warm colors and represent peaks. 提示 You can also change the midpoint interactively after creating the heat map by right-clicking the color bar, selectingInteractive Colormap Shift那and then click-dragging the cursor vertically on the color bar. This technique is useful when comparing multiple heat maps.
`RangeValue.`	1-by-2矢量指定M / Z范围`X`-axis of the heat map.`RangeValue.`must be within`[min(MZ的）max(MZ的）`]。默认是全系列`[min(MZ的）max(MZ的）]`。
`markersvalue.`	m / z值的矢量标记在热图的顶部水平轴上。默认为`[]`。
`SpecIdxValue`	Either of the following: Vector of values with the same number of elements as columns (spectra) in the matrix`Intensities`。 Cell array of character vectors or string vector with the same number of elements as columns (spectra) in the matrix`Intensities`。每个值或字符向量或字符串指定相应频谱的标签。这些值或字符向量或字符串用于标记`y`-axis of the heat map. 笔记如果输入`T.imes`is provided, it is assumed that`Intensities`contains LC/MS or GC/MS data, and`SpecIdxValue`被忽略了。
`GroupValue.`	Either of the following: 矢量与与矩阵中相同数量的元素数量的值`Intensities` 字符向量或串向量的单元阵列，其中具有与矩阵中的行（光谱）相同的元素`Intensities` Each value, character vector, or string specifies a group to which the corresponding spectrum belongs. The spectra are sorted and combined into groups along the`y`- 热图中的轴。笔记如果输入`T.imes`is provided, it is assumed that`Intensities`contains LC/MS or GC/MS data, and`GroupValue.`被忽略了。
`决议值`	指定热图图像水平分辨率的值。增加此值以增强细节。减少此值以降低内存使用情况。默认为： `0.。5`- 什么时候`MZ`包含> 2,500个元素。 `0.05`- 什么时候`MZ`contains <= 2,500 elements.

Description

msheatmap(MZ那Intensities的）显示矩阵中光谱强度的伪叠加器热图图像Intensities。

msheatmap(MZ那T.imes那Intensities的）显示矩阵中光谱强度的伪叠加器热图图像Intensities那using the retention times in vectorT.imesto label they-轴。

msheatmap(..., 'propertyname.'，适当的价值，......）呼叫msheatmapwith optional properties that use property name/property value pairs. You can specify one or more properties in any order. Eachpropertyname.必须用单引号括起来，并且不论不敏感。这些属性名称/属性值对如下：

msheatmap（...，'中点'，中点夸张，......）specifies a quantile of the ion intensity values to fall below the midpoint of the colormap, meaning they do not represent peaks.msheatmap使用自定义ColorMap，其中酷颜色代表非斑腔区域，白色表示中点，暖色表示峰值。选择是任何价值between0.and1。默认为：

0.。99- 对于LC / MS或GC / MS数据或输入时T.提供。这意味着1％的像素是暖色的，并且代表峰值。
0.。95— For non-LC/MS or non-GC/MS data or when inputT.is not provided. This means that 5% of the pixels are warm colors and represent peaks.

提示

You can also change the midpoint interactively after creating the heat map by right-clicking the color bar, selectingInteractive Colormap Shift，然后在彩色栏上单击垂直拖动光标。在比较多个热图时，该技术非常有用。

msheatmap(..., 'Range',RangeValue.，......）指定m / z范围的X-axis of the heat map.RangeValue.is a 1-by-2 vector that must be within[min(MZ的）max(MZ的）]。默认是全系列[min(MZ的）max(MZ的）]。

msheatmap(..., 'Markers',markersvalue.，......）将标记沿热图的顶部水平轴放置在矢量中指定的M / Z值markersvalue.。默认为[]。

msheatmap(..., 'SpecIdx',SpecIdxValue，......）标记沿着光谱y- 热图中的轴。标签由SpecIdxValue，值的矢量，字符向量的值，小区阵列或串向量。值或字符向量或字符串的数量与矩阵中的列（光谱）的数量相同Intensities。每个值或字符向量或字符串指定相应频谱的标签。

msheatmap(..., 'Group',GroupValue.，......）排序并将光谱结合成沿着组y- 热图中的轴。T.he groups are specified byGroupValue.，值的矢量，字符向量的值，小区阵列或串向量。值的数量，字符向量或字符串与矩阵中的行数相同Intensities。Each value or character vector or string specifies a group to which the corresponding spectrum belongs. Default is[1：NumSpectra]。

msheatmap(..., 'Resolution',决议值，......）specifies the horizontal resolution of the heat map image. Increase this value to enhance details. Decrease this value to reduce memory usage. Default is:

0.。5 — WhenMZ包含> 2,500个元素。
0.05 - 什么时候MZcontains <= 2,500 elements.

Examples

例39. Seldi-TOF数据

加载Seldi-Tof样本数据。
```
加载sample_lo_res
```
Create a vector of four m/z values to mark along the top horizontal axis of the heat map.
```
M = [3991.4 4598 7964 9160];
```

使用M / Z标记显示热图和有限的M / Z范围。

msheatmap（mz_lo_res，y_lo_res，'markers'，m，'范围'那[3000 10000])

Display the heat map again grouping each spectrum into one of two groups.

两组= [1 1 2 2 1 11 2 2];msheatmap（mz_lo_res，y_lo_res，'markers'，m，'group'，双组）

实施例40.液相色谱/质谱（LC / MS）数据

加载LC / MS样本数据。
```
加载lcmsdata.
```
重新确定峰列表以创建M / Z值的向量和强度值的矩阵。
```
[MZ，强度] = MSPPRESAMPLE（MS_PEAKS，5000）;
```
显示在不同保留时间下显示质谱的热图。
```
MSHEATMAP（MZ，RET_TIME，日志（强度））
```

版本历史记录

Introduced before R2006a

也可以看看