主要内容

multialignread

读取多个序列对齐文件

语法

年代= multialignread (文件）
［头，序列= multialignread(文件）
．.．= multialignread (文件“IgnoreGaps”,IgnoreGapsValue）
．.．= multialignread (文件“超时”,TimeOutValue）

输入参数

文件

由下列之一指定的多个序列对齐文件:

  • 文件名或路径和文件名

  • 指向文件的URL

  • MATLAB®包含多序列对齐文件文本的字符数组

您可以读取常见的多个序列对齐文件类型，例如ClustalW (.aln)、GCG (.msf)和菲利普。
IgnoreGapsValue 控件删除空白符号，例如“- - -”或“。”，从序列。的选择是真正的或假(默认)。
TimeOutValue 以秒为单位的连接超时，指定为正标量。缺省值是5。详情请参见在这里．

输出参数

年代

MATLAB结构数组，包含以下字段:

  • 头-文件头信息。

  • 序列-氨基酸或核苷酸序列。
头

包含来自文件的头信息的单元格数组。
序列

含有氨基酸或核苷酸序列的细胞阵列。

描述

年代= multialignread (文件）读取多个序列对齐文件。该文件包含多个序列行，以一个序列头开头，后跟一个可选数字(不用于multialignread)和序列的一段。多个序列被分成块，每个序列有相同数量的块。要查看示例多序列对齐文件，请键入打开aagag.aln在MATLAB命令行。

输出,年代，是一个结构数组，其中年代.Header包含头信息和年代. sequence包含氨基酸或核苷酸序列。

［头，序列= multialignread(文件）将文件读入单独的变量，头而且序列，它们分别是包含头部信息和氨基酸或核苷酸序列的细胞阵列。

．.．= multialignread (文件“IgnoreGaps”,IgnoreGapsValue）控制任何间隙符号的删除，例如“- - -”或“。”，从序列。的选择是真正的或假(默认)。

．.．= multialignread (文件“超时”,TimeOutValue）设置从远程文件或URL读取数据的连接超时(以秒为单位)。

例子

阅读多个HIV毒株gag多蛋白的多重序列比对。

gagaa = multialignread('aagag.aln'

版本历史

R2006a之前介绍过

另请参阅

|||||||