主要内容

seqprofile

Calculate sequence profile from set of multiply aligned sequences

在页面中崩溃

句法

轮廓= seqprofile（seqs）
[[轮廓，，，，符号] = seqprofile（seqs）
seqprofile（seqs， ...'字母'，字母值，...））
seqprofile（seqs，...'Counts',countsvalue，...））
seqprofile（seqs，...“差距”，GapsValue，...））
seqprofile（seqs， ...'模糊的'，模棱两可的价值，...））
seqprofile（seqs，...“限制”，LimitsValue，...））

参数

seqs

由以下任何一个表示的乘以对齐序列集：

  • 字符阵列

  • Cell array of character vectors

  • String vector

  • 包含该场的结构阵列Sequence
字母值

字符向量或字符串指定序列字母。选择是：

  • 'nt'- 核苷酸

  • 'aa'- 氨基酸（默认）

  • '没有任何'- 没有字母

什么时候字母是'没有任何'，符号列表基于观察到的符号。每个字符都可以是任何符号，除了连字符（ - ）和一个（。）的符号，这些符号是为间隙保留的。
countsvalue

控制返回频率（计数/总数的比率）或计数。选择是true（计数）或错误的（频率）。默认为错误的。
GapsValue

控制序列中间隙计数的字符向量或字符串。选择是：

  • '全部'- 计算所有差距

  • 'noflanks'- 计算所有差距except those at the flanks of every sequence

  • '没有任何'- 默认。没有差距。
模棱两可的价值

Controls counting ambiguous symbols. Enter'数数'将部分计数添加到标准符号中。
LimitsValue

指定是否使用序列的一部分。进入一个[1x2]矢量具有第一个位置，也是要包括在轮廓中的最后位置。默认为[1，seqlength]。

描述

轮廓= seqprofile（seqs）返回轮廓，，，，a matrix of size[20（或4）x序列长度]多重比对中每一列的氨基酸（或核苷酸）的频率。行的顺序由

  • 4 nucleotides —c g t/u

  • 20个氨基酸 -a r n d c q e g h i l k m f p p s t w y v

[[轮廓，，，，符号] = seqprofile（seqs）返回符号，，，，a unique symbol list where every symbol in the list corresponds to a row in轮廓，个人资料。

seqprofile（seqs，...'属性名称'，，适当的价值，...））呼叫seqprofile使用可选的属性，可使用属性名称/属性值对。您可以按任何顺序指定一个或多个属性。每个属性名称必须以单引号标记封闭，并且不敏感。这些属性名称/属性值对如下：

seqprofile（seqs， ...'字母'，字母值，...））选择核苷酸字母，氨基酸字母或无字母。

seqprofile（seqs，...'Counts',countsvalue，...））什么时候Counts是true，返回计数而不是频率。

seqprofile（seqs，...“差距”，GapsValue，...））将一行附加到配置文件的底部（轮廓）有空白的计数。

seqprofile（seqs， ...'模糊的'，模棱两可的价值，...））什么时候模糊的是'数数'，计算模棱两可的氨基酸符号（B Z X）和核苷酸符号（R Y K M S W B D H V N）带有标准符号。例如，氨基酸X添加1/20在氨基酸时计数到每一行b算作1/2在dandn行。

seqprofile（seqs，...“限制”，LimitsValue，...））指定轮廓相对于多个对齐索引的开始和终点位置。

例子

全部收缩

Open Live Script

创建一系列代表氨基酸多重比对的结构：

seqs = fastaread（'pf00002.fa'）；

从位置55到55个乘以对齐序列的位置55返回序列配置文件和符号列表，计算所有差距。

[profile2，符号2] = seqprofile（seqs，“极限”，，，，[[50 55],'gaps'，，，，'全部'）
profile2 =21×60.0312 0.0312 0.1562 0.4375 0.1250 0.2188 0 0 0.3750 0 0 0 0 0 0.0938 0.1562 0 0 0 0 0 0.0312 0 0 0 0.0625 0 0 0.0312 0 0 0 0 0.0312 0 0 0 0 0 0.1250 0 0 0.0312 0 0.0625 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.4688 0.0625 0 0 0.3125 0.1562 ⋮
符号2 ='arndcqeghilkmfpstwyv-'

版本历史记录

Introduced before R2006a

也可以看看

|||||