主要内容

序列比对

使用动态规划算法的多个、成对和剖面序列对齐;BLAST搜索和对齐;标准和自定义评分矩阵

使用成对或多序列比对功能比较核苷酸或氨基酸序列。成对对齐的标准算法包括Needleman-Wunsch (nwalign)及Smith-Waterman (swalign)算法。还可以使用各种函数执行多个序列对齐，例如multialign而且profalign，并将对齐结果可视化序列比对此外，您可以使用隐马尔可夫模型(HMM)将查询序列与HMM配置文件对齐。使用各种BLAST程序对在线数据库中的已知序列执行BLAST搜索。

应用程序

序列比对 可视化和编辑多个序列对齐

功能

全部展开

localalign 返回两个序列之间的局部最优和次优对齐
nwalign 使用Needleman-Wunsch算法全局对齐两个序列
swalign 使用Smith-Waterman算法局部对齐两个序列
multialign 用渐进法将多个序列对齐
profalign 使用Needleman-Wunsch全局对齐对齐两个概要文件
seqdotplot 创建两个序列的点图
seqpdist 计算序列之间的成对距离
seqalignviewer 可视化和编辑多个序列对齐
seqconsensus 计算一致性序列
seqprofile 从一组多个对齐序列中计算序列轮廓
seqlogo 显示核苷酸或氨基酸序列的序列标识
hmmprofalign 使用隐马尔可夫模型对齐将查询序列与概要文件对齐
hmmprofestimate 利用伪计数估计剖面隐马尔可夫模型(HMM)参数
hmmprofgenerate 从剖面隐马尔可夫模型(HMM)生成随机序列
hmmprofmerge 显示一组HMM配置文件对齐
hmmprofstruct 创建或编辑隐马尔可夫模型(HMM)配置文件结构
showhmmprof 绘制隐马尔可夫模型(HMM)轮廓图
blosum 返回BLOSUM评分矩阵
dayhoff 返回Dayhoff评分矩阵
gonnet 返回贡内特评分矩阵
nuc44 返回核苷酸序列的NUC44评分矩阵
帕姆 返回点接受突变(PAM)评分矩阵
blastncbi 创建远程NCBI BLAST报告请求ID或链接到NCBI BLAST报告

主题