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localalign

返回局部最优和次优两个序列之间的对齐

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语法

AlignStruct= localalign (Seq1,Seq2)
AlignStruct= localalign (Seq1,Seq2……“NumAln”,NumAlnValue,……)
AlignStruct= localalign (Seq1,Seq2……“MinScore”,MinScoreValue,……)
AlignStruct= localalign (Seq1,Seq2……“百分比”,PercentValue,……)
AlignStruct= localalign (Seq1,Seq2……“DoAlignment”,DoAlignmentValue,……)
AlignStruct= localalign (Seq1,Seq2……“字母”,AlphabetValue,……)
AlignStruct= localalign (Seq1,Seq2……“ScoringMatrix”,ScoringMatrixValue,……)
AlignStruct= localalign (Seq1,Seq2,“规模”,ScaleValue,……)
AlignStruct= localalign (Seq1,Seq2……“GapOpen”,GapOpenValue,……)

描述

AlignStruct= localalign (Seq1,Seq2)返回第一个最优信息(最高得分)两个序列之间的局部比对MATLAB®结构。

AlignStruct= localalign (Seq1,Seq2,……”PropertyName”,PropertyValue,……)调用localalign与使用属性名可选属性/属性值对。您可以指定一个或多个属性在任何顺序。附上每个PropertyName在单引号。每一个PropertyName是不区分大小写。这些属性名称/属性值对如下:

AlignStruct= localalign (Seq1,Seq2……“NumAln”,NumAlnValue,……)返回一个或多个nonintersecting信息,局部比对(最优和次优)。它限制的数量排列返回通过指定局部比对返回的数量。它返回根据他们的分数降序排列。

AlignStruct= localalign (Seq1,Seq2……“MinScore”,MinScoreValue,……)返回nonintersecting信息,局部比对(最优和次优)的分数大于MinScoreValue。

AlignStruct= localalign (Seq1,Seq2……“百分比”,PercentValue,……)返回一个或多个信息nonintersecting局部比对(最优和次优)的分数PercentValue得分最高的百分比。它返回根据他们的分数降序排列。

AlignStruct= localalign (Seq1,Seq2……“DoAlignment”,DoAlignmentValue,……)指定是否要包括的两两比对对齐场输出的结构。的选择是真正的(默认)或假。

AlignStruct= localalign (Seq1,Seq2……“字母”,AlphabetValue,……)指定序列的类型。的选择是“AA”(默认)或“NT”。

AlignStruct= localalign (Seq1,Seq2……“ScoringMatrix”,ScoringMatrixValue,……)指定了得分矩阵用于局部比对。

AlignStruct= localalign (Seq1,Seq2,“规模”,ScaleValue,……)指定一个比例因子应用于输出分数,从而控制输出的单位分数。选择任何积极的价值。默认是1,这并不能改变输出的单位得分。

AlignStruct= localalign (Seq1,Seq2……“GapOpen”,GapOpenValue,……)指定打开一个缺口对齐的点球。选择任何积极的价值。默认是8。

输入参数

Seq1

第一个氨基酸或核苷酸序列有下列规定:

提示

寻求帮助的信件和整数表示氨基酸和核苷酸,明白了氨基酸的查找或核苷酸查找。

Seq2

第二个氨基酸或核苷酸序列localalign符合Seq1。

NumAlnValue

积极的标量(< =2 ^ 12)指定的数量排列返回。localalign返回顶部NumAlnValue地方、nonintersecting比对(最优和次优)。如果最优比对的数量大于NumAlnValue,然后localalign返回第一个NumAlnValue基于他们的顺序排列追溯矩阵。

请注意

如果你指定一个NumAlnValue,你就不能指定一个MinScoreValue或PercentValue。

提示

使用NumAlnValue返回多个校准调整低复杂度序列时,必须考虑几个当地的比对。

默认值:1

MinScoreValue

积极的标量指定当地的最低分数,nonintersecting比对(最优和次优)返回。

请注意

如果你指定一个MinScoreValue,你就不能指定一个NumAlnValue或PercentValue。

提示

使用MinScoreValue返回非最优比对,例如当你感兴趣占测序错误或不完美的得分矩阵。

PercentValue

积极的标量之间0和One hundred.限制当地的回归,nonintersecting比对(最优和次优)的比对得分PercentValue得分最高的百分比。例如,如果分数是最高的10.5你指定5为PercentValue,然后localalign确定最低得分10.5 - 9.975 (10.5 * 0.05)=。它返回所有比对的得分9.975或更高版本。

请注意

如果你指定一个PercentValue,你就不能指定一个NumAlnValue或MinScoreValue。

提示

使用PercentValue回归最优和次优的比对,当你不知道这两个序列相似程度或他们对一个给定的分数如何评分矩阵。

DoAlignmentValue

控制包含的两两比对对齐场输出的结构。的选择是真正的(默认)或假。

AlphabetValue

特征向量或字符串指定序列的类型。的选择是“AA”(默认)或“NT”。

ScoringMatrixValue

下面的:

  • 特征向量或字符串指定得分矩阵用于局部比对。氨基酸序列的选择是:

    • “BLOSUM62”

    • “BLOSUM30”增加了5到“BLOSUM90”

    • “BLOSUM100”

    • “PAM10”增加了10到“PAM500”

    • “DAYHOFF”

    • “GONNET”

    默认是:

    • “BLOSUM50”——当AlphabetValue=“AA”

    • “NUC44”——当AlphabetValue=“NT”

    请注意

    前面的得分矩阵,提供的软件,还包括结构包含一个比例因子,将输出的单位得分。您还可以使用“规模”属性来指定一个额外的比例因子将分数从位到另一个单位的输出。

  • 矩阵表示得分矩阵用于局部比对,如返回的blosum,帕姆,dayhoff,gonnet,或nuc44函数。

    请注意

    如果您使用一个得分矩阵创建或者是由前面的函数,矩阵不包括一个比例因子。输出分数返回的单位相同评分矩阵。您可以使用“规模”属性指定一个比例因子得分转换输出到另一个单位。

请注意

如果你需要编译localalign为一个独立的应用程序或软件组件使用MATLAB编译器™,使用向量矩阵而不是字符或字符串ScoringMatrixValue。

ScaleValue

正值,指定一个用于输出比例因子分数,从而控制输出的单位分数。

例如,如果输出分数最初确定比特,你输入日志(2)为ScaleValue,然后localalign返回分数nats。

默认是1,这并不能改变输出的单位得分。

请注意

如果“ScoringMatrix”属性还指定了一个比例因子,那么localalign使用它首先按比例输出分数。然后应用指定的比例因子ScaleValue重新调节输出分数。

提示

从多个排列对齐比较分数之前,确保分数相同的单位。使用“规模”属性来控制输出的单位分数。

GapOpenValue

正值指定处罚打开一个缺口对齐。

默认值:8

输出参数

AlignStruct

MATLAB结构或数组的结构包含当地最优和次优信息两个序列之间的对齐。每个结构代表一个最优或次优的对齐和包含以下字段。

场 描述
分数

得分为当地最优或次优的对齐。
开始

1×2向量指标指示对齐每个序列的起点。
停止

1×2向量指标指示终点在每个序列对齐。
对齐

3-by-N字符数组显示两个序列,Seq1和Seq2,在第一和第三行。它还显示了符号代表最优或次优的局部比对两个序列之间的第二行。

例子

限制两个序列之间的比对返回的数量通过指定的数量排列:

%创建变量包含两个氨基酸序列。Seq1 =“VSPAGMASGYDPGKA”;Seq2 =“IPGKATREYDVSPAG”;%使用NumAln属性返回的信息%三大局部比对。struct1 = localalign (Seq1、Seq2 numaln, 3) struct1 =分数:[3 x1双)开始:[3 x2双]停止:[3 x2双]对齐:{3 x1细胞}%视图的第一和第二阵营。struct1.Score (1:2) ans = 11.0000 - 9.6667%查看第一对齐。struct1。对齐{1}ans = VSPAG | | | | | VSPAG

限制两个序列之间的比对返回的数量通过指定最低分数:

%创建变量包含两个氨基酸序列。Seq1 =“VSPAGMASGYDPGKA”;Seq2 =“IPGKATREYDVSPAG”;% %使用MinScore属性返回信息只有局部比对得分大于8。%使用DoAlignment属性排除实际的比对。struct2 = localalign (Seq1、Seq2 minscore, 8日doalignment, false) struct2 =分数:[2 x1双)开始:[2 x2双]停止:[2 x2双]

限制两个序列之间的比对返回的数量通过指定的百分比最高分数:

%创建变量包含两个氨基酸序列。Seq1 =“VSPAGMASGYDPGKA”;Seq2 =“IPGKATREYDVSPAG”;%使用百分比属性返回的信息只有%局部比对得分在15%的最高得分。struct3 = localalign (Seq1 Seq2,“百分比”,15)struct3 =分数:[2 x1双)开始:[2 x2双]停止:[2 x2双]对齐:{2 x1细胞}

指定一个开放点球得分矩阵和差距调整两个序列:

%创建变量包含两个核苷酸序列。Seq1 =“CCAATCTACTACTGCTTGCAGTAC”;Seq2 =“AGTCCGAGGGCTACTCTACTGAAC”;%创建一个得分矩阵的匹配分数10和不匹配% 9分的sm = [10 9 9 9;9 10 9 9;9 9 10 9;9 9 9 10];% %返回时使用ScoringMatrix和GapOpen属性信息三大局部比对。struct4 = localalign (Seq1 Seq2,“阿尔法”,“nt”,…scoringmatrix, sm, gapopen, 20日numaln, 3) struct4 =分数:[3 x1双)开始:[3 x2双]停止:[3 x2双]对齐:{3 x1细胞}

更多关于

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Nonintersecting比对

比对不匹配或不匹配的共同点。

最优排列

一个符合得分最高的。

次优的对齐

一个对齐得分低于得分最高的。

引用

[1]巴顿,g (1993)。一个有效的算法来定位两个序列之间的所有局部最优比对允许差距。嘉9,729 - 734。

版本历史

介绍了R2009b

另请参阅

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