主要内容

seqconsensus

计算共识序列

语法

CSeq= seqconsensus (seq）
［CSeq，分数= seqconsensus(seq）
CSeq= seqconsensus (配置文件）
seqconsensus(…”,PropertyName”,PropertyValue,……)
seqconsensus(…”,ScoringMatrix',ScoringMatrixValue）

参数

seq 一组多重排列的氨基酸或核苷酸序列。输入字符数组、字符串向量、字符向量的单元格数组或带有该字段的结构数组序列．
配置文件 序列剖面。输入函数中的配置文件seqprofile．配置文件矩阵的大小[20(或4)x序列长度]每个位置的氨基酸(或核苷酸)的频率或数量。配置文件如果共识中包含缺口，也可以有21(或5)行。
ScoringMatrixValue

下列任何一项:

  • 指定用于对齐的计分矩阵的字符向量或字符串。氨基酸序列选择如下:

    • “BLOSUM62”

    • “BLOSUM30”增加了5到“BLOSUM90”

    • “BLOSUM100”

    • “PAM10”增加了10到“PAM500”

    • “DAYHOFF”

    • “GONNET”

    默认是:

    • “BLOSUM50”——当AlphabetValue=“AA”

    • “NUC44”——当AlphabetValue=“NT”

    请注意

    软件提供的上述评分矩阵还包括一个包含比例因子的结构，该比例因子将输出评分单位转换为比特。你也可以使用“规模”属性指定一个附加比例因子，以将输出分数从位转换为另一个单位。

  • 一个21 x21，5 x5，20 x20,或4 x4数字数组。对于包含差距的情况，差距分数(最后一行/列)设置为意思是(诊断接头(ScoringMatrix))对于与另一个间隙匹配的间隙，并设置为意思是(nodiag (ScoringMatrix))用于与另一个符号匹配的缺口。

    请注意

    如果使用您创建的评分矩阵，则该矩阵不包括比例因子。输出分数将以与评分矩阵相同的单位返回。

请注意

如果需要编译seqconsensus独立应用程序或软件组件使用MATLAB®编译器™，使用矩阵代替字符向量或字符串ScoringMatrixValue．

描述

CSeq= seqconsensus (seq），对于多重对齐的序列集(seq)，返回具有一致性序列的字符向量(CSeq)．符号出现的频率(20.氨基酸,4核苷酸)中的序列是用函数确定的seqprofile．对于不明确的核苷酸或氨基酸符号，频率或计数被添加到标准符号集中。

［CSeq，分数= seqconsensus(seq）返回一致性序列的保守分数。分数由评分矩阵计算BLOSUM50氨基酸或NUC44核苷酸。得分是得分符号和m维共识值之间的平均欧氏距离。米是字母的大小。共识值是由评分矩阵加权的剖面。

CSeq= seqconsensus (配置文件）返回具有一致性序列(CSeq)从序列概要文件(配置文件)．

seqconsensus(…”,PropertyName”,PropertyValue,……)使用属性名/值对定义可选属性。

seqconsensus(…”,ScoringMatrix',ScoringMatrixValue）指定评分矩阵。

下面的输入参数类似于函数seqprofile当字母被限制在“AA”或“NT”．

seqconsensus(…“字母”,AlphabetValue）

seqconsensus(…“差距”,GapsValue）

seqconsensus(…“模糊”,AmbiguousValue）

seqconsensus(…“限制”,LimitsValue）

例子

Seqs = fastaread('pf00002.fa');[C, S] = seqconsensus (seq,“限制”,[50 60],“缺口”,“所有”)

版本历史

R2006a之前介绍

另请参阅

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