seqshoworfsgydF4y2Ba

按顺序显示打开的阅读帧gydF4y2Ba

语法gydF4y2Ba

seqshoworfs (gydF4y2BaSeqNTgydF4y2Ba）gydF4y2Ba seqshoworfs (gydF4y2BaSeqNTgydF4y2Ba……“帧”,gydF4y2BaFramesValuegydF4y2Ba,……)gydF4y2Ba seqshoworfs (gydF4y2BaSeqNTgydF4y2Ba……“GeneticCode”,gydF4y2BaGeneticCodeValuegydF4y2Ba,……)gydF4y2Ba seqshoworfs (gydF4y2BaSeqNTgydF4y2Ba……“MinimumLength”,gydF4y2BaMinimumLengthValuegydF4y2Ba,……)gydF4y2Ba seqshoworfs (gydF4y2BaSeqNTgydF4y2Ba……“AlternativeStartCodons”,gydF4y2BaAlternativeStartCodonsValuegydF4y2Ba,……)gydF4y2Ba seqshoworfs (gydF4y2BaSeqNTgydF4y2Ba,“颜色”,gydF4y2BaColorValuegydF4y2Ba,……)gydF4y2Ba seqshoworfs (gydF4y2BaSeqNTgydF4y2Ba,“列”,gydF4y2BaColumnsValuegydF4y2Ba,……)gydF4y2Ba

参数gydF4y2Ba

`SeqNTgydF4y2Ba`	核苷酸序列。输入字符向量或字符串gydF4y2Ba`一个gydF4y2Ba`,gydF4y2Ba`TgydF4y2Ba`（gydF4y2Ba`UgydF4y2Ba`)，gydF4y2Ba`GgydF4y2Ba`,gydF4y2Ba`CgydF4y2Ba`，以及模糊字符gydF4y2Ba`RgydF4y2Ba`,gydF4y2Ba`YgydF4y2Ba`,gydF4y2Ba`KgydF4y2Ba`,gydF4y2Ba`米gydF4y2Ba`,gydF4y2Ba`年代gydF4y2Ba`,gydF4y2Ba`WgydF4y2Ba`,gydF4y2Ba`BgydF4y2Ba`,gydF4y2Ba`DgydF4y2Ba`,gydF4y2Ba`HgydF4y2Ba`,gydF4y2Ba`VgydF4y2Ba`,gydF4y2Ba`NgydF4y2Ba`，或整数向量。您还可以使用该字段输入结构gydF4y2Ba`序列gydF4y2Ba`．gydF4y2Ba
`FramesValuegydF4y2Ba`	属性选择帧。输入gydF4y2Ba`1gydF4y2Ba`,gydF4y2Ba`2gydF4y2Ba`,gydF4y2Ba`3.gydF4y2Ba`,gydF4y2Ba`－1gydF4y2Ba`,gydF4y2Ba`－2gydF4y2Ba`,gydF4y2Ba`3gydF4y2Ba`，输入整数组成的向量，或gydF4y2Ba`“所有”gydF4y2Ba`．默认值为vectorgydF4y2Ba`[1 2 3]gydF4y2Ba`．帧gydF4y2Ba`－1gydF4y2Ba`,gydF4y2Ba`－2gydF4y2Ba`,gydF4y2Ba`3gydF4y2Ba`对应于反向补码的第一、第二和第三读取帧。gydF4y2Ba
`GeneticCodeValuegydF4y2Ba`	遗传代号。从表格中输入代码号或代码名称gydF4y2Ba遗传密码gydF4y2Ba．gydF4y2Ba
`MinimumLengthValuegydF4y2Ba`	属性设置ORF中密码子的最小数目。gydF4y2Ba
`AlternativeStartCodonsValuegydF4y2Ba`	属性要使用替代起始密码子进行控制。输入或gydF4y2Ba`真正的gydF4y2Ba`或gydF4y2Ba`假gydF4y2Ba`．默认值为gydF4y2Ba`假gydF4y2Ba`．gydF4y2Ba
`ColorValuegydF4y2Ba`	用颜色突出阅读框。指定下列之一:gydF4y2Ba RGB值的三元素数值向量gydF4y2Ba 包含预定义的单字母颜色代码的字符向量或字符串gydF4y2Ba 包含预定义颜色名称的字符向量或字符串gydF4y2Ba 例如，使用cyan，输入gydF4y2Ba`[0 1 1]gydF4y2Ba`,gydF4y2Ba`“c”gydF4y2Ba`,或gydF4y2Ba`“青色”gydF4y2Ba`．有关指定颜色的详细信息，请参见gydF4y2Ba颜色的选择gydF4y2Ba．gydF4y2Ba 要为三个阅读框指定不同的颜色，请使用gydF4y2Ba`1gydF4y2Ba`——- - - - - -gydF4y2Ba`3.gydF4y2Ba`颜色值的单元格数组。如果显示反向补码读取帧，则使用gydF4y2Ba`1gydF4y2Ba`——- - - - - -gydF4y2Ba`6gydF4y2Ba`颜色值的单元格数组。gydF4y2Ba 默认的配色方案是第一个读取帧的蓝色，第二个读取帧的红色，第三个读取帧的绿色。gydF4y2Ba
`ColumnsValuegydF4y2Ba`	属性指定输出中的列数。gydF4y2Ba

遗传密码gydF4y2Ba

代码数量gydF4y2Ba	代号gydF4y2Ba
`1gydF4y2Ba`	`标准gydF4y2Ba`
`2gydF4y2Ba`	`脊椎动物的线粒体gydF4y2Ba`
`3.gydF4y2Ba`	`酵母线粒体gydF4y2Ba`
`4gydF4y2Ba`	`模具gydF4y2Ba`,gydF4y2Ba`原生动物gydF4y2Ba`,gydF4y2Ba`腔肠动物的线粒体gydF4y2Ba`,gydF4y2Ba`支原体/螺原体gydF4y2Ba`
`5gydF4y2Ba`	`无脊椎动物的线粒体gydF4y2Ba`
`6gydF4y2Ba`	`纤毛虫gydF4y2Ba`,gydF4y2Ba`DasycladaceangydF4y2Ba`,gydF4y2Ba`六前鞭虫属核gydF4y2Ba`
`9gydF4y2Ba`	`棘皮动物的线粒体gydF4y2Ba`
`10gydF4y2Ba`	`Euplotid核gydF4y2Ba`
`11gydF4y2Ba`	`细菌gydF4y2Ba`而且gydF4y2Ba`植物质体gydF4y2Ba`
`12gydF4y2Ba`	`替代酵母核gydF4y2Ba`
`13gydF4y2Ba`	`海鞘类线粒体gydF4y2Ba`
`14gydF4y2Ba`	`扁形虫线粒体gydF4y2Ba`
`15gydF4y2Ba`	`赭纤虫核gydF4y2Ba`
`16gydF4y2Ba`	`Chlorophycean线粒体gydF4y2Ba`
`21gydF4y2Ba`	`吸虫线粒体gydF4y2Ba`
`22gydF4y2Ba`	`斜景线粒体gydF4y2Ba`
`23gydF4y2Ba`	`Thraustochytrium线粒体gydF4y2Ba`

描述gydF4y2Ba

seqshoworfsgydF4y2Ba使用标准或替代遗传密码识别并突出显示所有开放的阅读框架。gydF4y2Ba

seqshoworfs (gydF4y2BaSeqNTgydF4y2Ba）gydF4y2Ba突出显示所有打开的阅读帧的序列，并返回每个阅读帧中每个ORF的开始和停止位置的结构。标准遗传密码与起始密码子一起使用gydF4y2Ba“8月”gydF4y2Ba还有终止密码子gydF4y2Ba“UAA”gydF4y2Ba,gydF4y2Ba“UAG”gydF4y2Ba,gydF4y2Ba佐治亚大学的gydF4y2Ba．gydF4y2Ba

seqshoworfs (gydF4y2BaSeqNTgydF4y2Ba,……”gydF4y2BaPropertyNamegydF4y2Ba”,gydF4y2BaPropertyValuegydF4y2Ba,……)gydF4y2Ba调用gydF4y2BaseqshoworfsgydF4y2Ba可选属性使用属性名/属性值对。您可以以任意顺序指定一个或多个属性。每一个gydF4y2BaPropertyNamegydF4y2Ba必须用单引号括起来，不区分大小写。这些属性名/属性值对如下所示:gydF4y2Ba

seqshoworfs (gydF4y2BaSeqNTgydF4y2Ba……“帧”,gydF4y2BaFramesValuegydF4y2Ba,……)gydF4y2Ba指定要显示的读取帧。默认是显示第一、第二和第三个读取帧，并在每个帧中突出显示orf。gydF4y2Ba

seqshoworfs (gydF4y2BaSeqNTgydF4y2Ba……“GeneticCode”,gydF4y2BaGeneticCodeValuegydF4y2Ba,……)gydF4y2Ba指定用于查找开放阅读帧的遗传密码。gydF4y2Ba

seqshoworfs (gydF4y2BaSeqNTgydF4y2Ba……“MinimumLength”,gydF4y2BaMinimumLengthValuegydF4y2Ba,……)gydF4y2Ba设置一个ORF被认为有效的密码子的最小数目。默认值为gydF4y2Ba10gydF4y2Ba．gydF4y2Ba

seqshoworfs (gydF4y2BaSeqNTgydF4y2Ba……“AlternativeStartCodons”,gydF4y2BaAlternativeStartCodonsValuegydF4y2Ba,……)gydF4y2Ba使用替代开始密码子ifgydF4y2BaAlternativeStartCodonsgydF4y2Ba设置为gydF4y2Ba真正的gydF4y2Ba．例如，在人类线粒体遗传密码中，gydF4y2BaAUAgydF4y2Ba而且gydF4y2BaAUUgydF4y2Ba已知是可选的起始密码子。有关替代起始密码子的详细信息，请参见gydF4y2Ba

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Utils/wprintgc.cgi?mode=t#SG1gydF4y2Ba

seqshoworfs (gydF4y2BaSeqNTgydF4y2Ba,“颜色”,gydF4y2BaColorValuegydF4y2Ba,……)gydF4y2Ba指定用于在输出显示中突出显示打开的阅读帧的颜色。默认的配色方案是第一个读取帧的蓝色，第二个读取帧的红色，第三个读取帧的绿色。gydF4y2Ba

seqshoworfs (gydF4y2BaSeqNTgydF4y2Ba,“列”,gydF4y2BaColumnsValuegydF4y2Ba,……)gydF4y2Ba指定每行在输出中使用多少列。默认值为gydF4y2Ba64gydF4y2Ba．gydF4y2Ba

例子gydF4y2Ba

以随机核苷酸序列显示开放阅读框。gydF4y2Ba

S = randseq(200，gydF4y2Ba“字母”gydF4y2Ba,gydF4y2Ba“dna”gydF4y2Ba）;seqshoworfs(年代);gydF4y2Ba

在GenBank中显示打开的阅读帧gydF4y2Ba^®gydF4y2Ba序列。gydF4y2Ba

HLA_DQB1 = getgenbank(gydF4y2Ba“NM_002123”gydF4y2Ba）;seqshoworfs (HLA_DQB1.Sequence);gydF4y2Ba

RGB值gydF4y2Ba	短名称gydF4y2Ba	长名字gydF4y2Ba
`[11 10 0]gydF4y2Ba`	`ygydF4y2Ba`	`黄色的gydF4y2Ba`
`[10 0 1]gydF4y2Ba`	`米gydF4y2Ba`	`品红色的gydF4y2Ba`
`[0 1 1]gydF4y2Ba`	`cgydF4y2Ba`	`青色gydF4y2Ba`
`[10 0 0]gydF4y2Ba`	`rgydF4y2Ba`	`红色的gydF4y2Ba`
`[0 10 0]gydF4y2Ba`	`ggydF4y2Ba`	`绿色gydF4y2Ba`
`[0 0 1]gydF4y2Ba`	`bgydF4y2Ba`	`蓝色的gydF4y2Ba`
`[1 1 1]gydF4y2Ba`	`wgydF4y2Ba`	`白色gydF4y2Ba`
`[0 0 0]gydF4y2Ba`	`kgydF4y2Ba`	`黑色的gydF4y2Ba`

版本历史gydF4y2Ba

R2006a之前介绍gydF4y2Ba

另请参阅gydF4y2Ba