主要内容

seqsplitpe

将合并的对端序列拆分到单独的文件中

折叠所有页面

语法

seqsplitpe (fastqFile)
seqsplitpe (___、名称、值)
[outFiles,N] = seqsplitpe(___）

描述

例子

seqsplitpe (fastqFile）拆分合并成对端序列fastqFile两个独立的文件。每个序列从中间分开。序列的前半部分保存在第一个输出文件中，另一半保存在第二个输出文件中。默认情况下，每个输出文件名由添加后缀的输入文件名组成“_1”或“_2”在文件扩展名之前。

例子

seqsplitpe (___，名称,值）使用一个或多个指定的其他选项名称,值对参数。

例子

［输出文件，N= seqsplitpe(___）返回单元格数组中输出文件的名称输出文件．N表示一个向量，其中包含保存在每个输出文件中的序列数。

例子

全部折叠

打开实时脚本

将每个配对的末端序列分成两半，并将每一半存储在单独的输出文件中。

[outFiles, N] = seqsplitpe(“SXX123456_merged.fastq”）;

检查每个输出文件中的序列数。

N
N =2×150 50

输入参数

全部折叠

具有序列和质量信息的FASTQ文件的名称，指定为字符向量、字符串、字符串向量或字符向量的单元格数组。

例子:“SRR005164_1_50.fastq”

名称-值参数

指定可选参数对为Name1 = Value1,…,以=家,在那里的名字参数名称和价值对应的值。名称-值参数必须出现在其他参数之后，但对的顺序无关紧要。

在R2021a之前，使用逗号分隔每个名称和值，并将其括起来的名字在报价。

例子:“OutputSuffix”、“PairedEnd_split”指定在输出文件名中使用自定义后缀。

输出文件目录的相对或绝对路径，指定为字符向量或字符串。默认为当前目录。

例子:“OutputDir”、“F: \结果”

要在输出文件名中使用的自定义后缀，指定为字符向量或字符串。它被插入到输入文件名之后，后缀之前“_1”或“_2”．默认为”．

例子:“OutputSuffix”、“_MisMatches2”

指示是否并行执行计算的布尔值，指定为真正的或假．

对于并行计算，您必须拥有并行计算工具箱™。如果并行池不存在，则在并行首选项中启用自动创建选项时自动创建一个。否则，计算以串行模式运行。

请注意

在分布式环境中，跨工作人员共享大型输入文件会产生一定的成本。在某些情况下，并行运行可能对性能没有好处。

例子:“UseParallel”,真的

输出参数

全部折叠

输出文件名，作为字符向量的单元格数组返回。默认情况下，每个输出文件的名称由附加后缀的输入文件名组成“_1”或“_2”在文件扩展名之前。

保存在每个输出文件中的序列数，返回为n——- - - - - -1向量,n是输出文件的数量。如果有多个输出文件，则其中的顺序N对应于输出文件的顺序。

扩展功能

版本历史

在R2016b中引入

另请参阅

||