基于约束的重建和分析工具箱是一个MATLAB软件套件，用于基于约束建模的细胞和多细胞生化网络的定量预测。它实现了基本和高级建模方法的全面集合，包括重建和模型生成以及有偏和无偏模型驱动的分析方法。
它被广泛用于建模，分析和预测各种代谢表型使用基因组尺度的生化网络。
-手稿可在doi.org/10.1038/s41596-018-0098-2
引用作为
Laurent Heirendt和Sylvain Arreckx, Thomas Pfau, Sebastian N. Mendoza, Anne Richelle, Almut Heinken, Hulda S. Haraldsdottir, Jacek Wachowiak, Sarah M. Keating, Vanja Vlasov, Stefania Magnusdottir, Chiam Yu Ng, German Preciat, Alise Zagare, Siu H.J. Chan, Maike K. Aurich, Catherine M. Clancy, Jennifer Modamio, John T. Sauls, Alberto Noronha, Aarash Bordbar, Benjamin Cousins, Diana C. El Assal, Luis V. Valcarcel, Inigo Apaolaza, Susan Ghaderi, Masoud Ahookhosh, Marouen Ben Guebila，Andrejs Kostromins, Nicolas Sompairac, Hoai M. Le, Ding Ma, Yuekai Sun, Lin Wang, James T. Yurkovich, Miguel A.P. Oliveira, Phan T. Vuong, Lemmer P. El Assal, Inna Kuperstein, Andrei Zinovyev, H. Scott Hinton, William A. Bryant, Francisco J. Aragon Artacho, Francisco J. Planes, Egils Stalidzans, Alejandro Maass, Santosh Vempala, Michael Hucka, Michael A. Saunders, Costas D. Maranas, Nathan E. Lewis, Thomas Sauter, Bernhard Ø。Palsson, Ines Thiele, Ronan M.T. Fleming，生化约束模型的创建和分析:COBRA工具箱v3.0，自然协议，第14卷，第639-702页，2019 doi.org/10.1038/s41596-018-0098-2。
意见及评分(2）
MATLAB版本兼容性
使用R2018b创建
与R2014b及后续版本兼容
平台的兼容性
窗户 macOS Linux标签
.artenolis
弃用
弃用/ _cardOpt_tangiCode
弃用/ _directionalityReport_old
弃用/ _fluxomics_obsolete
弃用/ _io_depreciated
弃用/ _maps_old
弃用/ _maps_old /工具
弃用/ _modelManipulationOri
弃用/ _testDependencyStructure
弃用/ _thermo_old_data
弃用/ _topology / FR
弃用/ _topology / lrs
文档/源/指南
文档/源/安装
文档/源/模块
外部/分析
外部/分析/乌鸦
外部/分析/ StoichTools
外部/分析/ fastFVAmex
外部/分析/ graph_analysis
外部/分析/ lnbin
外部/分析/ mptoolbox
外部/分析/ mptoolbox / @mp
外部/分析/ mptoolbox / @mp /私人
外部/分析/ plotConfMat
外部/分析/ totallyUnimodular
外部/基地/安装
外部/基地/ io
外部/ / io / BuildMPS基地
外部/基地/ io / json
外部/基地/ io / libsbml - 5.17 - matlab
外部/ / io / xlwrite基地
外部/ /采样/ constrained-logconcave-sampler基地
外部/ /采样/ constrained-logconcave-sampler /基础代码
外部/基地/采样/ constrained-logconcave-sampler /代码/诊断
外部/基地/采样/ constrained-logconcave-sampler /代码/准备
外部/基地/采样/ constrained-logconcave-sampler /代码/样品
外部/基地/采样/ constrained-logconcave-sampler /代码/跑龙套
外部/基地/采样/ constrained-logconcave-sampler /纸/采样/生物
外部/基地/采样/ constrained-logconcave-sampler /纸/采样/混合
外部/基地/采样/ constrained-logconcave-sampler /纸/采样/ netlib
外部/基地/采样/ constrained-logconcave-sampler /纸/跑龙套
外部/基地/采样/ constrained-logconcave-sampler /纸/体积
外部/基地/采样/ constrained-logconcave-sampler /测试
外部/基地/采样/ constrained-logconcave-sampler /测试/问题
外部/基地/采样/ constrained-logconcave-sampler /测试/问题/基本
外部/基地/采样/ constrained-logconcave-sampler /跑龙套
外部/ /连接器/ glpkmex基地
外部/ /连接器/ lusolMex32bit基地
外部/基地/公用事业
外部/ /工具/ NearestSymmetricPositiveDefinite基地
外部/ /工具/ append_pdfs基地
外部/ /工具/ cellstructeq基地
外部/基地/工具/数据结构
外部/ /工具/ dependencyAnalyzer基地
外部/ /工具/ findjobj基地
外部/ /工具/ histogram_distance基地
外部/ /工具/ m2html基地
外部/基地/工具/ m2html / @template
外部/基地/工具/ m2html / @template /私人
外部/基地/工具/ m2html /私人
外部/ /工具/ matrixcomp基地
外部/ /工具/ programStatistics基地
外部/ /工具/ rdir基地
外部/工具/行/基地
外部/ /工具/ slocDir基地
外部/ /工具/ slocstat基地
外部/ /工具/ textprogressbar基地
外部/ /工具/ violinPlots基地
外部/ dataIntegration / mCADRE
外部/可视化
外部/可视化/ barvalues
外部/可视化/ distinguishable_colors
外部/可视化/ labelpoints
外部/可视化/ plotregion
外部/可视化/ spyc
外部/可视化/维恩
src /分析/等
src /分析/ FVA
src /分析/ FVA / fastFVA
src /分析/ KLdistance
src /分析/现代艺术博物馆
src /分析/ QFCA
src /分析/房间
src /分析/耦合
src /分析/删除
src /分析/ dynamicFBA
src /分析/探索
src /分析/开发/ surfNetSubfunctions
src /分析/ findMIIS
src /分析/ fluxEnrichmentAnalysis
src /分析/ gmc
src /分析/ geometricFBA
src /分析/ mdFBA
src /分析/ multiSpecies / SteadyCom
src /分析/ multiSpecies / SteadyCom /子程序
src /分析/ multiSpecies / microbiomeModelingToolbox / additionalAnalysis
src /分析/ multiSpecies / microbiomeModelingToolbox / mgPipe
src /分析/ multiSpecies / microbiomeModelingToolbox / pairwiseInteractionModeling
src /分析/ parsimoniousFBA
src /分析/ rFBA
src /分析/ rMTA
src /分析/ relaxedFBA
src /分析/ robustnessAnalysis
src /分析/伦巴舞
src /分析/抽样
src /分析/采样/乙酰胆碱受体
src /分析/采样/ CHRR
src /分析/ sparseFBA
src /分析/子空间
src /分析/子空间/ lsqr
src /分析/子空间/零空间
src /分析/子空间/等级
src /分析/子空间/ rowReduce
src /分析/子空间/ subspaceProjection
src /分析/热/ componentContribution
src /分析/热/ directionalityReport
src /分析/热/ directionalityReport /老了
src /分析/热/ experimentalData
src /分析/热/ experimentalData / alberty2006
src /分析/热/ experimentalDesign
src /分析/热/ groupContribution
src /分析/热/ molFiles
src /分析/热/质子
src /分析/热/ reactantContribution
src /分析/热/ thermoFBA
src /分析/热/运输
src /分析/热/实用工具
src /分析/热/ vonBertalanffy
src /分析/拓扑
src /分析/拓扑/ FR
src /分析/拓扑/ conservedMoieties
src /分析/拓扑/ conservedMoieties /老了
src /分析/拓扑/ extremeRays / lrs
src /分析/拓扑/ extremeRays / lrs / lrsInterface
src /分析/拓扑/ extremeRays / optimalRays
src /分析/拓扑/ graphHypergraphConversion
src /分析/运输
src /分析/ uFBA
src /分析/ wholeBody / PSCMToolbox
src /分析/ wholeBody / PSCMToolbox / BMRcalculations
src /分析/ wholeBody / PSCMToolbox / hostMicrobeInteraction
src /分析/ wholeBody / PSCMToolbox / io
src /分析/ wholeBody / PSCMToolbox / setConstraints
src /分析/ wholeBody / PSCMToolbox setConstraints /饮食
src /分析/ wholeBody / PSCMToolbox / setConstraints / organWeight
src /基地
src /基地/ ci
src /基地/安装
src /基地/ io
src /基地/ io /反感
src / / io / KEGG基地
src /基地/ io /定义
src /基地/ io /纽特
src / io /老/基地
src /基地/ io /实用工具
src /基地/ io /工具/用
src /基地/解决者
src / /连接器/ NLP的基地
src /基地/连接器/ cardOpt / smoothConcave
src /基地/连接器/ cardOpt / sparseLP
src /基地/连接器/ cardOpt / sparseLP /老
src /基地/连接器/最大化策略
src /基地/连接器/ gam
src / /连接器/ getSetSolver基地
src /连接器/ init /基地
lindo /连接器/ src /基地
src / /连接器/ lp_solve基地
src /连接器/参数/基地
src /解决基地/ /重新调节
src / /连接器/ varKin基地
src /基地/连接器/ varKin / BDCAmethods
src /基地/连接器/ varKin / derFreeMethods
src /基地/连接器/ varKin / levMarMethods
src /基地/公用事业
src / dataIntegration / chemoInformatics
src / dataIntegration / chemoInformatics / inchi
src / dataIntegration / chemoInformatics / molecularWeight
src / dataIntegration chemoInformatics / molecularWeight / basicPhysicochemicalData
src / dataIntegration / fluxomics
src / dataIntegration / fluxomics / atomTransition
src / dataIntegration / fluxomics / c13solver
src / dataIntegration / metabotools
src / dataIntegration /转录组
src / dataIntegration /转录组/ FASTCORE
src / dataIntegration /转录组/给我
src / dataIntegration /转录组/ INIT
src / dataIntegration /转录组/ MBA
src / dataIntegration /转录组/森林小人
src / dataIntegration /转录组/ SWIFTCORE
src / dataIntegration /转录组/ eFlux
src / dataIntegration /转录组/ iMAT
src / dataIntegration /转录组/预处理
src /设计
src /设计/ optForce
src /设计/ optForceGAMS
src /重建
src /重建/ / modelBorgifier比较
src /重建得墨忒耳/ src /调试
src /重建得墨忒耳/ src /集成
src /重建得墨忒耳/ src /属性
src /重建得墨忒耳/ src /细化
src /重建得墨忒耳/套件/报告
src /重建得墨忒耳/ /测试套件
src /重建/ fastGapFill
src /重建/ fastGapFill / AuxillaryFiles
src /重建/ growthExpMatch
src /重建/ modelGeneration
src /重建/ modelGeneration / fluxConsistency
src /重建/ modelGeneration / fluxConsistency / DCA
src /重建/ modelGeneration / fluxConsistency /贪婪
src /重建/ modelGeneration / massBalance
src /重建/ modelGeneration / modelProperties
src /重建/ modelGeneration / modelVerification
src /重建/ modelGeneration / stoichConsistency
src /重建/ rBioNet
src /重建/细化
src /重建/改进/ GPRLogic
src /可视化/ cellDesigner
src /可视化/转换
src /可视化/ createMetIntrcNetwork
src /可视化/ efmviz
src / /地图/ ReconMap可视化
src /可视化/ metabolicCartography
src / / paint4Net / Draw_by_met可视化
src / / paint4Net / Draw_by_rxn可视化
src /可视化/ visualizeEpistasis
测验
测试/ additionalTests / testCD
测试/ additionalTests / testConvertOldStyleModel
测试/ additionalTests / testElementalComposition
测试/ additionalTests / testFindSparsePathway
测试/ additionalTests / testFitC13Data
测试/ additionalTests / testFluxConsistency
测试/ additionalTests / testHillFormula
测试/ additionalTests / testHypergraphConstruction
测试/ additionalTests / testLegacy
测试/ additionalTests / testMaps
测试/ additionalTests / testModels
测试/ additionalTests / testMolecularMass
测试/ additionalTests / testOptCardinality
测试/ additionalTests / testOpti
测试/ additionalTests / testRelaxedFBA
测试/ additionalTests / testStoichiometricConsistency
测试/ additionalTests / testThermo
测试/ additionalTests / testTissueModel
测试/ additionalTests / testTopology
测试/ additionalTests / testVonBertalanffy
测试/ additionalTests / testcreateMetIntrcNetwork
测试/ verifiedTests /分析/ testBiomassPrecursorCheck
测试/ verifiedTests /分析/ testConnectedComponents
测试/ verifiedTests /分析/ testCorrespondingRowsCols
测试/ verifiedTests /分析/ testDeletionStudy
测试/ verifiedTests /分析/ testDynamicFBA
测试/ verifiedTests /分析/ testEnumerateOptimal
测试/ verifiedTests /分析/ testExploration
测试/ verifiedTests /分析/ testFASTCORE
测试/ verifiedTests /分析/ testFASTCORE / testLP9
测试/ verifiedTests /分析/ testFBA
测试/ verifiedTests /分析/ testFEA
测试/ verifiedTests /分析/ testFVA
测试/ verifiedTests /分析/ testFindBlockedReaction
测试/ verifiedTests /分析/ testGeneMCS
测试/ verifiedTests /分析/ testGeometricFBA
测试/ verifiedTests /分析/ testKLdistance
测试/ verifiedTests /分析/ testMDFBA
测试/ verifiedTests /分析/ testMOMA
测试/ verifiedTests /分析/ testMTA
测试/ verifiedTests /分析/ testMultiSpeciesModelling
测试/ verifiedTests /分析/ testNullspace
测试/ verifiedTests /分析/ testOptimizeCbModel
测试/ verifiedTests /分析/ testPrint
测试/ verifiedTests /分析/ testQFCA
测试/ verifiedTests /分析/ testROOM
测试/ verifiedTests /分析/ testRank
测试/ verifiedTests /分析/ testRobustnessAnalysis
测试/ verifiedTests /分析/ testsample
测试/ verifiedTests /分析/ testSteadyCom
测试/ verifiedTests /分析/ testSubspaces
测试/ verifiedTests /分析/ testThermo
测试/ verifiedTests /分析/ testTopology
测试/ verifiedTests /分析/ testTopology / testConvertHypergraphToBipartiteGraph
测试/ verifiedTests /分析/ testfindMIIS
测试/ verifiedTests /分析/ testpFBA
测试/ verifiedTests /分析/ testrFBA
测试/ verifiedTests /分析/ testuFBA
测试/ / testCardOpt verifiedTests /基地
测试/ / testIO verifiedTests /基地
测试/ / testIO / testKEGG verifiedTests /基地
测试/ / testIO / testUtilities verifiedTests /基地
测试/ / testInstall verifiedTests /基地
测试/ / testMPS verifiedTests /基地
测试/ / testOutputNetworkCytoscape verifiedTests /基地
测试/ / testParseCobraVarargin verifiedTests /基地
测试/ / testSolvers verifiedTests /基地
测试/ / testSolvers / NLPscripts verifiedTests /基地
测试/ / testTools verifiedTests /基地
测试/ / testXls2Model verifiedTests /基地
测试/ / testwritePajekNet verifiedTests /基地
测试/ verifiedTests / dataIntegration / testChemoInformatics
测试/ verifiedTests / dataIntegration / testEFlux
测试/ verifiedTests / dataIntegration / testMOOMIN
测试/ verifiedTests / dataIntegration / testMetaboTools
测试/ verifiedTests / dataIntegration / testPreprocessing
测试/ verifiedTests / dataIntegration / testSWIFTCORE
测试/ verifiedTests /设计
测试/ verifiedTests /设计/ testGDLS
测试/ verifiedTests /设计/ testOptForce
测试/ verifiedTests /设计/ testOptKnock
测试/ verifiedTests /重建
测试/ verifiedTests /重建/ testComputeMetFormulae
测试/ verifiedTests /重建/ testConstraintModifications
测试/ verifiedTests /重建/ testDetectDeadEnds
测试/ verifiedTests /重建/ testElementalBalance
测试/ verifiedTests /重建/ testFastGapFill
测试/ verifiedTests /重建/ testFastLeakTest
测试/ verifiedTests /重建/ testGPRLogic
测试/ verifiedTests /重建/ testGapFind
测试/ verifiedTests /重建/ testGrowthExpMatch
测试/ verifiedTests /重建/ testInChI
测试/ verifiedTests /重建/ testMassChargeBalance
测试/ verifiedTests /重建/ testMaxCardConservationVector
测试/ verifiedTests /重建/ testModelBorgifier
测试/ verifiedTests /重建/ testModelGeneration
测试/ verifiedTests /重建/ testModelManipulation
测试/ verifiedTests /重建/ testRBioNet
测试/ verifiedTests /可视化/ testEFMviz
测试/ verifiedTests /可视化/ testPaint4Net
测试/ verifiedTests /可视化/ testReconMap
测试/ verifiedTests /可视化/ testVisualizeEpistasis
外部/分析/ StoichTools
外部/ /工具/ NearestSymmetricPositiveDefinite基地
您也可以从以下列表中选择一个网站:
使用getDistributedModelFolder时出错(第36行)
所请求的模型在模型目录中不存在。\n这要么是由于模型没有被下载，要么不是分布式模型的一部分。
initCobraToolbox错误(第280行)
xmlTestFile = [getDistributedModelFolder(xmlTestModel) filesep xmlTestModel];
每当我初始化时，我都会得到上面的消息.....请帮助