对齐

读取映射到参考序列(s)

排列顺序读取参考序列使用领结1 (领结)和领结2 (bowtie2)对齐功能。领结1是面向调整相对较短的读取(50 bp)。领结2更适合读超过50个基点,并提供一些好处包括单和paired-end读取的支持,地方和端到端对齐的支持,并与仿射点球缺口对齐。万博1manbetx

功能

`领结`	短的读取映射到参考序列使用burrows - wheeler变换
`bowtiebuild`	使用burrows - wheeler变换生成索引
`bowtie2`	顺序读取映射到参考序列
`bowtie2build`	从参考序列创建领结2索引文件
`bowtie2inspect`	检查领结2索引文件
`align2cigar`	雪茄格式一致序列转换为相应的签名
`cigar2align`	对齐序列转换为序列在雪茄使用签名格式保持一致

使用门店浏览器可视化和调查顺序读取调整和功能注释