getIndex

返回读取的指数序列与参考序列一致BioMap对象

语法

指数= getIndex (BioObj,StartPos,EndPos) 指数= getIndex (BioObj,StartPos,EndPos,R) 指数= getIndex (…名称,值)

描述

指数= getIndex (BioObj,StartPos,EndPos)返回指数的列向量索引指定阅读序列对齐到一个范围或一组参考序列的范围BioObj,一个BioMap对象。范围定义的范围或设置StartPos和EndPos。StartPos和EndPos可以两个非负整数,这样吗StartPos小于EndPos,两个整数小于参考序列的长度。StartPos和EndPos也可以两个列向量代表一组范围(重叠或分段)。

getIndex包括每个只读一次。因此,如果一个读跨多个范围,该读的指数只出现一次。

指数= getIndex (BioObj,StartPos,EndPos,R)选择与所指定的范围相关的参考StartPos和EndPos。

指数= getIndex (…名称,值)返回索引指定的一个或多个额外的选项名称,值对参数。

输入参数

`BioObj`	对象的`BioMap`类。
`StartPos`	下面的: 非负整数,它定义了一系列参考序列的开始。`StartPos`必须小于`EndPos`,小于参考序列的总长度。列向量的非负整数,每个定义一系列参考序列的开始。
`EndPos`	下面的: 非负整数,它定义了一系列参考序列的结束。`EndPos`必须大于`StartPos`,小于参考序列的总长度。列向量的非负整数,每个定义的参考序列的范围。
`R`	正整数索引的`SequenceDictionary`的属性`BioObj`,或者一个特征向量或字符串指定的实际名称引用。

名称-值参数

指定可选的双参数作为Name1 = Value1,…,以=家,在那里的名字参数名称和吗价值相应的价值。名称-值参数必须出现在其他参数,但对的顺序无关紧要。

R2021a之前,用逗号来分隔每一个名称和值,并附上的名字在报价。

重叠

指定了最小数量的基本立场,读必须重叠的范围或设置范围,包括。这个值可以有下列:

正整数
“全部”——读必须完全包含在一个范围或一组统计范围。
“开始”——阅读的开始位置必须位于一个范围或一组统计范围。

默认值:1

深度

指定毁掉输出指标。深度报道在任何基础位置小于或等于深度一个正整数。

默认值:正

拼接

逻辑指定短读是否拼接在映射(如mRNA-to-genome映射)。N的符号签名对象的属性不计算在内。

默认值:假

输出参数

`指数`	列向量对齐的索引指定读取范围的范围或设置指定的参考序列`BioObj`,一个`BioMap`对象。

例子

构造一个BioMap对象,然后使用读取的索引来检索的启动和停止的位置读取完全包含在前50的位置参考序列:

从山姆文件%构造BioMap对象BMObj1 = BioMap (“ex1.sam”);%返回读取的索引是完全包含在%前50的位置参考序列指数= getIndex (BMObj1 1 50岁“重叠”,“全”);%使用这些指标来返回读取的启动和停止的位置% =开始getStart (BMObj1、指数)停止= getStop (BMObj1,指数)

= 1 3 5 6 9 13 13 15开始停止= 36 37 39 41 43 47 48 49

构造一个BioMap对象,然后使用读取的索引来检索读取的序列的比对重叠由至少一个碱基对分段范围:

从山姆文件%构造BioMap对象BMObj1 = BioMap (“ex1.sam”);%的读取返回指数%分段重叠范围98:100 198:200,至少1碱基对指数= getIndex (BMObj1(98; 198),(100; 200),“重叠”,1);%使用这些索引返回的序列读取序列= getSequence (BMObj1指标);