构建模型
建立机械系统生物学模型或PK/PD模型
建立QSP, PBPK, PK/PD和系统生物学模型图形化地使用方框图编辑器或用MATLAB编程®功能.使用剂量来模拟各种给药方案,并使用变体来表示生物变异性和假设场景。
应用程序
SimBiology模型构建器 | 交互式构建QSP、PK/PD和机械系统生物学模型 |
SimBiology模型分析器 | 分析QSP, PK/PD和机械系统生物学模型 |
功能
sbiomodel |
构造模型对象 |
sbioroot |
返回SimBiology根对象 |
sbioreset |
删除所有模型对象 |
sbioselect |
搜索具有指定约束的对象 |
sbiodiff |
比较SimBiology模型和图信息 |
getComponents |
获取与SimBiology模型比较结果相关的模型组件 |
visdiff |
可视化SimBiology模型比较结果 |
addcompartment |
创建隔间对象 |
addCompartment |
添加隔间到PKModelDesign 对象 |
addobservable |
将可观察对象添加到SimBiology模型 |
addspecies |
创建物种对象并添加到模型对象中的隔间对象 |
addparameter |
创建参数对象并添加到模型或动态定律对象 |
addreaction |
创建反应对象并添加到模型对象 |
addrule |
创建规则对象并添加到模型对象 |
addevent |
将事件对象添加到模型对象 |
构造 |
构建SimBiology模型PKModelDesign 对象 |
对象
主题
模型建立
- 建立受体-配体动力学模型
使用SimBiology应用程序创建并模拟一个简单的受体-配体动力学模型。 - 使用SimBiology Model Builder将SGLT2抑制纳入基于生理的葡萄糖-胰岛素模型
更新葡萄糖-胰岛素模型,整合钠-葡萄糖共转运蛋白2 (SGLT2)受体抑制的假想化合物。 - 构造一个简单的模型
这个例子展示了如何以编程方式构造一个简单的模型。 - 比较SimBiology模型
比较任意两个SimBiology模型,找出它们之间的差异。 - 建立基因调控通路模型
这个例子展示了如何构建一个简单的基因调控模型并对其进行模拟。 - 用自定义函数创建并模拟一个模型
这个例子展示了如何创建一个自定义函数并将其合并到模型模拟中。 - 用质量作用动力学定义反应速率
使用质量作用动力学定义零级、一级、二级和可逆反应。 - 用酶动力学定义反应速率
使用微分方程,质量作用动力学,或米克利斯-门腾动力学来定义酶反应。 - SimBiology模型中的事件
在SimBiology中,事件是模型中数量或表达式值的离散转换。 - 创建药代动力学模型
SimBiology允许您创建一室、二室或多室药代动力学模型,用于模型模拟和参数估计。
模型定义
- 什么是SimBiology模型?
SimBiology模型是由一组数量和数学表达式描述的动态系统。 - 种对象
一个种对象
代表一个物种,它是参与反应的化学物质或实体的量。 - SimBiology模型中的剂量
使用剂量来模拟不同的给药方案。 - SimBiology模型中的变体
使用变量来存储模型的备用参数值和初始条件。 - SimBiology模型中规则的定义与评价
规则是允许您定义或修改模型数量的数学表达式,即隔间容量、物种数量或参数值。 - SimBiology模型中反应的定义和评价
反应是描述改变一个或多个物种的转化、转运或结合过程的数学表达式。 - SimBiology模型匹配策略
SimBiology使用一定的标准和规则来比较模型。