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图像缩略图

显微镜图像浏览器2 (MIB2)

版本2.8020（67.4 MB） Ilya Belevich
MIB2是用于多维（2D-4D）显微镜数据集的分割的更新包
5.0
3个评分

43下​​载

更新02年6月2021年

从GitHub

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使用MIB2，您可以通过光和电子显微镜分析，段和可视化各种多维数据集。MIB2完全重写以遵循MVC架构，并带来许多新功能之间的额外稳定性。
查看MIB网站的更多详细信息和教程： http://mib.helsinki.fi.
我想确认Matlab文件交换用户社区，尤其是在计划开发期间使用的作者：
http://mib.helsinki.fi/acknowledgements.html
MIB版本1可从此获得 http://se.mathwands.com/matlabcentral/fileexchange/56481-microscopy-image-browser--mib- 并推荐用于MATLAB版本：R2011A - 2014A
可以从带视频教程的所有功能列表 http://mib.helsinki.fi/features_all.html.
特征：
  • 万博1manbetx支持2D-4D数据集（x，y，c，z，t）
  • 最多9个同时打开的数据集
  • 每个数据集的边界框
  • 通过插件可扩展
  • 执行操作的日志
  • 可定制的撤消系统
  • 可定制的快捷键
  • 色盲友好的配色方案
  • 兴趣区
  • 虚拟堆叠模式，用于处理大于可用内存的数据集
  • 批处理模式
数据导入/导出
  • 使用MATLAB直接导入/导出，斐济，imaris.和系统剪贴板
  • 直接从Omero服务器导入和URL链接
  • 加载并保存到TIF，AMIRA网格，JPG，FIJI BIGDATAVIEWER，​​HDF5，MRC，NRRD，PNG格式
  • 负载高达100种不同的图像和视频格式
  • Microsoft Excel（导出）进行量化
  • 重命名和随机播放工具，用于无偏见分类和分段
量化和统计
  • 对象:区(2 d / 3 d)
  • 对象：凸肌（2D）
  • 对象:曲线长度(2D，像素和图像单位)
  • 对象:偏心(2 d)
  • 对象：赤道偏心（3D）
  • 物体：Equif Diameration（2D）
  • 对象：欧拉号码（2D）
  • 对象:程度(2 d)
  • 对象：填充区域（2D / 3D）
  • 物体：孔区域（2D / 3D）
  • 对象：端点之间的长度（2D / 3D）
  • 物体：主轴长度（2D / 3D）
  • 对象：子午线偏心（3D）
  • 对象：方向（2D）
  • 对象：周边（2D）
  • 对象：第二轴长度（2D / 3D）
  • 对象:可靠性(2 d)
  • 对象：第三轴长度（3D）
  • 强度：相关性（2D / 3D）
  • 强度：最大（2D / 3D）
  • 强度：平均值（2D / 3D）
  • 强度:最小(2 d / 3 d)
  • 强度：标准偏差（2D / 3D）
  • 强度:Sum (2 d / 3 d)
测量
  • 角
  • 卡钳
  • 圈子，半径
  • 徒手距离和强度轮廓
  • 线性距离和强度剖面
  • 折线距离和强度剖面
  • 体视学
  • 伤口愈合测定
分段工具
  • 球三维(3 d)
  • 3 d线(3 d)
  • 注释的值
  • 刷工具（2D）
  • 2D Superpixels的刷子工具（SLIC,分水岭）
  • 黑白阈值工具（全球，本地，自适应; 2D / 3D）
  • 火车和预测的深卷积神经网络
  • 扩张（2D / 3D，差异）
  • 拖放
  • erode（2D / 3D，差异）
  • 填补(2 d / 3 d)
  • 框架选择工具
  • Frangi管状过滤器(2D/3D)
  • 基于GraphCut的半自动分段（2D / 3D）那
  • 套索工具（2D / 3D）
  • 魔棒工具(2D/3D)
  • 膜单击跟踪器工具（2D / 3D）
  • 形态学操作（分支点，对角线填充，端点，骨架，骨刺，细，最终侵蚀）
  • 对象选择器(2 d / 3 d)
  • 定量滤波（2D / 3D）
  • 随机森林分类器（2D / 3D）
  • 形状和线插值（3D）
  • 光滑（2D / 3D）
  • 点工具(2 d / 3 d)
  • 用于自动图像分割和对象分离的流域（2D / 3D）
分段工具
  • 球三维(3 d)
  • 3 d线(3 d)
  • 注释的值
  • 刷工具（2D）
  • 2D Superpixels的刷子工具（SLIC,分水岭）
  • 黑白阈值工具（全球，本地，自适应; 2D / 3D）
  • 火车和预测的深卷积神经网络
  • 扩张（2D / 3D，差异）
  • 拖放
  • erode（2D / 3D，差异）
  • 填补(2 d / 3 d)
  • 框架选择工具
  • Frangi管状过滤器(2D/3D)
  • 基于GraphCut的半自动分段（2D / 3D）那
  • 套索工具（2D / 3D）
  • 魔棒工具(2D/3D)
  • 膜单击跟踪器工具（2D / 3D）
  • 形态学操作（分支点，对角线填充，端点，骨架，骨刺，细，最终侵蚀）
  • 对象选择器(2 d / 3 d)
  • 定量滤波（2D / 3D）
  • 随机森林分类器（2D / 3D）
  • 形状和线插值（3D）
  • 光滑（2D / 3D）
  • 点工具(2 d / 3 d)
  • 用于自动图像分割和对象分离的流域（2D / 3D）
图像处理
  • 在数据集周围添加框架
  • 结盟
  • 亮度，对比度，伽玛调整
  • 切换并重新切割大型数据集以更小的卷
  • 内容感知填充
  • 对比度限制自适应直方图均衡
  • 颜色模式改变(深度，颜色类型)
  • 颜色通道操作(添加、复制、删除、反转、旋转、shift、交换)
  • 庄稼，调整大小， 翻动，旋转,转置
  • 裁剪2D / 3D对象到文件
  • 拆除碎片
  • 图像算法
  • 图像过滤器
  • z / t（完成切片，蒙面区域，背景移位）
  • 选定区域内的强度替换
  • 倒置
  • 用切片的操作：插入，复制，删除
  • 强度投影和集中堆积
  • 形态学操作
可视化
  • Orthoslices（XY，ZX，ZY Planes）
  • 体绘制(硬件)
  • 体绘制(软件)
  • Matlab Isosurfaces的模型
  • 模型和卷与斐济3D查看器
  • Imaris模型和体积
  • 导出模型到imod
  • 出口模型到阿米拉
  • 将模型导出到3D Slicer
  • 将模型和卷到Matlab卷查看器
  • 以STL格式导出模型

引用作为

伊利亚贝瑞奇（2021年）。显微镜图像浏览器2 (MIB2)GitHub (https://github.com/Ajaxels/MIB2)。检索。

显微镜图像浏览器:一个分割和分析多维数据集的平台。《公共科学图书馆·生物学》，第14卷，第2期。1、公共科学图书馆，2016年1月，p. e1002340, doi:10.1371/journal.pbio.1002340。

查看更多的风格

Belevich, Ilya，和Eija Jokitalo。DeepMIB:用于生物图像分割的深度学习网络训练的友好和开源软件。冷泉港实验室，2020年7月，doi:10.1101/2020.07.13.200105。

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意见及评分(3.）

Ekaterina Sidorenko

阿米尔Mokhtare

swpu_hpc_zy.

Matlab释放兼容性
创建R2021a
兼容R2014B及更高版本
平台兼容性
窗户 macOS Linux.

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班级

类/ @标签

类/ @Lines3D

Classes / @ poolwaitbar

Classes / @ toggleEventData

Classes / @ MibaboutController

类/ @ mibalignmentController

Classes / @ MibannotationsController

类/ @ mibbatchController

Classes / @ MibboundingBoxController

Classes / @ MibchildView

Classes / @ MibchopdatasetController

类/ @ mibcontroller

类/ @mibCropController

类/ @mibCropObjectsController

类/ @mibDatasetInfoController

类/ @ mibdebrisremovalController

类/ @ mibdeepcontroller

类/ @ mibdeepController /备份

类/ @mibDragNDropControl

类/ @ mibexternaldirscontroller

类/ @ miggraphcutController

类/ @mibHistThresController

类/ @ mibimimage

类/ @ mibimageadjcontroller

类/ @mibImageArithmeticController

类/ @ mibimageFiltersController

类/ @ mibimagemorphopsController

类/ @mibImageSelectFrameController

课程/ @ mibimageodo

Classes / @ MiBimportomeroController

类/ @ mibkeyshortcutscontroller

类/ @mibLines3DController

类/ @mibLogListController

类/ @mibMakeMovieController

课程/ @ mibmeasure

类/ @mibMeasureToolController

类/ @ mibmembranedetectionController

类/ @ mibmodel

类/ @ mibmorphopsController

类/ @ mibobjsepcontroller

类/ @ mibpreferencesAppController

类/ @mibPreferencesController

Classes / @ MibrandomDatasetController

类/ @mibRandomRestoreDatasetController

类/ @mibRechopDatasetController

类/ @ mibreesamplecontroller

类/ @mibRoiRegion

类/ @ mibsnapshotcontroller

类/ @ mibstatisticsController

类/ @mibStereologyController

类/ @ mibsupervoxelclassifierController

类/ @mibTipsController

Classes / @ MibupdateCheckControler

类/ @mibView

类/ @mibVolRenController

类/ @mibWatershedController

类/ @ mibwoundhealingassayController

Classes / @ VolrenAmationController

开发/ mibplugingui_ver1

开发/ mibPluginGUI_ver2_Batch_compatible

开发/ mibplugingui_ver3_appdesigner.

开发/ mibplugin_withoutgui.

吉他

GuiTools / volren

ImportExportTools

ImportExportTools /阿米拉

ImportExportTools / BioFormats

ImportExportTools / Bioformats /私人

ImportExportTools /斐济

ImportExportTools / HDF5.

ImportExportTools / IMOD中

importexporttools / imod / @ imodchunk

importexporttools / imod / @ imodchunk /私人

importexporttools / imod / @ imodcontour

importexporttools / imod / @ imodcontour /私人

ImportExportTools / IMOD中/ @ImodMesh

importexporttools / imod / @ imodmesh / private

ImportExportTools / IMOD中/ @ImodModel

importexporttools / imod / @ imodmodel /私人

ImportExportTools / IMOD中/ @ImodObject

ImportExportTools / IMOD中/ @ImodObject /私有的

ImportExportTools / IMOD中/ @MRCImage

ImportExportTools / IMOD中/ @MRCImage /私有的

ImportExportTools / imod /可视化

ImportExportTools /伊万里瓷器

ImportExportTools /伊万里瓷器/ @IceImarisConnector

ImportExportTools / Mattomo / @ imodchunk

ImportExportTools / Mattomo / @ ImodChunk /私人

importexporttools / mattomo / @ imodcontour

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importexporttools / mattomo / @ imodmesh

ImportExportTools / Mattomo / @ imodmesh /私人

ImportExportTools / MatTomo / @ImodModel

ImportExportTools / MatTomo / @ImodModel /私有的

ImportExportTools / MatTomo / @ImodObject

ImportExportTools / Mattomo / @ imodobject /私人

ImportExportTools / Mattomo / @ Mrimage

ImportExportTools / Mattomo / @ MRCIMAGE /私人

ImportExportTools / MatTomo /跑龙套

ImportExportTools / Mattomo /可视化

ImportExportTools / Omero

ImportExportTools / export_fig

importexporttools / nrrd.

插件/文件处理/ ImageConverter

插件/ IntensityAnalysis / TripleAreaIntensity

插件/ myplugins / mibappdesignplugin

插件/编写myplugin / mibPlugin

插件/ myplugins / mibpluginwithoutgui

插件/编写myplugin / myPluginName

插件/分析/ MCcalc细胞器

插件/细胞器分析/ SurfaceAlea3D

插件/ plasmodesmata / cellwallthickness

插件/胞间连丝/ SpacialControlPoints

插件/教程/贵音雕刻

工具

工具/ CellMigration

工具/ FastMarching

工具/快餐/功能

工具/ FastMarching / shortestpath

工具/ Frangi

工具/ Histthresh.

工具/ randomforest / membranedetection

工具/ randomforest / rf_class_c

工具/ RandomForest / RF_Reg_C

工具/地区闪电

工具/超级素

工具/ MateTom / Geom2d

工具/ matepor / geom3d

jar / xlwrite

TechDoc.

插件/ IntensityAnalysis / TripleAreaIntensity

插件/细胞器分析/ SurfaceAlea3D

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