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显微图像浏览器2 (MIB2)

版本2.8020 (68 MB) Ilya Belevich
MIB2是一个用于分割多维(2D-4D)显微镜数据集的更新包
5．0
（3）

1.2 k下载

更新2021年10月14日

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使用MIB2，您可以从光学和电子显微镜分析、分割和可视化各种多维数据集。MIB2完全按照MVC架构进行了重写，并在许多新特性中带来了额外的稳定性。
在MIB网站上查看更多详细信息和教程: http://mib.helsinki.fi
我要感谢Matlab File Exchange用户社区，特别是在程序开发过程中使用了其功能的作者:
http://mib.helsinki.fi/acknowledgements.html
MIB版本1可以从这里获得 http://se.mathworks.com/matlabcentral/fileexchange/56481-microscopy-image-browser--mib- 推荐Matlab版本:R2011a - 2014a
所有功能与视频教程的列表可从 http://mib.helsinki.fi/features_all.html
特点:
  • 万博1manbetx支持2D-4D数据集(x,y,c,z,t)
  • 最多可同时打开9个数据集
  • 每个数据集的包围框
  • 可通过插件进行扩展
  • 已执行操作的日志
  • 可定制的撤销系统
  • 可定制的键盘快捷键
  • 色盲友好的配色方案
  • 利益区域
  • 虚拟堆叠模式，用于处理大于可用内存的数据集
  • 批处理模式
数据导入/导出
  • 用Matlab直接导入/导出、斐济,伊万里瓷器和系统剪贴板
  • 直接从Omero服务器导入和URL链接
  • 加载并保存为TIF, Amira Mesh, JPG，斐济BigDataViewer, HDF5, MRC, NRRD, PNG格式
  • 加载多达100种不同的图像和视频格式
  • 微软Excel(导出)进行量化
  • 重命名和洗牌工具无偏分类和分割
量化与统计
  • 对象:面积(2D/3D)
  • 对象:ConvexArea (2D)
  • 对象:曲线长度(2D，像素和图像单位)
  • 对象:偏心率(2D)
  • 观测对象:赤道偏心率(3D)
  • 物体:等径(2D)
  • 对象:欧拉数(2D)
  • 对象:Extent (2D)
  • 物体:填充区域(2D/3D)
  • 物体:孔区(2D/3D)
  • 对象:端点之间的长度(2D/3D)
  • 对象:主轴长度(2D/3D)
  • 对象:子午线偏心率(3D)
  • 对象:方位(2D)
  • 对象:周长(2D)
  • 对象:第二轴长度(2D/3D)
  • 对象:固体度(2D)
  • 对象:第三轴长度(3D)
  • 强度:相关性(2D/3D)
  • 强度:最大(2D/3D)
  • 强度:平均值(2D/3D)
  • 强度:最小(2D/3D)
  • 强度:标准差(2D/3D)
  • 强度:总和(2D/3D)
测量
  • 角
  • 卡尺
  • 圆的半径
  • 徒手距离和强度剖面
  • 线性距离和强度剖面
  • 折线距离和强度剖面
  • 体视学
  • 伤口愈合试验
分割工具
  • 3D球(3D)
  • 3D线条(3D)
  • 带值的注释
  • 笔刷工具(2D)
  • 画笔工具的2D超级像素(SLIC,分水岭）
  • 黑白阈值工具(全局，局部，自适应;2 d / 3 d)
  • 训练和预测的深度卷积神经网络
  • 扩张(2D/3D，差异)
  • 拖放
  • 侵蚀(2D/3D，差异)
  • 填孔(2D/3D)
  • 帧选择工具
  • 弗朗吉管式过滤器(2D/3D)
  • 基于图切的半自动分割(2D/3D)，
  • 套索工具(2D/3D)
  • 魔棒工具(2D/3D)
  • 膜点击跟踪工具(2D/3D)
  • 形态运算(分支点，对角填充，终点，骨架，骨刺，薄，最终侵蚀）
  • 对象拾取器(2D/3D)
  • 量化滤波(2D/3D)
  • 随机森林分类器(2D/3D)
  • 形状和线插值(3D)
  • 平滑(2 d / 3 d)
  • 斑点工具(2D/3D)
  • 用于自动图像分割和物体分离的分水岭(2D/3D)
分割工具
  • 3D球(3D)
  • 3D线条(3D)
  • 带值的注释
  • 笔刷工具(2D)
  • 画笔工具的2D超级像素(SLIC,分水岭）
  • 黑白阈值工具(全局，局部，自适应;2 d / 3 d)
  • 训练和预测的深度卷积神经网络
  • 扩张(2D/3D，差异)
  • 拖放
  • 侵蚀(2D/3D，差异)
  • 填孔(2D/3D)
  • 帧选择工具
  • 弗朗吉管式过滤器(2D/3D)
  • 基于图切的半自动分割(2D/3D)，
  • 套索工具(2D/3D)
  • 魔棒工具(2D/3D)
  • 膜点击跟踪工具(2D/3D)
  • 形态运算(分支点，对角填充，终点，骨架，骨刺，薄，最终侵蚀）
  • 对象拾取器(2D/3D)
  • 量化滤波(2D/3D)
  • 随机森林分类器(2D/3D)
  • 形状和线插值(3D)
  • 平滑(2 d / 3 d)
  • 斑点工具(2D/3D)
  • 用于自动图像分割和物体分离的分水岭(2D/3D)
图像处理
  • 在数据集周围添加框架
  • 对齐
  • 亮度，对比度，伽马调整
  • 不断地将大型数据集切割成较小的卷
  • Content-aware填补
  • 限制对比的自适应直方图均衡
  • 颜色模式更改(深度，颜色类型)
  • 彩色通道操作(添加、复制、删除、反转、旋转、移位、交换)
  • 作物,调整,抛,旋转,转置
  • 将2D/3D对象裁剪到文件中
  • 碎片移除
  • 图像算法
  • 图像过滤器
  • Z/T强度归一化(完整切片，遮罩区域，背景移位）
  • 在选定区域内进行强度替换
  • 反
  • 切片操作:插入、复制、删除
  • 强度的预测焦点叠加
  • 形态学操作
可视化
  • 正交切片(XY, ZX, ZY平面)
  • 体绘制(硬件)
  • 体绘制(软件)
  • Matlab等值面的模型
  • 模型和卷与斐济3D查看器
  • 模型和卷与Imaris
  • 将模型导出到IMOD
  • 出口模型到Amira
  • 导出模型到3D切片机
  • 导出模型和卷到Matlab卷查看器
  • 以STL格式导出模型

引用作为

伊利亚·贝列维奇(2021)。显微图像浏览器2 (MIB2)GitHub (https://github.com/Ajaxels/MIB2)。检索．

Belevich, Ilya等，“显微图像浏览器:多维数据集分割和分析的平台”。PLOS生物学，第14卷，no. 4。1、《公共科学图书馆》，2016年1月，p. e1002340, doi:10.1371/journal.pbio.1002340。

查看更多样式

Belevich, Ilya和Eija Jokitalo。DeepMIB:用于生物图像分割的深度学习网络训练的友好和开源软件。冷泉港实验室，2020年7月，doi:10.1101/2020.07.13.200105。

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与R2014b及后续版本兼容
平台的兼容性
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类

类/ @Labels

类/ @Lines3D

类/ @PoolWaitbar

类/ @ToggleEventData

类/ @mibAboutController

类/ @mibAlignmentController

类/ @mibAnnotationsController

类/ @mibBatchController

类/ @mibBoundingBoxController

类/ @mibChildView

类/ @mibChopDatasetController

类/ @mibController

类/ @mibCropController

类/ @mibCropObjectsController

类/ @mibDatasetInfoController

类/ @mibDebrisRemovalController

类/ @mibDeepController

类/ @mibDeepController /备份

类/ @mibDragNDropControl

类/ @mibExternalDirsController

类/ @mibGraphcutController

类/ @mibHistThresController

类/ @mibImage

类/ @mibImageAdjController

类/ @mibImageArithmeticController

类/ @mibImageFiltersController

类/ @mibImageMorphOpsController

类/ @mibImageSelectFrameController

类/ @mibImageUndo

类/ @mibImportOmeroController

类/ @mibKeyShortcutsController

类/ @mibLines3DController

类/ @mibLogListController

类/ @mibMakeMovieController

类/ @mibMeasure

类/ @mibMeasureToolController

类/ @mibMembraneDetectionController

类/ @mibModel

类/ @mibMorphOpsController

类/ @mibObjSepController

类/ @mibPreferencesAppController

类/ @mibPreferencesController

类/ @mibRandomDatasetController

类/ @mibRandomRestoreDatasetController

类/ @mibRechopDatasetController

类/ @mibResampleController

类/ @mibRoiRegion

类/ @mibSnapshotController

类/ @mibStatisticsController

类/ @mibStereologyController

类/ @mibSupervoxelClassifierController

类/ @mibTipsController

类/ @mibUpdateCheckController

类/ @mibView

类/ @mibVolRenController

类/ @mibWatershedController

类/ @mibWoundHealingAssayController

类/ @volrenAnimationController

开发/ mibPluginGUI_ver1

开发/ mibPluginGUI_ver2_Batch_compatible

开发/ mibPluginGUI_ver3_appDesigner

开发/ mibPlugin_withoutGUI

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GuiTools / volren

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ImportExportTools / BioFormats /私人

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ImportExportTools / IMOD中/ @ImodChunk

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ImportExportTools / IMOD中/ @ImodModel

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